Offre de stage: Techniques de quantification du black rot de la vigne (Phyllosticta ampelicida (Engelm.) Aa (syn. Guignardia bidwellii)

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR 1065 Santé et Agroécologie du Vignoble de l’INRAE Nouvelle Aquitaine, Villlenave d’Ornon, dans l’équipe «Biorésilience » constituée de 3 chercheurs, et un assistant ingénieur .Vous serez recruté dans le cadre du projet VALORISE (Ecophyto) coordonné par l’IFV (Institut français de la Vigne). Le projet VALORISE vise à développer une prévision du risque épidémique performante et accessible à l’ensemble des rédacteurs des Bulletins de Santé du Végétal, pour le mildiou, l’oïdium et le black rot. 

 Ce stage concerne l’épidémiologie du risque black rot.

Contexte : Le black rot est en recrudescence depuis quelques années dans plusieurs vignobles. Il devient une nouvelle priorité pour les viticulteurs, en particulier dans un contexte de réduction de solutions fongicides efficaces et du déploiement de variétés résistantes à l’oïdium et au mildiou, mais sensibles au black rot. Le niveau des épidémies de black rot est également très dépendant de l’entretien du vignoble (parcelles abandonnées, débris au sol…). Le cycle du BR (Phyllosticta ampelicida (Engelm.)) est relativement complexe, avec des épidémies initiées par des ascospores (spores sexuées dispersées à longue distance par le vent) ou des pycniospores (spores asexuées dispersées par splashing). Les deux types de spores, libérées par les pluies, ont besoin pour germer d’une période d’humectation importante (eau libre min >6h), et d’une période d’incubation longue de deux à trois semaines en fonction de la température. Il en résulte que quand les premiers symptômes apparaissent sur feuilles, plusieurs cycles ont pu être initiés.  

Deux modèles ont été développés pour simuler la dynamique du black rot et prédire le risque épidémique. Un premier modèle (Molitor) permet de décrire le processus de contamination et la durée de la période d’incubation et d’indiquer, en fonction de la durée de la période infectieuse, si le risque de contamination est nul, léger, moyen ou fort. Le risque est basé sur deux groupes de paramètres : i) le climat et ii) la phénologie de la vigne. Un second modèle (Rossi) permet de calculer la maturation des ascospores et des pycniospores et leur dynamique de libération et de dispersion en fonction de la pluie. Ce dernier modèle est initié par les proportions d’ascospores vs pycniospores dans les baies momifiées, et proportions de pycniospores produites par les chancres (tiges et vrilles). Ces proportions décroissent en fonction de variables climatiques qui gèrent leur maturation et leur libération. Aucun des modèles ne tient réellement compte de la quantité d’inoculum présente dans la parcelle, ni de l’influence de la date de formation des momies l’année précédente (N - 1) sur le déclenchement des épidémies en année N. Ces facteurs sont pourtant très importants, car ils peuvent influencer la dynamique du risque épidémique et sa gestion par les viticulteurs : à conditions climatiques égales, les dégâts seront différents selon la quantité d’inoculum.

Question de recherche : Pour améliorer la prévision de risque BR, et la gestion des épidémies, nous travaillons à définir de nouveaux indicateurs de risque basés non pas uniquement sur le climat, mais sur des connaissances épidémiologiques. Pour avancer sur ces questions de recherche nous avons mis en place des outils de suivis d’inoculum, de l’infection, de sa dispersion en relation avec la maladie. Les suivis de maturation de l’inoculum primaire ou de sporée aérienne restent très chronophage, nous sommes en cours de définition de marqueurs moléculaires qui nous permettront de quantifier plus facilement les emissions de spores et le potentiel infectieux avant même ces emissions. 

Mission et activités:  L’étudiant.e travaillera à la mise au point de dispositifs terrain pour la quantification moléculaire (qPCR, sondes taqman) du black rot, à partir de bioessais et de sporée aérienne au vignoble. La relation sera faite avec la maladie mesurée sur des plantes pièges et sur une parcelle expérimentale de vigne. Plus concrètement il s’agira de :

• Valider les marqueurs moléculaires précédemment définis et optimiser des techniques d’extraction sur différents supports de capture
  • Mettre en place au vignoble des systèmes de captures (capteurs passifs et actifs)
  • Gestion de plantes pièges pour la validation de la réussite à l’infection et l’établissement de la relation quantité d’ADN / quantité de symptômes

Techniques : qPCR, extraction d’ADN, microscopie numérique, informatique, analyses statistiques

Formations et compétences recherchées

Master (Bac+3/5)

Formation recommandée : Étudiant ingénieur agronome ou Master 2 ou BTS biotech

- Connaissances souhaitées : avoir déjà pratiqué des techniques de biologie moléculaire, 

-Aptitudes recherchées : Capacité à travailler de manière autonome et en équipe, rigueur, sens de l’organisation et de la gestion d’échantillons et de données.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation