Stage M2 "Analyse de la conservation des ARN non-codants en utilisant les graphes de pangénome "

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intègrerez le laboratoire MIAT, qui compte 4 équipes, et près de 50 membres, développant des méthodes et des programmes en statistique, machine learning, et informatique.

Les ARN non-codants sont des transcrits qui ne codent pas pour des protéines. Si les plus connus sont les ARN de transfert, ou les ARN ribosomaux, il en existe de nombreux autres (comme les microARN), qui ont des rôles importants dans toutes les étapes de la vie de la cellule. Pourtant, ils sont beaucoup moins étudiés que les ARN codants.

Un pangénome est une représentation de plusieurs génomes d'une même espèce, en général sous forme de graphe. Cette structure permet de représenter de façon efficace les séquences conservées, et les séquences divergentes, entre les individus.

La conservation caractérise la présence au sein de plusieurs individus d'un gène donné. Il est en général supposé qu'un gène conservé chez tous les individus d'une espèce contribue à son fonctionnement vital, alors qu'un gène présent dans une partie seulement pourrait bénéficier à son adaptation dans un milieu donné.

Dans le cadre de ce stage, vous aurez à analyser, et éventuellement reconstruire, un pangénome d'Arabidopsis thalania, une espèce modèle pour les plantes d'intérêt agronomique, afin de caractériser la conservation des petits ARN nucléolaires. Ces ARN interviennent dans la maturation des ARN ribosomaux. 

Vous vous chargerez d'étudier les familles potentiellement conservées ou divergentes, ainsi que les sites qui accumulent le plus de variations. Vous serez amené à développer les outils pour ce faire. Le stage pourrait débuter entre le début janvier, et la fin mars (en fonction du cursus).  

Formations et compétences recherchées

• Formation: informatique ou bio-informatique
• Connaissances :
  • Utilisation de Linux
  • Programmation
  • Connaissances de base en génomique
  • Maîtrise de l'Anglais écrit

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation