Ingénieur-e en bio-informatique

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut français de la vigne et du vin (IFV) est un institut technique qui rassemble 170 collaboratrices et collaborateurs dans les principales régions viticoles françaises. Sa mission est d’apporter par son activité de recherche appliquée des solutions et des références techniques à la filière vitivinicole française.
Rejoindre l’IFV, c’est prendre part à la transformation de la filière et aux enjeux du futur, agir activement dans la diffusion des résultats de recherche et d’expérimentation et partager son engagement RSE.
A Colmar, l’équipe rassemble des compétences en œnologie, technologies de séquençage à haut débit et dépérissements.
 

Environnement de travail, missions et activités

Dans le cadre de ses activités liées au séquençage haut-débit (HTS), l’IFV pôle Alsace au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) ingénieur(e) bio-informatique, basé(e) à Colmar dans les locaux de l’INRAE. La personne recrutée aura la responsabilité d’analyser des données de transcriptomiques, amplicon Seq, principalement pour obtenir des informations sur le virome de la vigne. La personne travaillera en étroite interaction avec l’équipe de virologie et de génomique de la vigne de l’IFV/INRAE.

Missions 
- Maintenance et évolution d’un pipeline Nextflow existant pour l’assemblage de génomes viraux à partir de données RNA-seq
- Développement d’analyses en R et Python (traitement, statistiques, visualisation, rapports).
- Conception, développement/versioning, documentation et maintenance de pipelines bio-informatiques dans un environnement Linux
- Lancement et supervision des analyses sur cluster de calcul sous SLURM
- Mise en place et application d’un plan de gestion de données
- Validation de la qualité des données et de l’intégrité des fichiers, traçabilité et sauvegarde des fichiers, au travers de la création de bases de données

Formations et compétences recherchées

- Bac +5 (ou expérience équivalente) en bio-informatique
- Expérience sur des traitements de données de séquençage haut-débit. Une expérience en assemblage de génome viraux est un atout. Expérience préalable à naviguer sur les bases de données publiques majeurs SRA, ENA souhaitée
- Expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent).
- Aisance pour travailler sur cluster de calcul Linux (scripting Bash, Slurm, gestions des jobs et ressources, logs, …) avec une expérience sur l’utilisation de conteneurs (Singularity/Apptainer, Docker).
- Expérience en bonnes pratiques de développement informatique (Git, versioning)
- Maitrise d’au moins un langage de programmation de haut niveau Python ou R (Python est un plus).
- Connaissances de base de l’anglais scientifique pour une recherche bibliographique et documentation officielle efficiente

Votre qualité de vie à INRAE

- Restauration collective.

- Tickets restaurant et avantages CE

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation