Stage : Exploration de la structure 3D des génomes animaux par analyse comparative de données Hi-C

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité GenPhySE dans l’équipe REGLISS du Pôle de Génomique Structurale et Fonctionnelle sur le centre INRAE Toulouse Auzeville. Vous intégrerez un projet de recherche visant à mieux comprendre le lien entre structure et fonction des génomes à travers l’analyse de données de génomique 3D issues de la technologie de séquençage à haut débit Hi-C. En particulier, vous travaillerez sur la méthode hicream, développée lors d’une thèse en cours et récemment implémentée sous forme d’un package R. Cette méthode permet d’identifier des régions génomiques dont la structure 3D change de manière significative entre différentes conditions biologiques. Le package a déjà été testé sur des données de souris pour valider la méthode (publication en cours).

Objectif du stage

L’objectif est d’appliquer la méthode hicream à des données de génomique 3D issues d’espèces d’élevage afin de produire des résultats originaux sur les mécanismes de régulation fonctionnelle. Plusieurs cas d’étude pourront être explorés, en comparant par exemple différents tissus (régulation chez la poule), phénotypes (présence de cornes chez les bovins) ou stades de développement (maturation chez le porc).

Le stage comporte un travail d’appropriation des données, de la méthode et du package, puis de production et d’exploration des résultats d’analyse. Vous collaborerez et échangerez avec l’ensemble des collègues impliqué-es dans le projet.

Ce travail peut déboucher sur des améliorations de la méthode et du package, des résultats biologiques valorisables sous forme de publication scientifique ainsi que sur une poursuite en thèse en fonction des possibilités de financement. 

Missions principales

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Prendre en main les données Hi-C et assurer leur préparation/formatage pour les analyses comparatives.
• Appliquer le package hicream sur ces données, en développant des scripts pour faciliter les tests.
• Explorer, visualiser, interpréter et valoriser les résultats, en collaboration avec les autres membres du projet.

Environnement de travail

Vous aurez un poste de travail informatique avec un accès à la plate-forme de calcul GenoToul. Vous travaillerez sous la supervision d’Anne-Laure Valton (génomique), Sylvain Foissac (bioinformatique) et Elise Jorge (mathématiques)

Formations et compétences recherchées

Master 2 (ou équivalent école d’ingénieur / agro / véto) en bioinformatique, biostatistique, biologie computationnelle ou domaine connexe.

Compétences attendues :

- Solides bases en bioinformatique et appétence pour l’analyse de données omiques.

- Pratique de la programmation en R/Python sous environnement Unix/Linux.

- Notions de biologie moléculaire ou de statistique appréciées.

Expérience appréciée : développement de scripts ou pipeline d’analyses omiques, analyse exploratoire de données, utilisation de cluster de calcul, collaboration interdisciplinaire.

Qualités recherchées :

- bonnes capacités de communication écrite et orale.

- goût pour le travail en équipe.

- autonomie, rigueur et esprit critique.

- curiosité scientifique et enthousiasme. 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez  :

-  2,5j de congés par mois au prorata du temps de présence
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation