Thèse sur les mécanismes de résistance des suidés sauvages au Virus de la Peste Porcine Africaine

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Pour cette thèse en co-direction, vous serez accueilli(e) au sein des unités ISP (UMR 1282 Infectiologie et Santé Publique), basée à Nouzilly (37) au nord de Tours ; et VIRO (UMR Virologie) à l’École Nationale Vétérinaire d’Alfort, à Maison Alfort. L’un de leur objectif principal est d'étudier les interactions entre l'hôte et les pathogènes chez l'homme et les animaux d'élevage, en suivant le concept One Health (Une Seule Santé). Les recherches des équipes 3IMo (Infectiologie et Immunité Innée chez les Monogastriques) et BIOR (Biologie des Orbivirus) portent sur la réponse immunitaire innée des espèces animales suite à l’infection par différents virus. Dans le cadre du projet européen ASF-RESIST, financé pour 3 ans à partir de Janvier 2026, nous allons étudier les déterminants moléculaires de la résistance au Virus de la Peste Porcine Africaine, un pathogène majeur pour le secteur de l’élevage porcin. En effet, alors que les taux de mortalité associés à cette infection s’approchent de 100% chez les hôtes sensibles, comme le porc domestique et le sanglier, d’autres espèces de suidés, tels que les phacochères et les potamochères, ne développent que peu de symptômes cliniques suites à l’infection. Le/la doctorant(e) utilisera plusieurs approches originales, combinant le séquençage en cellule unique (single cell RNA seq), des techniques d’interactomiques (cribles double-hybride en levure) et l’utilisation de modèles de culture cellulaire alternatifs (utilisation de cellules souches et de macrophages) afin d’identifier les gènes responsables de ce phénomène.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Cultiver des cellules souches issues de la reprogrammation cellulaire (cellules IPS) et les différencier en macrophages.
• Conduire des expériences d’infection par le virus de la Peste Porcine Africaine en laboratoire L3.
• Visualiser l’infection et ses conséquences : cytométrie en flux, microscopie confocale.
• Étudier la réponse antivirale de l’hôte par différentes techniques de transcriptomique (RTqPCR à moyen débit, single cell RNA sequencing), de biochimie et d’imagerie (marquage anticorps) ainsi que l’utilisation de systèmes « gène rapporteur » luciférase.
• Utiliser différentes approches interactomiques à moyen et haut débit (cribles double-hybride en levure, purification d’affinité, Nanoluciferase double-hybride).

Travail en laboratoire de biosécurité L3.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 en Infectiologie.

Connaissances souhaitées : Virologie fondamentale, biologie cellulaire et moléculaire.

Expérience appréciée : Techniques de microscopie, cytométrie en flux. Une expérience préalable en laboratoire de biosécurité de niveau 3 (L3) serait un atout.

Aptitudes recherchées : Présentation et analyse de données scientifiques, autonomie, curiosité, travail en équipe, capacité à concevoir et réaliser des expériences de manière rigoureuse, bonnes compétences en présentation (réunions, conférences). Cette thèse s’inscrivant dans un contexte de collaboration internationale, une bonne maîtrise de l’anglais (écrit et oral) serait un atout supplémentaire.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation