Postdoctorant·e en modélisation métabolique intégrative pour applications en biotechnologie

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli·e au sein de l’équipe BioSys de l’unité MaIAGE (centre INRAE Île-de-France – Jouy-en-Josas/Antony), dans le cadre du projet de modélisation métabolique MuSiHC, financé par le PEPR B-BEST. Vous intégrerez un environnement de recherche interdisciplinaire à l’interface entre modélisation mathématique, biologie des systèmes et informatique scientifique. Des informations détaillées sur le projet et les missions sont disponibles à l’adresse suivante : https://tinyurl.com/postdoc-musihc-maiage.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Adapter et étendre des modèles métaboliques existants d’E. coli (intégration d’une voie de biosynthèse du 1,3-propanediol, scénarios de milieux variables et mutants).
• Mettre en œuvre et exploiter des outils existants de modélisation métabolique contrainte et d’allocation de ressources, en interaction avec les partenaires du projet.
• Utiliser des logiciels de calcul de modes élémentaires (EFM) développés par les partenaires et analyser les propriétés fonctionnelles des modèles.
• Développer et structurer des interfaces et objets Python assurant l’intégration cohérente des modèles, des formats de fichiers et des chaînes de simulation.
• Réaliser des simulations sous différentes conditions environnementales et génétiques et analyser les flux et indicateurs associés.
• Contribuer à la valorisation scientifique des travaux (rédaction d’articles, présentations, livrables du projet) en collaboration avec les équipes partenaires.

Activité principalement en environnement de bureau et informatique. Possibilité de télétravail selon la réglementation en vigueur à INRAE et en accord avec l’encadrement. Interactions régulières avec les partenaires du projet et déplacements ponctuels en France.

Formations et compétences recherchées

Diplôme : Doctorat en modélisation des systèmes biologiques, biologie computationnelle, mathématiques appliquées, informatique scientifique, ingénierie ou discipline connexe

Connaissances souhaitées : Modélisation métabolique sous contraintes (type FBA/COBRA ou approches apparentées) ou modèles d’allocatioin des ressources, bases en biologie cellulaire et métabolisme bactérien, programmation scientifique en Python. Notions en apprentissage automatique appréciées. Expérience appréciée : Utilisation de logiciels de modélisation métabolique, développement ou intégration d’outils logiciels scientifiques, gestion de formats de modèles (SBML ou similaires), travail en collaboration interdisciplinaire.

Aptitudes recherchées : Rigueur scientifique, autonomie dans le développement de code, capacité à structurer et intégrer des outils existants, goût pour le travail collaboratif, bonnes capacités de communication écrite et orale en anglais.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation