Stage en développement Full-Stack et gestion de données pour la recherche en pathologie végétale

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’Unité Pathologie Végétale (PV) d’INRAE développe et maintient PathoBase, un Système d’Information (SI) dédié à la gestion des données biologiques et expérimentales (échantillons, souches, diagnostics, séquences nucléotidiques, etc.). 

Les projets de l'Unité Pathologie Végétale (PV) portent principalement sur l'étude des maladies bactériennes, fongiques et virales affectant les fruits et légumes du bassin méditerranéen. Ces travaux visent à comprendre les interactions entre microorganismes pathogènes, plantes hôtes, environnement et pratiques agricoles

PathoBase joue un rôle central dans ces projets en assurant notamment :

• La traçabilité des échantillons (origine, conditions de prélèvement, stockage)
• La gestion des données expérimentales (diagnostics, séquences nucléotidiques, résultats d'analyses)
• La centralisation et le partage des données entre chercheurs

PathoBase s'appuie sur les technologies suivantes : 

• Back-end (API) : Python (FastAPI)
• Front-end (Interface Web) : TypeScript (React)
• Base de données : PostgreSQL
• Stockage de fichiers : Stockage capacitif (bucket S3)
• Déploiement : Docker Compose
• Traitement asynchrone : Celery et RabbitMQ

PathoBase est toujours en cours de modernisation et des nouvelles fonctionnalités sont développées en continu afin d’adapter le SI aux besoins de chercheurs et des projets de recherche.

Dans le cadre de son évolution, nous proposons une offre de stage pour contribuer à son amélioration à divers niveaux : programmation, fonctionnalités, base de données, déploiement.

Missions proposées

La personne en stage participera activement aux missions suivantes, en fonction de ses appétences et des priorités identifiées :

1. Développement et optimisation du SI PathoBase

• Contribuer à l’évolution de l’application :
  • Développement de nouvelles fonctionnalités (front-end et back-end) en réponse aux besoins des projets et des utilisateurs (chercheurs, techniciens)
  • Correction de bugs et amélioration de l’expérience utilisateur
• Gestion des données :
  • Intégration de flux de données externes (ex : données liées à des prélèvements terrain)
  • Création de rapports et de vues en base de données pour la présentation des données

2. Documentation et formation

• Rédaction de la documentation technique et fonctionnelle
  • Formations utilisateurs
  • Transfert de l'outil vers d'autres unités de recherche

3. Sujets de modernisation du SI à plus long terme

• Infrastructure et DevOps :
  • Amélioration du pipeline d'intégration continue (CI/CD Gitlab)
  • Mise en place de tests unitaires, d'intégration et end-to-end
  • Réflexion autour du déploiement et d'une gestion plus robuste des conteneurs
• Sécurité et accessibilité :
  • Mise en place d'une fédération d'identité
  • Amélioration de la gestion des droits
  • Amélioration de l'accessibilité de l'interface web
• Gestion des données :
  • Réflexion autour d'une évolution du schéma de base de données
  • Conception d'un pipeline de données pour automatiser l'intégration et la reprise de données historiques, en garantissant leur cohérence

Travail en suivant les bonnes pratiques de gestion et de qualité logicielle : branches Git, revue de code et tests fonctionnels en environnement de recette.

Possibilité de participer ponctuellement à des sorties terrain de récolte d'échantillon et de données en fonction des besoins des projets et des appétences de la personne (1 à 2 fois pendant le stage).

Travail sur poste informatique

Formations et compétences recherchées

• Niveau requis : Master 2 en Informatique, Génie Logiciel ou équivalent
• Spécialisation appréciée : Développement full-stack, bases de données, ou data science

Compétences techniques

• Expérience avec Python et un framework back-end (FastAPI préférentiellement)
• Expérience avec TypeScript/JavaScript et un framework front-end (React préférentiellement)
• Expérience avec SQL
• Pratique de Git et des bonnes pratiques de versioning
• Notions appréciées en Docker, environnements Linux et serveurs web (nginx)

Aptitudes recherchées

• Savoir faire preuve d'autocritique et envie de progresser
• Rigueur dans la réalisation des tâches
• Capacité à collaborer avec des personnes aux profils variés (scientifique, informatique).
• Curiosité pour les enjeux milieu scientifique et agricole
• Goût pour l'investigation et la résolution de problème
• Des notions de Biologie sont un plus

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation