Horloges épigénétiques pour la longévité fonctionnelle bovine

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Une « horloge épigénétique » est un algorithme qui prend en entrée des marques épigénétiques localisées (comme la méthylation de l’ADN) et donne en sortie un âge épigénétique, ou âge physiologique, étroitement corrélé à l'âge chronologique des échantillons. Classiquement, quelques centaines de sites CpG en corrélation avec l'âge biologique de l'échantillon sont sélectionnés par une régression pénalisée telle que la régularisation Elastic-net, et les niveaux de méthylation de l'ADN sur ces sites sont ensuite utilisés pour prédire un âge épigénétique à l'échantillon. Les horloges épigénétiques peuvent être spécifiques à une certaine tranche d'âge, à un tissu donné et à une espèce, ou peuvent être développées pour fonctionner dans plusieurs tissus ou dans plusieurs espèces dans une large gamme d'âges. Une fois qu'une horloge épigénétique a été établie, elle peut être utilisée pour donner un âge épigénétique à tout échantillon satisfaisant les conditions d’applications de cette horloge. La différence entre les âges épigénétiques et l'âge chronologique d'un échantillon pourrait être un bon prédicteur pour de nombreux phénotypes, ou un bio-marqueur d'expositions passées. Les âges épigénétiques pourraient être liés aux performances de production à des âges avancés pour des espèces telles que les chèvres, les vaches laitières et les poules pondeuses, afin de mieux contrôler la longévité de la production animale.

Dans le cadre du projet européen RUMIGEN, les profils de méthylation de l’ADN de plusieurs milliers de vaches Holstein d’âges et de rangs de lactation différents ont été produits à l’aide d’une puce de méthylation. Vous serez en charge de l’apprentissage d’horloges épigénétiques sur ce jeu de données.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Séparer le jeu de données disponibles (> 3500 échantillons) en jeux d’apprentissage, de test, et d’application
• Comparer quelques méthodes disponibles pour l’apprentissage des horloges épigénétique et vérifier leurs performances prédictives sur le jeu d’échantillon test (elastic-net, approches par composantes principales, approches par réseaux de neurones)
• Vérifier si l’âge épigénétique est en lien avec la longévité de carrière et les performances tardives chez les bovins laitiers, sur le jeu de données d’application.

Le stage pourra avoir lieu au choix dans l’unité GenPhySE, campus INRAE de Toulouse à Auzeville, ou dans l’unité GABI, campus INRAE de Jouy-en-josas. Ce stage est partie prenante du projet ADAAPT financé par le PEPR Agroécologie et numérique.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Agronomie, Biologie, Bio-informatique, Sciences vétérinaires
• Connaissances souhaitées : Des bases en statistiques pour la biologie et en génomique
• Expérience appréciée : Langage R
• Aptitudes recherchées : Capacité rédactionnelle en français et en anglais

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation