Stage sur l’interopérabilité de données de recherche

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Pour faciliter la gestion quotidienne des données de recherche produites par les équipes scientifiques, le département Santé des Plantes et Environnement (SPE) d’INRAE met en œuvre un système d’information (SI) intégré (projet DATAMAN) pour assurer la pérennité, l’intégrité et l’accessibilité des données. Ce système vise à interconnecter des entrepôts de données et des outils collaboratifs afin d’automatiser le cycle de vie des données (collecte, traitement, conservation, diffusion) en conformité avec les principes FAIR et les bonnes pratiques de la science ouverte et reproductible. 

Dans le cadre de ce projet innovant et concret, au service de la recherche, vous développerez des fonctionnalités visant à accroître l’interopérabilité du système d’information en facilitant son articulation avec d’autres entrepôts et portails d’analyse de données. Vous serez plus particulièrement en charge de :

1. Déploiement technique :

   - Déployer et configurer des systèmes d’information dans un environnement Docker sur les infrastructures INRAE, en lien avec un stockage S3.

   - Analyser les APIs existantes et leurs documentations techniques.
    

2. Développement et intégration

   - Créer une application web afin d'automatiser l’import/export de données et métadonnées entre les différents SI (requêtes HTTP, format JSON).

   - Intégrer un mécanisme d’authentification institutionnelle.

3. Documentation et valorisation

   - Versionner le code sur le GitLab institutionnel (bonnes pratiques Git).

   - Rédiger une documentation technique et utilisateur, et présenter les solutions développées à un comité d’utilisateurs du projet DATAMAN.
    

4. Améliorations optionnelles (selon avancement)

   - Intégrer des vocabulaires contrôlés (thésaurus INRAE) pour enrichir les métadonnées.

   - Développer des statistiques d’usage (volumes de données, fréquence d’accès) et des alertes pour les jeux de données inactifs.

   - Participer à un audit de sécurité (accès, chiffrement, sauvegardes).

Vous travaillerez sous la responsabilité du chef de projet DATAMAN, en étroite collaboration avec le comité de pilotage (COPIL) du département SPE et la Direction des Systèmes d’Information (DSI) d’INRAE. À l’issue du stage, vous livrerez un prototype fonctionnel, accompagné d’une documentation technique détaillée et d’un guide utilisateur, afin de permettre une adoption fluide par les équipes scientifiques. Un rapport de stage synthétisera les choix techniques, les tests réalisés et l’impact du projet sur les workflows de recherche. Enfin, vous présenterez les fonctionnalités développées devant le comité utilisateurs, incluant une démonstration pratique pour valider l’adéquation de l’outil aux besoins des chercheurs.
 

Vous exercerez votre activité au sein de l’unité Plant Health Institute of Montpellier (PHIM), localisée sur le campus international de Baillarguet à Montferrier-sur-Lez, au nord de Montpellier. Vos activités se dérouleront principalement en travail sur poste informatique.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Niveau M1 en Informatique, Data Science, Bioinformatique, Génie Logiciel ou équivalent.

Connaissances souhaitées :

• Expérience en développement BASH et Python (requests, pandas, numpy, streamlit, flask, fastapi) ou R (httr, jsonlite, shiny).
• Connaissance des APIs REST et du format JSON.
• Bonnes pratiques Git (versionnage, collaboration).

Expérience appréciée :

• Notions de conteneurisation (Docker).
• Utilisation d’outils pour tester les APIs (ex : Postman, Insomnia, curl, httpie).
• Sensibilisation aux enjeux de sécurité des données.

Aptitudes recherchées :

• Autonomie, rigueur, capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
• Intérêt pour les enjeux de la science ouverte et la gestion des données de recherche.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation