Mission temporaire OT-16366

Ingénieur-e en calcul scientifique

34988 Montferrier sur Lez

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli.e au sein du Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (CBGP), qui est composé d'environ 80 agents permanents d'INRAE, de l'IRD, du Cirad et de l'Institut Agro Montpellier et dont les recherches visent à répondre aux nombreuses menaces liées aux insectes attaquant les cultures ou les forêts, aux espèces envahissantes, et aux réservoirs de zoonoses. Vous serez intégré à un groupe de 8 chercheurs permanents et 6 chercheur.e.s non permanent.e.s travaillant dans le domaine de la Génétique des Populations. Ce groupe développe des méthodes computationnelles permettant d’inférer les dynamiques démographiques et adaptatives de populations d’intérêt à partir de données génomiques. Dans ce contexte, un axe de recherche prometteur consiste à analyser des génomes échantillonnés à différentes générations afin de caractériser l’évolution temporelle de la diversité génétique.

Vous devrez :

  • Optimiser un programme python permettant d’estimer l’avantage sélectif d’un allèle dans une population. Ce programme, développé au cours d’un précédent projet, repose sur l’observation de génomes à différentes générations et exploite la dynamique temporelle des fréquences alléliques  observée via ces échantillons (Paris et al., G3 2019). Ces observations sont modélisées par une chaîne de Markov cachée. Optimiser ce programme est notamment primordial pour l’analyse de génomes entiers, qui présentent un très grand nombre de locus .
  • Etendre ce programme afin de co-estimer l’avantage sélectif à un grand nombre de locus et la taille  de la population étudiée. Le programme actuel suppose que la taille de la population est connue.

Vous serez intégré-e au projet DevOCGen, qui porte sur l’exploitation de l’information génétique en conservation : https://biodivoc.edu.umontpellier.fr/recherche/projets-consortium/projet-de-consortium-devocgen/. Ce projet coordonné par le CBGP réunit plusieurs unités de la région Occitanie. Plusieurs déplacements à Toulouse sont à prévoir dans le cadre de ce projet.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS

Formation recommandée : Master 2 BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution), bio-informatique ou mathématiques appliquées.

Connaissances souhaitées : Programmation en python, modélisation statistique. Des connaissances générales en génétique seront un plus mais ne sont pas indispensables.

Expérience appréciée : Une expérience de développement en python et de techniques de suivi de version (type git) seraient fortement appréciées, ainsi qu’une expérience dans l’analyse de données génomiques.



Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Mission temporaire
  • Durée : 12 mois
  • Début du contrat : 01/11/2022
  • Rémunération : 2105 à 2527 euros brut par mois selon le niveau d’expérience
  • N° de l'offre : OT-16366
  • Date limite : 30/09/2022

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