Doctorant-e en horloges épigénétiques pour les mammifères d’élevages

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe EFISA de l’UMR GABI, au centre INRAE de Jouy-en-Josas (Yvelines). L’objectif de la thèse est d’évaluer les apports possibles des horloges épigénétiques pour améliorer la durabilité des élevages, et notamment la longévité fonctionnelle des ruminants laitiers. Une « horloge épigénétique » est un algorithme qui prend en entrée des marques épigénétiques localisées (comme la méthylation de l’ADN) et donne en sortie un âge épigénétique, ou âge physiologique, étroitement corrélé à l'âge chronologique de l’échantillon. L’écart entre l’âge épigénétique et l’âge chronologique est un potentiel biomarqueur d’un vieillissement accéléré ou au contraire ralenti. Vous aurez à disposition des données de méthylation de l’ADN, issues soit d’une puce de méthylation bovine, soit de séquençage RRBS (reduced representation bisulfite sequencing), nécessaires à l’entraînement d’algorithmes d’apprentissage automatique (glmnet, forêt aléatoire, gradient boosting, etc.), et adaptées à la nature des données d’applications. Deux jeux d’applications seront à disposition : un sur les performances laitières de vaches Holstein en ferme, et un sur deux branches d’une expérience de sélection génétique divergente sur la longévité fonctionnelle chez la chèvre.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• l’entraînement et la validation d’horloges épigénétiques dans les espèces bovines et caprines, en comparant différents types d'algorithmes (régressions pénalisées, forêt aléatoire, descente de gradient, etc.)
• l’analyse d’une éventuelle corrélation entre horloge épigénétique et maintient des performances de lactation en cours de carrière chez la vache.
• l’étude d’un éventuel impact de la sélection génétique sur la longévité fonctionnelle sur le « vieillissement épigénétique » lors d’un cycle de lactation chez la chèvre.
• l’estimation d’un éventuel déterminisme génétique du « vieillissement épigénétique » tel que mesuré par une horloge épigénétique dans l’espèce bovine.

Cette thèse est financée par le PEPR Agroécologie et numérique via le programme ADAAPT. Elle sera co-encadrée par un chercheur de l’équipe EFISA de l’UMR GABI et un chercheur de l’équipe DREAM de l’UMR BREED.

Formations et compétences recherchées

◼ Formation recommandée : Agronomie, Bio-informatique, Génétique, Génomique, Sciences vétérinaires

◼ Connaissances souhaitées : bases solides en statistiques et analyses de données pour la génomique

◼ Expérience appréciée : langage R, apprentissage automatique, analyses de données épigénomiques

◼ Aptitudes recherchées : bonnes capacités rédactionnelles en français et en anglais. Capacité à présenter ses travaux à l’oral en français et en anglais.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation