Etude de la coccidiose en lapins élevés en plein-air

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de au sein de l’unité GenPhySE(Génétique, Physiologie, et Systèmes d’élevages), une Unité Mixte de Recherche (UMR) INRAE-Université de Toulouse-ENVT située au sud de Toulouse. GenPhySE regroupe plus de 150 personnes travaillant sur des espèces animales d’élevages (porc, mouton, chèvre, lapin, caille, abeille). Vous serez intégré.e à l’équipe MAGE (Multiperformance animale et génétique). Ce stage sera encadré par Mélanie Gunia (équipe MAGE) et coencadré par Davi Savietto (équipe SYSAE).

Contexte. Dans un contexte de transition agroécologique et d’amélioration du bien-être animal, de nouveaux systèmes d’élevage se développent, avec l’élevage de lapins hors des cages, en grands groupes au sol en bâtiments, ou en systèmes Agriculture Biologique avec des lapins élevés au pâturage. Ces nouveaux modes d’élevage augmentent l’exposition des lapins à des parasites internes tels que les coccidies, qui causent des diarrhées, des amaigrissements et de la mortalité. Pour limiter l’utilisation de produits antiparasitaires, améliorer la résistance des lapins à ces parasites devient prioritaire.

Objectif du stage. Identifier des indicateurs de résistance ou tolérance à la coccidiose dans le but de sélectionner les lapins sur ces indicateurs pour améliorer leur résistance.

Expérimentation. Deux essais de 6 semaines environ sont conduits par an (de 2025 à 2027), avec mesures des performances de croissance et de santé de lapins suivi du sevrage à l’abattage. Les effectifs sont de 90 lapins élevés sur prairie classique, 90 lapins élevés sur prairie spécialement conçue pour les lapins, et 30 lapins élevés en parc en bâtiment. Des crottes sont prélevées sur 30 lapins par lot pour suivre de façon individuelle l’infestation par des coccidies. Des comptages de cellules sanguines et des mesures sur les carcasses sont aussi réalisées sur ces lapins.

Déroulement du stage.

1. Mise en forme des jeux de données des deux essais précédents (printemps et automne 2025). 
   Analyse des données pour:

-  caractériser la réponse des lapins à l’infestation naturelle par les coccidies. Définir des indicateurs de résistance ou tolérance à la coccidiose.

- évaluer les différences d’infestation entre les groupes expérimentaux (prairie classique, prairie à lapins, parc intérieur)

- évaluer la variabilité de la résistance à la coccidiose dans les différents environnements selon les origines paternelles et maternelles des lapins, pour identifier des familles plus résistantes

2. Participation au 3^ème essai (6 semaines autour de mai 2026) : collectes de données (état sanitaire des animaux, collectes de crottes, analyses de l’herbe), coproscopies (comptage et identification des coccidies au microscope), enregistrement des données
3. Analyse de l’essai 3 avec les modèles et méthodes utilisées à l’étape 1
4. Rédaction d’un rapport

Publications relatives au sujet :

V Fillon, K Feve, C Bannelier, M Robert, J Moirez-Charron, et al.. Suivi de l'excrétion des coccidies dans différents systèmes d'élevage intérieurs ou extérieurs par coproscopie et développement d'une technique de biologie moléculaire. 20èmes Journées de la Recherche Cunicole, May 2025, France. ⟨hal-05093603⟩
L Fortun-Lamothe, D Savietto, V Fillon. Élevage des lapins à l’extérieur : quoi de neuf ?. NOV'AE, 2025, spécial 03 NOV'AE, ⟨10.20870/Revue-NOVAE.2025.9241⟩. ⟨hal-05302166⟩

Ce stage présente une diversité d’activités : analyses sur ordinateur, travail en plein air à proximité des lapins (prélèvement de crottes), travail en laboratoire au microscope (coproscopie pour le comptage des coccidies).

Le stage aura lieu sur site, sur le campus INRAE Occitanie-Toulouse d’Auzeville, au sud de Toulouse. L’accès à l’installation expérimentale lapin se fera en voiture ou à vélo (7km aller le long du canal du midi _ plat et sécurisé) depuis le campus INRAE d’Auzeville. Le permis B ou la capacité à faire du vélo (vélos électriques disponibles sur le centre INRAE) sont un plus mais ne sont pas obligatoires.

L’étudiant(e) recruté(e) travaillera en collaboration avec une étudiante en thèse italienne.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master, Ecole d’ingénieur (dernière année), agronomie, productions animales, biologie

Connaissances souhaitées : connaissance de l’élevage, bases en statistiques, utilisation d’Excel et R

Expérience appréciée : analyse de données

Aptitudes recherchées :  goût pour l’analyse de jeux de données, esprit de synthèse, polyvalence : capacité à travailler dans des environnements multiples (bureau, élevage, laboratoire) 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation