Analyse de données massives pour l’amélioration de populations : comportement et génétique des animaux

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GenPhySE du centre INRAE de Toulouse-Occitanie qui conduit des travaux de recherche sur les bases génétiques qui sous-tendent des caractères d’intérêt pour améliorer des populations d’élevage.
La définition puis l'analyse d’indicateurs de performance et leur utilisation pour la sélection d’animaux avec de meilleures capacités d’adaptation constituent des défis. Le renforcement de la résilience est un concept qui nécessite d’évaluer les réponses dynamiques des animaux au cours de périodes prolongées. Un pan de nos recherches est consacré à la caractérisation et à la modélisation du comportement des truies dans les jours autour de la mise bas pour évaluer à la fois leur état de santé et leur aptitude maternelle. L’analyse d’images avec des méthodes d’intelligence artificielle nous a récemment permis de mesurer l’activité de centaines de truies à haut-débit sur plusieurs lactations. L’enchaînement correct des activités dans le peripartum favorise la survie des porcelets.
Vos travaux porteront sur la caractérisation des variations d’activité des truies pour définir des indicateurs comportementaux de leur état de santé autour de la mise bas. Vous aurez à mettre au point des analyses automatisées des données pour identifier des comportements d’intérêt et préciser sur quelle fenêtre de temps ils doivent être mesurés. Avec des approches intégratives, vous aurez à quantifier leur importance pour la performance des truies par rapport à d’autres caractères qui décrivent les aptitudes maternelles. Enfin, l’estimation des héritabilités et autres paramètres génétiques vous permettra d’évaluer comment utiliser l’activité des truies dans les schémas d’amélioration pour réduire la mortalité des porcelets.
Un comité de pilotage du projet sera constitué pour établir l’ensemble des interactions scientifiques et techniques nécessaires à l’avancée des travaux.

Formations et compétences recherchées

Doctorat en (bio) mathématiques – informatique ou génétique quantitative avec diplôme obtenu depuis moins de 3 ans
Maîtrise d’outils de programmation pour l’analyse de données massives
Aptitudes recherchées : gestion de projet, communication autour des développements et résultats, valorisation scientifique, curiosité au regard de la problématique

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation