Thèse OT-22230

Doctorat : Single-cell analysis of endoreduplicated cells from tomato fruit

33140 VILLENAVE D'ORNON

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Nous recherchons un.e candidat.e avec des connaissances en développement des végétaux et/ou croissance des tissus/cellules avec si possible une expérience d’analyse de données de transcriptomique pour une thèse de doctorat financée pour 3 ans dans le cadre du projet ANR TomENDCODE. Le projet porte sur l’analyse par séquençage d’ARN en cellules uniques de populations de noyaux polyploïdes issus du fruit de tomate. Ces cellules polyploïdes sont issues du processus d’endoréduplication au cours duquel l’ADN est répliqué sans division des cellules et qui est associé à la croissance des cellules et du fruit de tomate. Le projet vise à élucider la trajectoire de ces cellules au cours de l’endoréduplication et les mécanismes sous-jacents de régulation de l’expression des gènes.

Vous serez plus particulièrement en charge :

- du suivi en serre des plantes de tomate et de la collecte d'échantillons pour les analyses omiques.

- de l’analyse en cytométrie de flux et du tri des noyaux

- de la préparation et de la conduite des expériences des analyses de single-cell RNA-seq, d’hybridation in situ et de transcriptomique spatiale

- de l’analyse bioinformatique des données de séquençage et de l’intégration de données omiques

- vous serez amené.e à conduire des expériences de microscopie confocale, d’édition de génome par CRISP-Cas9

- Vous serez responsable du montage des expériences, de la collecte et de l’analyse des données et de leur valorisation sous forme de poster, conférence et publication scientifique.

Vous intégrerez l’équipe FDFE (Fruit Development, Flowering and Environmental constraints: https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/bfp/Recherche/Equipe-Floraison-Developpement-du-Fruit-et-Contraintes-Environnementales-FDFE) du laboratoire de Biologie du Fruit et Pathologie (https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/bfp) localisée sur le campus de Villenave d’Ornon du centre INRAE Bordeaux-Nouvelle Aquitaine.

Vous bénéficierez des infrastructures disponibles sur ce campus (serres, plateforme d’imagerie) et dans les laboratoires voisins (plateforme single-cell et génomique), ainsi que des expertises de l’équipe en croissance du fruit et endoréduplication, génomique, bioinformatique, biotechnologie et imagerie.

Vous bénéficierez d'un environnement stimulant sur un campus regroupant plusieurs laboratoires de recherche de premier plan travaillant sur les sciences végétales, la pathologie végétale et les sciences de l'environnement, ainsi que des infrastructures de pointe pour la croissance des plantes, la métabolomique et l'imagerie. Des plateformes de cytométrie et de génomique sont situées sur les sites de l'Université de Bordeaux et d'INRAE Pierroton, à moins de 15 minutes du laboratoire. Vous bénéficierez de l'expertise scientifique de vos encadrants directs, Nathalie GONZALEZ et Pascal MARTIN, et des membres de l’équipe FDFE en croissance végétale, endoréduplication, biologie cellulaire, génomique fonctionnelle, imagerie et bio-informatique.

Déplacements fréquents vers les plateformes locales (~15min)

Permis de conduire requis.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Master 2 en science des végétaux, biotechnologie, biologie moléculaire et cellulaire ou bioinformatique (avec une formation de base en biologie), ingénieur agronome avec une spécialisation incluant du travail en laboratoire.

Connaissances souhaitées : une solide formation en biologie moléculaire et en génomique, avec de préférence une solide expérience dans les approches omiques. Des bases en bioinformatique et une compréhension de l’analyse statistique.

Expérience appréciée : Expérience en bioinformatique et de l’utilisation de la ligne de commande, intérêt marqué pour la biologie du développement, expérience en microscopie.

Aptitudes recherchées : Motivation et intérêt pour développer une expertise incluant à la fois la production de données omiques à grande échelle ainsi que leur analyse et intégration bioinformatique. Bonnes capacités de communication, y compris en anglais, à l’écrit comme à l’oral. Rigueur et organisation. Soucieux(se) de collaborer avec des collègues d'horizons scientifiques différents (biologistes, bioinformaticiens).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

- d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (Tram, Bus...).

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises à son règlement intérieur notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.

Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 36 mois
  • Début du contrat : 01/10/2024
  • Rémunération : 2 100 euros brut mensuel
  • N° de l'offre : OT-22230
  • Date limite : 30/08/2024
Le centre Nouvelle-Aquitaine Bordeaux

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