Etude de l’héritabilité des corrélations génétiques entre caractères d’intérêt (caprins/porcins)

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire de recherche GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage), sur le campus INRAE de Toulouse à Auzeville.

• Contexte et objectifs

Dans le contexte de la transition des systèmes d’élevage pour limiter leur impact environnemental, améliorer la résilience et la robustesse des animaux apparait indispensable. Un des leviers possibles est d’intégrer un critère de résilience, sous réserve de l’avoir défini, dans les objectifs de sélection. Un autre levier possible est de sélectionner des animaux capables de gérer de manière optimale les compromis entre fonctions pour s’adapter plus facilement aux variations de leur environnement. Les programmes d’amélioration génétique ont dans la plupart des espèces pour objectif d’améliorer plusieurs caractères d’intérêt, parfois antagonistes. Cet antagonisme est caractérisé par des corrélations génétiques négatives. Ces corrélations font partie des paramètres génétiques qui caractérisent les populations. Comme les héritabilités, une corrélation génétique peut varier d’une population à l’autre. Plus récemment, en étudiant des estimations de corrélations génétiques entre caractères antagonistes, Cuyabano et al. (2024) ont montré que les corrélations génétiques pouvaient être estimées intradescendance de père, sous réserve que le nombre des descendants soit de quelques centaines d’individus. Il a également été montré que cette corrélation, prise comme un phénotype, varie d’un père à l’autre et que l’héritabilité est non nulle. Ainsi, il serait possible d’utiliser cette corrélation génétique comme un phénotype pour sélectionner non sur une combinaison linéaire des critères de sélection mais en en sélectionnant sur la valeur de corrélation et sélectionner directement sur un critère de compromis entre caractères.

L’objectif du stage est d’appliquer cette approche à deux espèces, le porc et la chèvre, pour explorer le déterminisme génétique du caractère antagoniste de certains critères de sélection, mieux comprendre les compromis entre fonctions au niveau individuel et à terme pouvoir proposer de nouvelles stratégies d’évaluation et de sélection.

Chez les caprins, plusieurs paires de caractères pourront être étudiées parmi ceux déjà évalués en routine ou disponibles à titre expérimental, tels que : la production laitière (quantité, taux butyreux et protéique), le comptage des cellules somatiques du lait, la morphologie de la mamelle, la longévité, la fertilité à l’insémination artificielle, la maturité. Les analyses s’appuieront sur les données collectées à l’échelle nationale en fermes commerciales dans le cadre du contrôle laitier caprin depuis plus de 35 ans.

Chez les porcins, les caractères étudiés seront les caractères de croissance, qui sont mesurés sur tous les candidats à la sélection en routine. Une étude complémentaire pourra être réalisée sur les caractères de reproduction incluant la taille et le poids de portée.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Préparer des jeux de données disponibles en espèces caprine et porcine, à partir des bases de données existantes, en incluant notamment la sélection des mâles disposant d’un nombre minimal de descendants. Les critères de choix seront à préciser au regard des travaux antérieurs et des données présentes.
• Estimer les corrélations individuelles des mâles à partir des valeurs génétiques de leur descendance. Le modèle sera à adapter en fonction de l’espèce.
• Développer un modèle d’évaluation génétique dans le but d’estimer l’héritabilité de ces corrélations individuelles. Ce modèle permettra de quantifier la variabilité génétique des corrélations entre caractères.

Formations et compétences recherchées

Disciplines : zootechnie, génétique, statistiques

Compétences en traitement, analyse de données et statistiques (langage R et/ou python)

Aptitudes recherchées : Autonomie, rigueur, capable de faire preuve d’initiative, intérêt pour l’analyse de données appliquée aux sciences animales.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation