Doctorant-e en génétique/génomique fongique : Etude de la réponse à des stress combinés chez le champignon phytopathogène Fusarium graminearum

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte scientifique et objectifs de la thèse

Les agroécosystèmes soumettent les champignons phytopathogènes à des combinaisons de contraintes abiotiques tout au long de leur cycle de vie. Leur survie dépend de leur capacité à percevoir ces signaux environnementaux multiples et à répondre efficacement pour maintenir leur homéostasie et leur fitness. Or la réponse à des stress multiples, concomitants ou séquentiels, n’est pas la simple addition des effets observés pour chaque stress pris indépendamment. Les données issues d'expériences sur des stress individuels ne permettent pas de prédire la réponse du champignon à une situation de multi-stress. Très peu d’études adressent aujourd’hui cette problématique. 

L’objectif du projet de thèse est donc de décrypter la réponse des champignons face à des stress multiples, afin de mieux comprendre leur biologie et leurs stratégies d'adaptation mises en œuvre face à un environnement complexe plus réaliste. Le modèle étudié sera Fusarium graminearum, pathogène majeur sur céréales, responsable de la fusariose de l’épi et de la contamination en mycotoxines. La réponse à différentes combinatoires de stress abiotiques (stress température, hydrique, oxydant …) sera comparée à des situations de stress simple par des analyses transcriptomiques et métabolomiques. Cette approche permettra d'identifier les mécanismes moléculaires et métaboliques que le champignon utilise pour atténuer l'impact des stress combinés sur sa physiologie et son développement, révélant ainsi différentes stratégies adaptatives utilisées face à un environnement complexe. Plusieurs hypothèses seront testées : H01, la réponse du champignon a une combinatoire de stress n’est pas la somme des réponses individuelles à chaque stress ; H02, la combinatoire de stress induit une réponse spécifique et cette réponse est dépendante de la combinatoire considérée ; H03, la réponse au multi stress est différente selon les génotypes considérés ; H04, la réponse à des stress concomitants est différente de la réponse à des stress successifs. La méthodologie envisagée, combinant des approches microbiologiques, transcriptomiques et métabolomiques permettra de construire une vision complète et dynamique des mécanismes mis en jeu. Au-delà du modèle d’étude, le projet permettra d’acquérir des données inédites et essentielles pour établir les bases conceptuelles des processus d’adaptation à des environnements complexes et changeants chez les champignons phytopathogènes. 

Environnement de travail 

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité MycSA (Mycologie et Sécurité des Aliments, INRAE Nouvelle-Aquitaine-33) sous la direction de Marie Foulongne-Oriol. L’unité, composé d’un collectif d’environ vingt-cinq chercheurs, ingénieurs et techniciens, développe un programme de recherche pluridisciplinaire pour décortiquer les évènements qui conduisent à la contamination des denrées végétales par des mycotoxines. L’unité dispose de toutes les infrastructures nécessaires (plateaux techniques en biochimie, microbiologie, biologie moléculaire) et les compétences techniques associées pour permettre la production du matériel biologique dans des conditions contrôlées ainsi que l’acquisition des données transcriptomiques (extraction ARNm, construction de banque NGS) et métabolomiques (analyse par spectrométrie de masse). Les pipelines d’analyse associés sont utilisés en routine au laboratoire. Le projet de doctorat est inclus dans un axe des axes de recherche de l’unité sur la capacité d’évolution des populations de Fusarium toxinogènes dans un contexte de changements globaux. Il s’inscrit également dans le Grand Programme de Recherche Bordeaux Plant Sciences (https://sciences-environnement.u-bordeaux.fr/plateformes-programmes/GPR-BPS) qui s’intéresse aux compromis de réponse des organismes dans des environnements fluctuants. Ce projet de thèse est adossé au WP6 du GPR-BPS qui se concentre notamment sur l’étude de la capacité d’adaptation des agents pathogènes de plantes.

Missions principales

Le/la doctorant.e aura pour missions :

• Design et mise en place d’un plan d’expérience, acquisition du matériel biologique, génération des échantillons secondaires (extraction ARN, banque NGS, extraction métabolome)
• Analyse des données RNAseq et métabolomiques (spectrométrie de masse)
• Intégration des données omiques
• Rédaction d’articles scientifiques, présentation des résultats 

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 en Microbiologie, génétique, génomique, bioinformatique appliquée.

Connaissances souhaitées : microbiologie, physiologie, génétique et génomique fongique, biologie moléculaire, bioinformatique, biostatistique 

Expérience appréciée : une première expérience en analyse de données transcriptomiques ou métabolomiques serait un plus. 

Aptitudes recherchées : Intérêt marqué pour le travail de laboratoire et l’analyse de données. Bonnes capacités rédactionnelles, d’expression et de synthèse. Autonomie, gestion de projets, capacité d’initiative, créativité, rigueur scientifique et goût pour le travail en équipe. 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les candidats sont invités à consulter la procédure administrative sur le site de l’Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé pour candidater  : 

https://doctorat.u-bordeaux.fr/avant-le-doctorat/candidater-en-doctorat/admission-doctorat