Doctorant.e en virologie végétale : Etude des facteurs et mécanisme(s) sous-jacents à la prémunition

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous travaillerez dans l'unité de recherche SVQV (UMR-1131 - Santé de la Vigne et Qualité du Vin) qui associe des scientifiques et des techniciens de l'INRAE de Colmar et de l'Université de Strasbourg. L'objectif principal de l'UMR SVQV est d’étudier les interactions entre la vigne et ses agents pathogènes fongiques et viraux - y compris les vecteurs de virus - afin de développer des solutions innovantes pour une viticulture plus respectueuse de l'environnement dans le contexte du réchauffement climatique. Les recherches menées dans l'unité sont basées sur des expertises complémentaires en pathologie végétale, entomologie, génétique, génomique et métabolomique. Vous ferez partie de l'équipe Virologie Vection qui se concentre plus spécifiquement sur (i) le développement de stratégies de résistances vis-à-vis du virus responsable de la maladie du court-noué (Grapevine fanleaf virus, GFLV) et (ii) sur l'identification des facteurs impliqués dans la transmission du virus par différents vecteurs (nématodes et pucerons).

Environnement de travail, missions et activités

L’objectif de votre travail visera à étudier les facteurs impliqués dans la prémunition vis-à-vis du GFLV. Notamment, bien que la parenté génétique entre variants prémunisant(s) et challenger(s) soit soulignée dans de nombreux articles, le degré de parenté requis pour qu’il y ait prémunition reste encore inconnu. Cette absence de données a notamment conduit à une recherche empirique longue et fastidieuse, et parfois infructueuse, de variants prémunisants contre certaines souches virales. Le premier objectif de votre travail sera de déterminer le degré de parenté génétique requis entre les variants prémunisants et challengers pour la mise en place de la prémunition vis-à-vis du GFLV. Outre cette proximité génétique, deux autres paramètres se sont avérés avoir un impact sur l’efficacité de la prémunition vis-à-vis d’autres espèces virales et seront donc examinés dans le cadre de votre thèse : il s’agit (i) des fitness relatives des variants prémunisants et challengers (définie ici par leur capacité relative à infecter et à s’accumuler au sein d’un hôte) et (ii) de l’intervalle de temps entre leurs inoculations. Ces paramètres influeraient sur la mise en place de la prémunition au sein de la plante et donc sur son efficacité. Enfin, vous examinerez si une ou des voies de défense des plantes sont impliquées dans ce phénomène. Ce travail sera effectué sur hôtes herbacés (Nicotiana benthamiana, Arabidopsis thaliana) et vos résultats seront confrontés aux données obtenues sur vignes. 
Votre travail vous permettra de développer notamment des compétences en phytopathologie, en biologie moléculaire ainsi qu’en bioinformatique (analyses de données transcriptomiques).

Directeurs de thèse : Olivier Lemaire, DR2, HDR et Anne Sicard, CRCN
Financement de la thèse : ANR ToProtectMe (2025-2027)

CONTEXTE SCIENTIFIQUE

Le GFLV est une menace majeure pour la viticulture mondiale. Présent dans le monde entier et touchant les 2/3 du vignoble français, il peut causer jusqu'à 80% de pertes de rendement. L'interdiction des nématicides ciblant son nématode vecteur, Xiphinema index, a laissé peu de solutions aux viticulteurs pour lutter contre ce virus.
La prémunition, ou protection croisée, est un phénomène bien connu en virologie végétale qui consiste à inoculer un virus peu virulent (virus prémunisant) pour protéger une plante contre une infection ultérieure par un virus apparenté plus virulent (virus challenger). Ce phénomène, découvert il y a près d’un siècle, a été décrit pour de nombreux pathosystèmes. Il est depuis utilisé comme méthode de biocontrôle pour protéger des plantes d’intérêt agronomique des dégâts causés par différentes espèces virales, comme le citrus tristeza virus sur agrumes ou le pepino mosaic virus sur tomates. Malgré ce siècle de recul, les facteurs et mécanisme(s) sous-jacents à ce phénomène restent mal connus. 
 

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Master 2 ou diplôme d’ingénieur. 
• Connaissances et compétences souhaitées : virologie, formation aux techniques de base en biologie moléculaire et microbiologie. Le.a candidat.e devra avoir de bonnes capacités rédactionnelles et de communication en français et en anglais.
• Aptitudes recherchées : nous recherchons un.e candidat.e curieux.se, motivé.e, capable de travailler de manière autonome et en équipe. 
• Inscription à l’ED 414, Sciences de la Vie et de la Santé Université de Strasbourg (UNISTRA) 
   

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation