Stage Master 2 – Comment les microorganismes filamenteux perçoivent leur hôte : étude du rôle des mécanorécepteurs

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l’UMR INRAE PACA, Institut Sophia Agrobiotech (Sophia Antipolis, France), une unité de recherche dédiée à l’étude des interactions plantes-microorganismes, dans des contextes à la fois pathogènes et symbiotiques, réunissant des expertises en génomique, écologie et agronomie.

Votre projet de stage portera sur Phytophthora (du grec « destructeur de plantes »), un groupe de microorganismes filamenteux appartenant aux oomycètes et apparentés aux algues brunes et aux diatomées. Certains oomycètes comptent parmi les agents pathogènes de plantes les plus dévastateurs. Phytophthora infestans, par exemple, a déclenché la Grande Famine irlandaise en 1845. De nos jours, plusieurs espèces de Phytophthora continuent de menacer des cultures telles que la pomme de terre, la tomate et le cacao, mettant en péril des aliments emblématiques tels que la pizza ou le chocolat.

Pour infecter les plantes, les Phytophthora développent des structures spécialisées appelées appressoria, capables de générer une force mécanique suffisante pour percer les parois des tissus végétaux. Des travaux récents suggèrent que des mécanorécepteurs jouent un rôle central dans ce processus, mais les mécanismes moléculaires sous-jacents restent mal compris. Au cours de ce stage, vous contribuerez à mettre en évidence le rôle des mécanorécepteurs au cours du processus d’infection. Vos missions consisteront à :

• Optimiser les tests d’inoculation et appliquer des traitements chimiques ciblant les mécanorécepteurs afin d’évaluer leur contribution à la formation des appressoria et à la pénétration de l’agent pathogène.
• Développer un système rapporteur pour visualiser le mycélium de Phytophthora au cours de l’infection et faciliter les tests à haut débit. Cette tâche impliquera la conception et l’assemblage de plasmides (Gibson assembly) ainsi que la transformation de Phytophthora.
• Mettre en œuvre l’édition génomique par CRISPR/Cas afin d’examiner la fonction de gènes candidats impliqués dans le développement des appressoria.

Ce stage vous offrira une formation pratique en biologie moléculaire, pathologie végétale et interactions hôte-pathogène, tout en vous permettant de contribuer à des recherches ayant des retombées directes pour l’agriculture durable et la sécurité alimentaire.

Références:

Evangelisti, E., Govers, F. (2024). Roadmap to success: how oomycete plant pathogens invade tissues and deliver effectors. Annu. Rev. Microbiol. 78(1): 493-512. https://doi.org/10.1146/annurev-micro-032421-121423

Bronkhorst, J., Kasteel, M., van Veen, S., Clough, J. M., Kots, K., Buijs, J., van der Gucht, J., Ketelaar, T., Govers, F., & Sprakel, J. (2021). A slicing mechanism facilitates host entry by plant-pathogenic Phytophthora. Nature Microbiology, 6(8), 1000–1006. https://doi.org/10.1038/s41564-021-00919-7

Votre encadrement sera assuré au quotidien par un doctorant conjointement avec son directeur de thèse. Vous bénéficierez d’échanges avec des collègues de l’Université de Wageningen (Pays-Bas) spécialisés en pathologie végétale et biologie cellulaire lors de réunions (en distanciel) bimensuelles, ainsi qu’un soutien des autres membres du laboratoire. En outre, le stage offre :

• Une expérience pratique en édition génomique CRISPR/Cas ;
• Une formation en biologie moléculaire et cellulaire, transformation d’oomycètes et imagerie en temps réel ;
• Une expérience appliquée en pathologie végétale et dans l’étude des interactions protéine-protéine ;
• Une intégration dans un groupe de recherche dynamique avec des collaborations internationales actives ;
• Des opportunités de contribuer à des recherches de pointe à fort impact scientifique.

Formations et compétences recherchées

• Étudiant·e inscrit·e en Master (1re ou 2e année) en biologie végétale, biologie moléculaire, biotechnologie, microbiologie ou discipline apparentée ;
• Motivation pour l’étude du développement des pathogènes, des interactions hôte–pathogène et de la fonction des protéines ;
• Bonnes capacités de communication et de rédaction scientifique en anglais ;
• Une expérience préalable en laboratoire (biologie moléculaire, microbiologie ou biochimie) constitue un atout.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation