Mission temporaire OT-22012

Bioinformaticien-ne au sein du projet Ferments du Futur

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Votre mission, les objectifs qui vous seront fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur, dont la durée prévisionnelle est de 10 ans, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.fermentsdufutur.eu). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 42 partenaires réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés.

Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché(e) administrativement à l’unité de recherche MaIAGE dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale. Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de l’entrepôt de données visant à rassembler toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. Cet entrepôt de données sera accompagné d’une interface conviviale permettant une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage.

Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez principalement en charge de la mise en place des procédures d’analyses bioinformatiques standardisées proposées aux utilisateurs de l’entrepôt.

 

Vous travaillerez en étroite collaboration avec les deux développeurs de l’entrepôt et avec le data steward en charge de la gestion et de la curation des données du projet. Vous aurez en charge de concevoir, tester et mettre à disposition les workflows d’analyse , de visualisation et de production de données secondaires de l’entrepôt.

Vos principales activités seront : 

  • Identifier les types d’analyses à mettre à disposition des utilisateurs de l’entrepôt.

  • Choisir, adapter ou développer, puis appliquer les méthodes, outils et workflows d'analyses bioinformatiques sur des jeux de données publics, de test ou générés dans les projets de Ferments du Futur.

  • Mettre à disposition ces workflows dans des interfaces accessibles à des utilisateurs non experts.

  • Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles concernant la mise à disposition de workflows au sein de l’entrepôt.

  • Accompagner des développeurs extérieurs dans l’interfaçage de leurs workflows avec l’entrepôt.

  • Participer à la conception et au développement des interfaces de mise à disposition des résultats.

  • Participer à la conception et à la conduite des actions de formation à destination des utilisateurs des workflows proposés.

Vous serez amené-e à interagir régulièrement avec les groupes de travail autour des données qui centralisent les besoins en termes de gestion des données produites et traitées dans Ferments du Futur. Vous interagirez également avec les autres personnels Ferments du Futur au sein des unités de la plateforme distribuée et du centre d’innovation Ferments du Futur, sous la coordination du directeur des opérations et technologies Ferments du Futur. 

Vous consacrerez environ 20% de votre temps sur des activités de la plateforme Migale en lien avec vos compétences et affinités, afin de garantir une bonne articulation entre vos activités Ferments du Futur et votre équipe d’accueil. À ce titre, vous serez intégré dans le CATI BOOM et serez encouragé-e à participer aux réseaux métiers nationaux.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Master 2 en bioinformatique. 

 

Connaissances souhaitées :

  • Analyse bioinformatique de données omiques (principalement génomiques, transcriptomiques et métabolomiques) ; une expérience dans la reconstruction de voies métaboliques serait un plus.

  • Maîtrise d’au moins un langage de programmation (Python, R).

  • Connaissance d’un outil de gestion de pipelines (Snakemake, Nextflow).

  • Maîtrise du français, de l’anglais (C1)

 

 

Expérience appréciée :

  • Projets pluridisciplinaires si possible en biologie, microbiologie ou génomique

  • Expérience de projet  multi-omiques.

  • Développement de composants ou workflows Galaxy

 

 

Aptitudes recherchées :

  • Capacité à travailler en équipe, y compris à distance

  • Sens de l’écoute, bon relationnel

  • Appétence pour la formation

  • Bonne gestion de son temps

  • Rigueur

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Mission temporaire
  • Durée : 8 ans
  • Début du contrat : 01/09/2024
  • Rémunération : à partir de 2245€ brut mensuel (négociable selon expérience)
  • N° de l'offre : OT-22012
  • Date limite : 30/06/2024
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