Génomique de la santé du jeune lapin

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité GenPhySE (Génétique, Physiologie, et Systèmes d’élevages), une Unité Mixte de Recherche (UMR) INRAE-Université de Toulouse-ENVT située au sud de Toulouse. GenPhySE regroupe plus de 150 personnes travaillant sur des espèces animales d’élevages (porc, mouton, chèvre, lapin, caille, abeille). Vous serez intégré.e à l’équipe MAGE (Multiperformance animale et génétique ).

Contexte. L’amélioration de la santé des animaux d’élevage est un enjeu majeur pour réduire la dépendance aux antibiotiques, limiter les pertes économiques liées aux maladies et préserver le bien-être animal. Dans la filière cunicole, les jeunes lapins sont particulièrement vulnérables : avant sevrage, leur survie dépend largement des effets maternels, en particulier de la qualité et de la composition du lait ; après sevrage, leur survie repose sur leur résistance aux troubles digestifs et infectieux causés par de multiples agents pathogènes. La sélection génétique de reproducteurs transmettant de meilleures aptitudes de santé constitue donc un levier prometteur pour améliorer durablement la résilience de la filière cunicole.

Objectif du stage. Explorer le déterminisme génétique de la santé et de la survie du jeune lapin, en pré- et post-sevrage.

Données disponibles. Le stage s’appuiera sur un jeu de données original d’une lignée de lapin comprenant :

• des enregistrements de santé (mortalité et morbidité liées aux troubles digestifs et infectieux) sur 17 000 jeunes lapins
• des mesures de composition du lait (IgA, IgG, protéines, lactose, lipides, oligosaccharides) à quatre stades de lactation (J3, J10, J17 et J25) sur 120 lapines
• les génotypes de 960 reproducteurs (puce Affymetrix 200 000 marqueurs SNP)
• les séquences ADN complètes de 22 mâles fondateurs de la lignée.

Déroulement du stage :

1. Imputation génomique : utilisation de logiciels dédiés (FImpute ou équivalents) pour imputer les génotypes SNP au niveau séquence, en s’appuyant sur les fondateurs séquencés. Cette étape permettra de combler les informations manquantes pour les lapins génotypés et d’obtenir un équivalent de séquence ADN complète pour ces animaux.
2. Analyses d’association pangénomiques (GWAS) : détection de régions du génome associées aux différents caractères de santé et qualité du lait

Ce stage constituera une introduction à un projet de thèse (sous réserve de financement), centré sur la génomique de la santé et de la survie du jeune lapin.

Publication relative au sujet :

J. Bouza. Genomics for non-specific disease resistance in rabbits. 2025. ⟨hal-05224546⟩

S. Combes, V. Helies, M. Paccanelli, et al.. Variabilité de la composition en oligosaccharides du lait et lien avec la carrière reproductive des lapines et la viabilité des lapereaux au sevrage. JRC, 2023. ⟨hal-04580177⟩

M. Gunia, J. Ruesche, P. Aymard, et al. Une expérience de sélection pour la résistance non-spécifique aux maladies. JRC, 2023. ⟨hal-04052767⟩

Le stage aura lieu sur site, sur le campus INRAE Occitanie-Toulouse d’Auzeville, au sud de Toulouse. Le campus est accessible en transport en commun (Tisseo L6) depuis Toulouse. Il est situé à proximité du canal du midi, permettant un accès vélo privilégié.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master, Ecole d’ingénieur (dernière année), génétique, biologie

Connaissances souhaitées : bases en génétique quantitative et/ou génétique moléculaire.

Expérience appréciée : manipulation et analyse de données

Aptitudes recherchées : goût pour l’analyse de jeux de données, rigueur scientifique, capacité de synthèse et d’écriture.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation