Ingénieur en bio-informatique pour l’analyse de données génomiques à grande échelle chez les abeilles

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité GenPhySE de l’INRAE de Toulouse, dans l’équipe  BeeGees, travaillant sur la diversité génétique et la génomique de l’abeille à miel (http://genphyse.inrae.fr/poles). Vos travaux porteront sur l’analyse de données de séquençage, dans le cadre du projet FecDist, sur l’étude de la fécondation des abeilles en milieu naturel, en vue de maîtriser la voie mâle dans les schémas de sélection.

Description du projet

La reproduction chez l’abeille à miel Apis mellifera présente des caractéristiques uniques parmi les espèces d’élevage. La reine, unique femelle fertile dans une colonie, réalise un ou plusieurs vols nuptiaux quelques jours après sa naissance et s’accouple en plein vol avec plusieurs mâles — les faux-bourdons — dont elle stocke le sperme dans sa spermathèque. Afin de favoriser la génétique qui les intéresse, les sélectionneurs saturent l’environnement en disposant des ruches à mâles, produisant des faux-bourdons de la génétique d’intérêt en grand nombre. Néanmoins, comme de nombreux apiculteurs utilisent simultanément la même stratégie avec des fonds génétiques et intérêts de sélection différents, on peut s’interroger sur l’efficacité de cette pratique. Afin de tester l’efficacité du contrôle de la fécondation des reines, nous avons disposé des ruches à mâles à des distances variées autour d’un rucher de fécondation. La détection d’allèles spécifiques aux différents mâles sera réalisée par séquençage de génomes complets avec des « lectures courtes » et ce à la fois par le séquençage d’ouvrières filles des reines fécondées et de mâles provenant des ruches à mâles. Deux approches sont envisagées : (i) la recherche d’allèles diagnostiques au marqueurs SNPs et (ii) l’analyse des allèles du gène de détermination du sexe chez les abeilles à miel complementary sex determiner (csd), pour lequel plus de 100 allèles codants différents sont connus.

Vous serez plus particulièrement en charge de l’analyse des données de séquençage massif. Des données disponibles au laboratoire pour plus de 1000 génomes de faux-bourdons haploïdes, seront utilisées afin d’affiner notre connaissance du locus hypervariable csd. L’analyse des données de séquençage en mélanges du projet FecDist permettra l’identification d’allèles SNP spécifiques à chaque origine de mâle et leur détection dans les séquences d’ouvrières filles des reines fécondées.

Le télétravail est possible (maximum 2 jours par semaine)

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Analyse de génomes, bio-informatique, génétique

Connaissances souhaitées : bash, R, Python

Expérience appréciée : Expérience des traitements de données de séquençage haut-débit et sur l’utilisation de cluster de calcul linux. Une expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent) et un intérêt pour les abeilles / l’apiculture seraient un plus.

Aptitudes recherchées : le travail d'équipe et la collaboration

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation