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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’objectif du groupe de travail IS5, intégration de données « Holobiontes » du projet MuDiS4LS, est de proposer des bonnes pratiques (description des échantillons, métadonnées et ontologies) et un cadre opérationnel (flux de données, stockage, diffusion et archivage) pour améliorer l’échange de données génétiques et multi-omiques agricoles en implémentant un cas d’étude particulier autour de l’holobionte. L’holobionte définit dynamiquement un organisme hôte végétal ou animal et son microbiote, en fonction notamment de contraintes environnementales. Plusieurs équipes partenaires de l’Institut Français de Bioinformatique développent des projets ayant pour objectif de caractériser un holobionte. Ces projets ont en commun de produire des données massives permettant de décrire précisément un environnement (données géographiques, climatiques, observations, enquêtes, ...), l’organisme d’intérêt (phénotypes, analyses biochimique, transcriptomiques ou métabolomiques,...), et un microbiote (abondances bactériennes ou fongiques obtenues par analyse métagénomique par amplicon, génome assemblés et annotés,...).

Nous recherchons un ingénieur ou une ingénieure pour une durée d’environ 24 mois pour implémenter ce cas d’étude à partir de données déjà acquises sur des complexes biologiques autour plantes cultivées et des animaux d’élevage. Il s’agira de développer un système d’information facilitant la collecte, la validation puis l’intégration de l’ensemble des données et métadonnées de ces projets en respectant les ontologies du domaine (ces dernières pouvant être étendues si nécessaire). Les données, une fois structurées et enrichies de connaissances (liens vers des ressources ou bases de données externes), devront être accessibles pour des analyses spécifiques (extraction, statistiques ou production de graphiques), de manière programmatique ou à travers d’une interface web. Enfin, à partir des enseignements tirés de ce cas d’étude, un ensemble d’usages et de bonnes pratiques pour la gestion des données “Holobiontes” devra être diffusé à la communauté.

Vous serez localisé.e à l’IGEPP (INRAE Rennes) ou sur la plateforme Migale (INRAE Jouy en Josas), au sein d’une équipe de bioinformaticiens et serez en contact régulier avec des experts ayant produit les données ou souhaitant les analyser.

Formations et compétences recherchées

Master 2 informatique ou bio-informatique

• Connaissances souhaitées :

- Bonne connaissance de la génomique et de la métagénomique
- Connaissance des bases de données « graphe » (RDF ou Neo4J)
- Utilisation de Framework Javascript pour le développement d’interfaces (Django, flask, Vue.js, …)
- Maîtrise de l’environnement Unix/Linux
- Pratique courante d’un langage de programmation (Python, R, …)

• Expérience appréciée :

-  Expérience appréciée dans la mise en œuvre de gestionnaires de workflow (NextFlow, Snakemake ou autre)
- Connaissance des pratiques FAIR (ontologies, standards de métadonnées)

• Aptitudes recherchées :

- Bon sens de l’organisation, rigueur, méthode et motivation
- Envie de travailler en équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation