Assistant-e Ingénieur-e – Mise au point et utilisation d’un protocole de biologie moléculaire pour la détection de la consommation de ravageurs clés en production de semences

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous exercerez votre activité au sein de l’unité de recherche IGEPP (Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes) qui répond à des enjeux sociétaux majeurs en agronomie, en œuvrant pour une agriculture plus économe en engrais et pesticides, tout en préservant et valorisant la biodiversité. Vous intégrerez l’équipe Écologie et Génétique des Insectes (EGI), qui se concentre plus spécifiquement sur (i) la description et la compréhension des réseaux d’interactions entre insectes phytophages, plantes hôtes, ennemis naturels et microbiotes associés ; (ii) l’identification des mécanismes écologiques, évolutifs et moléculaires sous-tendant certains traits adaptatifs d’insectes phytophages et de leurs ennemis naturels ayant un fort impact agronomique ; (iii) l’évaluation et la prévision de l’influence des paysages et des pratiques agricoles sur les populations et communautés d’insectes des agroécosystèmes ; et (iv) le développement de stratégies durables fondées sur la gestion intégrée des ravageurs et la lutte biologique.

Environnement de travail, missions et activités

Ce contrat à durée déterminée s’inscrit dans le cadre du projet Agrosem2, porté par la FNAMS. Ce projet vise à produire des semences de blé, luzerne, oignon, carotte, betterave sucrière et chanvre sans utiliser de produits phytosanitaires de synthèse, tout en respectant les normes de faculté germinative et de pureté spécifique propres à chaque espèce.

Pour atteindre l’objectif zéro produit phytosanitaire de synthèse, le projet repose d’abord sur des stratégies préventives contre les adventices, maladies et ravageurs : rotations longues alternant dates d’implantation et familles botaniques, maintien ou restauration de bandes fleuries pour favoriser les auxiliaires généralistes, choix de variétés moins sensibles, décalage des dates d’implantation, semis sous couvert, gestion raisonnée de la fertilisation azotée. Si ces leviers préventifs s’avèrent insuffisants, ils seront complétés par des actions curatives : désherbage mécanique, écimage, désherbage manuel ou applications de produits de biocontrôle. L’efficacité de ces approches repose sur leur combinaison au sein d’un système de culture cohérent, mobilisant des modes d’action complémentaires.

L’offre de CDD s’inscrit dans un des volets du projet qui porte sur l’étude des interactions trophiques entre ravageurs et prédateurs généralistes dans les cultures de semences, en particulier pour la luzerne. Cette culture est exposée à plusieurs ravageurs majeurs, tels que les tychius, les phytonomes ou encore les cécidomyies, dont les attaques peuvent fortement dégrader la production de semences. Identifier les prédateurs généralistes en capacité de consommer ces ravageurs est un élément clé de la transition vers des systèmes sans produits phytosanitaires de synthèse, reposant en partie sur les régulations biologiques.

Pour répondre à cette question, le projet prévoit un suivi simultané des communautés de prédateurs présents à la surface du sol (utilisation de piège barber) et dans la végétation (échantillonnage au filet fauchoir). L’objectif est de caractériser non seulement leur diversité et leur abondance, mais aussi d’identifier les groupes de prédateurs consommateurs des ravageurs cibles. Les carabes, différentes familles d’araignées ainsi que les punaises prédatrices seront notamment étudiés, car ils constituent des groupes fonctionnels reconnus pour leur potentiel de prédation dans les cultures.

Ce travail vise à optimiser puis à utiliser un outil moléculaire permettant de détecter des ravageurs clés des cultures de semences dans le contenu stomacal de prédateurs généralistes. L’objectif est de disposer d’une méthode sensible et fiable pour identifier, directement à partir d’échantillons de terrain, quelles espèces de ravageurs sont effectivement consommées par les prédateurs présents dans les systèmes étudiés.

Les missions confiées seront les suivantes :

1. Mise au point et mise en œuvre d’une PCR multiplex ciblant les ravageurs d’intérêt :
   conception et test d’amorces spécifiques aux ravageurs cibles, détermination du seuil minimal de détection, contrôle de spécificité vis-à-vis d’autres espèces, puis validation de la méthode sur des échantillons issus du terrain. Réalisation des analyses moléculaires sur l’ensemble des échantillons collectés durant les campagnes de terrain 2026 et 2027.
2. Participation au lancement des collectes des échantillons sur les trois sites expérimentaux du projet (Brain – 49, Condom – 32, Castelnaudary – 11 en 2026 et 2027) afin de garantir une procédure de prélèvement homogène et adaptée aux analyses moléculaires.
3. Identification des communautés de prédateurs présentes sur les différents sites, à partir des échantillons collectés par la FNAMS.
4. Analyse, interprétation et valorisation des données : traitements statistiques, production de représentations graphiques et préparation des résultats en vue de leur intégration dans les livrables du projet.
5. En parallèle, des tests de consommation des différents ravageurs clés par les prédateurs généralistes identifiés sur le terrain pourront être réalisés.

 

Des déplacements sur le terrain sont à prévoir pour assurer la collecte des échantillons sur les trois sites expérimentaux.

Formations et compétences recherchées

• Formations en biologie, biologie moléculaire et entomologie sont attendues
• Connaissances et expériences souhaitées en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR multiplex, design d’amorce). Expérience sur le terrain pour la collecte de prédateurs généralistes (ex : carabes, araignées, etc) en vue de l’analyse de leur contenu stomacal.
• Maîtrise des outils d’analyse de données et de représentation graphique (Excel, R ou équivalent).
• Gout pour le travail expérimental de terrain et de laboratoire, ainsi que pour le travail en équipe.
• Autonomie, rigueur et esprit d’analyse.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation