Mission temporaire OT-28740
Ingénieur·e bioinformaticien·ne expert·e en pangénomique
3565. LE RHEU
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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
La hernie des crucifères, causée par le protiste tellurique, Plasmodiophora brassicae, est une maladie racinaire majeure des brassicacées, dont le colza et le chou. Nos connaissances sur l’origine et l’étendue de la diversité de cet agent pathogène à l’échelle mondiale sont encore insuffisantes pour comprendre la diversité des pathotypes, l’expression et l’évolution de leur pouvoir pathogène et notamment de leur virulence (dont le contournement des résistances présentes dans les variétés végétales actuelles). Les projets PANGENOCLUB (financement Plant2Pro) et PLATOON (financement CASDAR) ont pour objectif d’améliorer nos connaissances sur le génome et la diversité de P. brassicae par la constitution et l’analyse de son pangénome et l’analyse de sa diversité dans différentes populations françaises prélevées dans les bassins majeurs de production de colza et de chou. Dans ce cadre, nous recherchons un·e ingénieur·e bioinformaticien·ne pour une durée de 18 mois pour prendre en charge :
- l’assemblage et l’annotation des génomes de 14 isolats monospores représentatifs des pathotypes majoritaires français et européens,
- la création d’un graphe de pangénome de l’espèce,
- l’analyse des données de séquençage en lectures courtes de 75 isolats populations prélevés dans les régions françaises de production de colza et de chou, et la caractérisation des variations génomiques entre les pathotypes,
- l’étude de la diversité génétique des isolats afin d’établir des premières hypothèses sur l’émergence, l’évolution des pathotypes et le contournement des résistances et l’établissement de marqueurs moléculaires spécifiques des différents pathotypes identifiés en France.
Vous exercerez vos missions au sein de l’Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP) dont l’ambition est d’analyser, comprendre et prédire le fonctionnement des plantes et de leurs organismes associés dans le cadre de systèmes de production agroécologique durables, en limitant les intrants et en respectant l’environnement. Vous serez accueilli·e sur la plateforme bioinformatique de l’unité, GOGEPP, comprenant 7 ingénieur.e.s. L’objectif de cette plateforme est de fournir les ressources humaines, matérielles et logicielles afin de faciliter l’organisation, le partage, l’intégration et le traitement par la communauté scientifique, de données génomiques et associées (par exemple transcriptomique, métabolomique ou épigénomique).
Vous travaillerez sur le site du Rheu[SR(1] , dans l’équipe Diversité, Evolution et génomique des Interactions Biotiques (DEBI) mais vous devrez vous rendre régulièrement sur le campus universitaire de Beaulieu à Rennes, pour travailler avec les membres de la plateforme bioinformatique de l’unité. Afin de tester ou d’améliorer les outils d’identification de variants structuraux dans les graphes de pangénome, vous collaborerez avec les chercheur·es de l’équipe Genscale (centre Inria de l’université de Rennes) et participerez au réseau GET-A-PAN de l’INRAE (https://pangenomes.mathnum.inrae.fr/).
Formations et compétences recherchées
- Formation recommandée : M2 en bioinformatique
- Connaissances souhaitées :
- Science des données
- Génie Logiciel
- Concepts et architectures du système d'information et de communication
- Gestion et analyse des données génomiques sur des clusters de calcul intensif
- Maîtrise de langages de programmation Python et R
- Maîtrise de l’anglais scientifique (bibliographie…)
- Expérience appréciée :
-Expérience du traitement de données génomiques, de la génomique comparée et de la recherche de variants
- Traitement de l’information (informatique et biostatistiques)
- Aptitudes recherchées :
-Capacité à interagir avec des biologistes et des informaticiens
- Sens du travail en équipe et de l'organisation
- Autonomie
- Bonnes capacités de communication
- Sens critique
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.
Modalités pour postuler
J'envoie mon CV et ma lettre de motivation
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr