Stage : Rôle des déterminants environnementaux, climatiques et géographiques sur l’abondance de la tique Ixodes ricinus, vecteur potentiel de l’agent de la maladie de Lyme dans la vallée d’Aspe (Pyrénées-Atlantiques)

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l’Unité Epidémiologie des maladies animales et zoonotiques (UMR EPIA) du centre INRAE Auvergne-Rhône-Alpes.

Votre mission portera sur l’analyse des données d’abondance de tiques et la recherche de déterminants expliquant les variations d’abondance.

Contexte : Les maladies zoonotiques dont les agents pathogènes sont transmis par des vecteurs, sont impactées par les changements globaux comme le changement climatique ou le changement des pratiques humaines. En Europe, les maladies transmises par les tiques sont l'une des principales menaces pour la santé humaine et animale (Semenza and Suk 2018). Les tiques sont les premiers vecteurs d'agents pathogènes pour les animaux, les deuxièmes après les moustiques pour l’Homme.

En France en 2024, le nombre de nouveaux cas de borréliose de Lyme chez l’humain a été estimé à 35 147 (Réseau sentinelles 2025). La borréliose de Lyme est transmise à l’Homme lors d’une piqûre de tique du genre Ixodes ricinus, elle est considérée comme une maladie en expansion en Europe et dans le monde. Cette tique est la plus répandue en France. Son cycle de vie comprend 3 stades (larves, nymphes et adultes). Le passage d’un stade au suivant nécessite la prise d’un repas sanguin sur un hôte vertébré. La tique s’infecte lors d’un repas sur un hôte infecté à partir du stade larvaire. L’infection persiste ensuite aux stades suivants. L’activité des tiques, qui est la recherche active d’un hôte nourricier, est saisonnière et dépendante des conditions météorologiques.

En vallée d’Aspe (Pyrénées-Atlantiques), les témoignages de la population et des professionnels de santé semblent montrer une évolution des populations de tiques : leur nombre augmente et leur aire de répartition s’étend en altitude. Dans le même temps, le nombre de personnes indiquant avoir été piqué et infecté a augmenté. L’augmentation de l’incidence de la borréliose de Lyme peut être due à des variations spatiotemporelles de la densité et de l’activité des tiques, une modification de la répartition des hôtes et des agents pathogènes. Elle est également liée aux activités humaines de loisirs ou professionnelles, qui favorisent le contact avec les tiques.

Le projet EPPAT (Etude Participative Pluridimensionnelle dans la Vallée d'Aspe sur le vecteur Tique) s’inscrit dans une démarche One Health (Vourc’h et al. 2021) en lien avec le risque lié aux tiques et maladies à tiques. Un premier axe questionne sur l’impact du réchauffement climatique sur l’écologie des tiques et la transmission des pathogènes. Un second axe étudie l’évolution du rapport entre les usagers de la montagne et la tique en lien avec l’évolution des pratiques agroécologiques. Ces connaissances sont nécessaires pour adapter la prise en charge médicale des patients en cas de piqûre.

Dans le cadre du premier axe, des tiques ont été collectées à 4 altitudes dans la vallée d’Aspe, une fois par mois pendant 3 ans (2023-2025). Deux pathogènes, Borrelia spp. (responsable de la maladie de Lyme chez l’humain) et Anaplasma phagocytophilum (responsable de l’anaplasmose granulocytaire chez les bovins et les ovins) sont analysées dans les tiques de 2023 et 2024.

Objectif : Ce stage s’inscrit dans le premier axe du projet EPPAT. Il a pour but de comprendre quels déterminants biotiques et abiotiques (météorologie, couvert végétal, hôtes, …) peuvent expliquer les différences observées d’abondances de tiques selon l’altitude et les saisons en zone de montagne. Aux vues des observations de terrain, l’altitude semble expliquer fortement les différences d’abondances des tiques dans la vallée d’Aspe. L’objectif du stage sera de voir si il est possible de mettre en évidence l’existence d’autres déterminants qui expliqueraient ces différences.

Vous aurez plus particulièrement en charge :

- de réaliser une analyse descriptive des données (tiques, pathogènes), pour évaluer l’évolution de l’abondance des tiques collectées des tiques et des pathogènes détectés en fonction des conditions météorologiques.

- de construire des indicateurs d’abondance de tiques et des indicateurs de prévalence des pathogènes. Ces indicateurs seront utilisés pour mettre en évidence par des méthodes statistiques l’effet des déterminants biotiques et abiotiques [variables explicatives] sur les différents indicateurs [variables à expliquer].

Les résultats obtenus dans ce territoire pourront être comparés à des données et modèles déjà existants.

Vous utiliserez les jeux de données suivants dont une partie est géoréférencée :

• Données sur les tiques (abondance sur quatre sites) collectées entre 2023 et 2025 ;
• Données sur la détection de pathogènes dans les tiques collectées en 2023 et 2024 : Borrelia burgdorferi sensu lato et A. phagocytophilum ;
• Caractéristiques de terrain saisies par les collecteurs et enregistrements de température et humidité relative sur les sites.

Des données supplémentaires seront à acquérir et des variables seront à créer afin de compléter les informations caractérisant l’abondance des tiques à partir de bases de données disponibles [data.gouv, BD Topo, …].

Les résultats de cette étude permettront de préciser les variables pouvant expliquer les variations d’abondance des tiques au cours des saisons et en fonction du gradient altitudinal, ainsi que la distribution et la présence de pathogènes dans la vallée d’Aspe. Les résultats obtenus apporteront des informations sur le risque de piqûre de tique pour les usagers de la montagne et les conséquences sanitaires en cas de piqûre par une tique infectée. Ces connaissances aideront à améliorer les conseils et messages de prévention sur le risque tique et les maladies associées.

Les encadrants : 

- Isabelle Lebert (Ingénieure de recherche responsable scientifique du projet) travaille sur les déterminants expliquant la présence et l’activité de la tique I. ricinus et de la prévalence de B. burgdorferi sl dans les tiques. Elle travaille dans l’UMR EPIA (Epidémiologie des maladies Animales et zoonotiques). EPIA étudie l’épidémiologie des maladies infectieuses dans les populations animales (dont certaines transmissibles à l’homme), en relation avec les processus écologiques et évolutifs, dans le contexte de changement global. Le stage est à l’interface entre deux thèmes de l’unité, l’un (1) sur les questions de santé et changement global et l’autre (2) sur l’épidémiologie, écologie et évolution des agents pathogènes animaux et zoonotiques.

- Séverine Bord (Ingénieure de recherche en statistique) travaille sur des abordant le risque lié aux tiques en prenant en compte les pratiques et usages du territoire par les citoyens Elle travaille dans l’UMR LISIS (Laboratoire Interdisciplinaire Sciences Innovations Sociétés) Le LISIS s’intéresse à la compréhension des transformations liées aux sciences, aux techniques et innovations dans les sociétés contemporaines. Il conduit des recherches sur les technologies numériques et développe une sociologie numérique à travers la plateforme CorText qui permet la collecte et le traitement de données numériques et textuelles.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Étudiant.e en Master 2 en écologie et environnement, ou en épidémiologie des maladies infectieuses, ou étudiant.e en école d’ingénieur (agronomie, géomatique).

Connaissances souhaitées : en écologie ou en épidémiologie des maladies infectieuses, ainsi que des compétences et connaissances en analyses de données : logiciels de Systèmes d’informations géographiques (ArcGIS, QGIS), et de statistique (R).

Expérience appréciée : en gestion et analyse de données, bases de données.

Aptitudes recherchées : rigueur, curiosité, capacité de travail en équipe. Capacité de lecture et rédaction scientifique en anglais.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  2,5 jours de congés par mois de présence ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation