Stage : construction d’un référentiel de données multi-sources pour la modélisation des interactions adaptation/mitigation en systèmes bovins laitiers

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l’Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores. Cette Unité a pour mission de produire, d’intégrer et de diffuser des connaissances, ainsi que de partager son expertise afin de concevoir des systèmes d’élevage herbivores multi-performants répondant aux enjeux des changements globaux (environnementaux, socio-économiques et de transition numérique). L’Unité compte 118 agents titulaires et accueille chaque année environ 70 personnes non permanentes. Elle est organisée en quatre équipes de recherche, une équipe de direction et une équipe d’appui.

Vous travaillerez au sein de l’équipe Systèmes d’Élevage, Transition Agroécologique, Résilience et Qualité des Produits (STARQ), en interaction étroite avec des collègues de l’équipe Digestion, Nutrition, Aliments, Métabolisme, Microbes (DINAMIC). Vous serez également amené.e à interagir avec des chercheur.euse.s et ingénieur.e.s de l’Unité PEGASE ainsi qu’avec l’Unité Expérimentale Herbipôle. 

Le projet sur lequel vous serez impliqué.e, intitulé OPTI-HERD (« Quelles pratiques d’élevage permettent aux troupeaux bovins de gagner en résilience et en efficience tout en limitant les émissions de GES et d’azote face à des perturbations environnementales ? Une approche par modélisation. »), est financé par le Métaprogramme CLIMAE (2025-2026). Fruit d’une collaboration entre spécialistes en génétique, zootechnie, économie, sciences du sol et de l’environnement, OPTI-HERD ambitionne de produire des connaissances et des outils opérationnels pour accompagner les acteurs de la filière vers des systèmes d’élevage plus durables et mieux adaptés aux enjeux présents et futurs. 

Les systèmes d’élevage de ruminants sont à la fois victimes et contributeurs au changement climatique. Dans un contexte marqué par une fréquence et une intensité croissante des aléas climatiques, ces systèmes doivent développer des stratégies à la fois d’adaptation à leurs effets et d’atténuation de leurs impacts. Jusqu’à présent, la plupart des solutions proposées en matière d’adaptation et d’atténuation ont été envisagées soit à l’échelle individuelle (par exemple : alimentation, génétique), soit à l’échelle du système (par exemple : gestion du pâturage ou recours à des achats d’aliments complémentaires). Toutefois, une solution validée à une échelle donnée peut entrer en conflit avec une autre échelle, générant des antagonismes susceptibles de contrebalancer les efforts engagés, voire d’aggraver le problème (Van Middelaar et al., 2013). Il est donc essentiel, avant de proposer des solutions d’adaptation et d’atténuation du changement climatique, de développer une base de données intégrée et multi-échelle permettant d’identifier les déterminants, les synergies et les antagonismes entre les différents niveaux d’organisation.

Votre mission consistera à : 

1. sur le plan scientifique, identifier des potentiels liens entre les proxies d’adaptation et mitigation chez les vaches laitières face aux aléas climatiques ; 
2. d’un point de vue opérationnel, conduire un travail d’harmonisation des données individuelles de vaches laitières issues de plusieurs sites expérimentaux INRAE, provenant à la fois d’expérimentations et du suivi de routine des animaux au sein de ces dispositifs. Ces données présentent une forte hétérogénéité en termes de pas de temps (du quotidien à l’ensemble de la carrière d’une vache), de variables considérées (génétique, marqueurs physiologiques, performances, alimentation et empreinte environnementale) et de niveaux d’intégration (individu - troupeau). Votre objectif principal sera de rendre ces données interopérables, structurées et exploitables pour les besoins du projet.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

1. regrouper, nettoyer et structurer les données issues de sources et de formats variés (fichiers tabulaires, bases de données, séries temporelles, objets R, métadonnées, …) au sein d'un même ensemble cohérent (bases relationnelles et/ou hypercubes multidimensionnels) ;
2. calculer et documenter de nouvelles variables à partir des données brutes afin de rendre les différents jeux de données comparables et cohérents ; 
3. conduire une analyse exploratoire de l’ensemble des données visant à identifier les proxies d’adaptation et mitigation des vaches et leurs associations potentielles à travers :

• une caractérisation descriptive globale (moyennes ou médianes, écarts types, effectifs, diversité des races, des types d’alimentation et systèmes considérés) ;
• identification d’éventuelles erreurs de saisie et valeurs extrêmes ;
• caractérisation de la distribution des variables (normale, de Poisson, de Weibull, ou autre) ;
• conduction d’une gamme d’analyses uni- et multivariées à la fois paramétriques et/ou non-paramétriques afin de quantifier les interactions ciblées, par exemple corrélations, ACPs, analyses de variances, entre autres.

 

Bibiliographie : Van Middelaar, C.E., Berentsen, P.B.M., Dijkstra, J., De Boer, I.J.M., 2013. Evaluation of a feeding strategy to reduce greenhouse gas emissions from dairy farming: The level of analysis matters. Agricultural Systems 121, 9–22. doi:10.1016/j.agsy.2013.05.009

Conditions particulières d’activité : Intégration dans un environnement multidisciplinaire. Travail principalement sur écran, avec possibilité de visiter des dispositifs expérimentaux en bovins viande et lait.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Bac+4 ou 5, école d’ingénieur en science des données, statistiques, agronomie ou sciences de l’élevage

Connaissances requises : Analyse de données, logiciel R, requêtes SQL

Expérience appréciée : Systèmes d’élevage, environnement et production bovine

Aptitudes recherchées : Travail en équipe, autonomie, rigueur et capacité d’organisation

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  2,5 jours de congé par mois de présence effective ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Le site de Theix situé à Saint-Genès-Champanelle est desservi par la ligne T2C numéro P39 ainsi qu’une ligne de transport à la demande, il est également équipé de stationnements et de services dédiés à la pratique du vélo.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation