Ingénieur-e développement full stack – outil d’aide à la décision (interface capteurs / modèles mécanistes)

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe DYNAMO de l’Unité Mixte de Recherche BIOEPAR (UMR Oniris VetAgroBio / INRAE) basé à Nantes, et placé sous la responsabilité de la Directrice d’Unité.

La conception d’outils d’aide à la décision (OAD) pour les gestionnaires de la santé animale est un enjeu majeur tant pour la valorisation des recherches interdisciplinaires menées en épidémiologie prédictive que pour une meilleure gestion des maladies infectieuses en élevage et des risques de santé publique vétérinaire associés.

Spécialisée en modélisation épidémiologique, l’équipe DYNAMO a développé une nouvelle approche de modélisation générique (EMULSION), s’appuyant sur des méthodes d’Intelligence Artificielle (IA). Ces méthodes facilitent largement la co-construction de modèles épidémiologiques entre modélisateurs, scientifiques d’autres disciplines, et gestionnaires de la santé, et simplifient la révision et le maintien des codes. En outre, une chaîne logicielle (PASTE) a été développée pour automatiser la production d’OAD à partir des modèles développés via EMULSION.

Un OAD a été developpé en particulier dans le cadre du projet Européen DECIDE (2021-2026) de façon à fournir régulièrement des recommandations pour la gestion de la santé en élevage à partir d’une détection précoce des troubles respiratoires au moyen de capteurs.

Au sein de l’équipe DYNAMO et en collaboration avec les partenaires du projet, vous contribuerez à adapter et finaliser la chaîne logicielle permettant l’automatisation de la génération de cet OAD dans un cadre générique, afin de permettre son utilisation pour la gestion d’autres maladies. Vous contribuerez également à réviser et à optimiser l’architecture de simulation d’EMULSION pour réduire le coût computationnel des scénarios et l’intégrer dans un nouvel outil connecté à un système d’information de capteurs.

Environnement technique

• Python 
• Langages de templates (JinJa2,...)
• Linux (principalement Debian, Ubuntu)
• HTML5, Django
• PostgreSQL
• git
• YAML
• R, ggplot, RShiny
• Architecture logicielle
• Tests
• Docker

Formations et compétences recherchées

Diplôme : ingénieur, master 2 ou équivalent en informatique

Compétences souhaitées :

• Maîtrise de technologies web HTML5 (Javascript, HTML, CSS) et développement web au moyen de frameworks (notamment Django)

• Expérience solide en programmation orientée objets, design patterns, Python 3
• Expérience en conception d’outils d’aide à la décision
• Expérience d’outils de calcul et de représentation statistiques

• Bonne connaissance des systèmes Linux (y compris en ligne de commande)
• Bases de Model-Driven Engineering (sous Eclipse ou MPS Jetbrains) ou Connaissance des architectures ECS

• Compétences rédactionnelles et pédagogiques pour interagir avec des scientifiques non-informaticiens

Qualités requises :

• Autonomie, initiative et rigueur ; bon esprit d’analyse et de synthèse
• Intérêt pour la modélisation, l’épidémiologie et l’aide à la décision
• Capacité à travailler en équipe et plus particulièrement dans un milieu scientifique pluridisciplinaire
• Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation