Bases génétiques de la phénologie foliaire et reproductive chez le hêtre européen (Fagus sylvatica) et le chêne sessile (Quercus petraea) et leur rôle dans l'adaptation

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La croissance et la reproduction sont deux processus clés qui déterminent le succès à long terme de l'adaptation des arbres. Contrairement aux plantes annuelles, les arbres subissent de multiples cycles de reproduction et ont une croissance continue. Par conséquent, la manière dont les ressources sont allouées à la croissance et à la reproduction chaque année, en réponse aux variations des conditions environnementales à la fois dans l'espace et dans le temps, détermine de manière intégrée la capacité d'adaptation à long terme.

De nombreuses initiatives internationales se concentrent sur les facteurs écologiques des variations interannuelles de l'activité de reproduction chez des espèces comme le chêne et le hêtre, montrant une alternance d'années où la production de graines est abondante et d'années où elle est rare (un phénomène appelé « masting »). De même, une abondante littérature - y compris une modélisation solide - se concentre sur les déterminants climatiques de la phénologie des feuilles.

Les populations d'arbres sauvages abritent de vastes quantités de diversité phénotypique et génétique, qui se maintiennent au fil des générations grâce à une variété de processus et de propriétés, notamment un flux génétique intense, des populations de grande taille (effective) et une adaptation locale (microgéographique).

L'ampleur du contrôle génétique des variations de la croissance et de la phénologie de la reproduction est encore largement inconnue ; la manière dont cette variation génétiquement contrôlée contribue à l'adaptation aux conditions locales n'a pas non plus été découverte. En outre, le changement climatique en cours représente un facteur sélectif supplémentaire susceptible de façonner les variations de la phénologie de la croissance et de la reproduction.

Pour dévoiler ces processus, il faut déterminer l'architecture génétique des caractères, prédire les phénotypes des arbres individuels sur la base de leurs génotypes dans les régions où se produit la variation phénotypique, et enfin modéliser l'effet de la sélection sur le destin évolutif des populations.

Pour ce faire, le candidat (i) contribuera à la caractérisation environnementale et phénotypique des peuplements de chênes et de hêtres sauvages ; (ii) collectera et analysera des données génétiques de séquençage complet en utilisant des approches d'étude d'association à l'échelle du génome ; (iii) prédira les valeurs de reproduction en utilisant BLUP, tout en tenant compte des facteurs environnementaux ; (iv) utilisera des approches de simulation prospective pour prédire l'évolution des populations sous l'effet du changement climatique.

Le programme de doctorat fera partie d'un programme de recherche plus large mené par un consortium multi-laboratoires comprenant des écologistes des arbres, des biologistes évolutifs et des modélisateurs, et sera soutenu par des financements provenant des bourses de recherche REGEMAST (et en partie FAGRESCUE).

Le candidat sera basé à l'INRAE d'Avignon (France) et sera inscrit comme étudiant à Aix-Marseille Université (« AMU »).

Les candidatures doivent être soumises à Ivan Scotti (ivan.scotti[at]inrae.fr) et/ou Julie Gaüzère (julie.gauzere[at]inrae.fr) au plus tard le 2 juillet 2025 (préférer des soumissions plus tôt pour nous permettre de réaliser les entretiens avant le 4 juillet).

Pour plus d'informations sur l'équipe, veuillez consulter le site web du laboratoire (https://eng-ecologie-des-forets-mediterraneennes.paca.hub.inrae.fr/), et en particulier le site web de l'équipe (https://eng-ecologie-des-forets-mediterraneennes.paca.hub.inrae.fr/our-research/skills-and-team-leader/population-biology-and-evolution).

Formations et compétences recherchées

• Master ou équivalent en biologie évolutive
• Expérience avec R et les analyses statistiques (modèles mixtes)
• Intérêt marqué pour l'analyse de données
• Un intérêt pour l'écologie forestière et l'acquisition de données serait un plus
• Motivé(e), curieux(se) et capable de mener des recherches avec une certaine autonomie
• Bonnes compétences rédactionnelles
• Maîtrise de l'anglais

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation