Thèse sur les effets du stress thermique chez la brebis recherche d’indicateurs dans le lait à l’aide des spectres moyen infra-rouge pour une évaluation de la santé et du bien-être des animaux

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez localisé dans les locaux de l’UMR GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d'Elevage), à Castanet Tolosan, avec des déplacements à prévoir dans les locaux de l’UMR MoSAR (Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants), sur le plateau de Palaiseau (Paris Saclay).

Ce projet de thèse s’inscrit dans la cadre du projet WAIT4 (Intelligence artificielle et nouvelles technologies pour évaluer des indicateurs pertinents de bien-être pour des animaux confrontés aux défis de la transition agroécologique). La transition agroécologique repose notamment sur un élevage de ruminants au pâturage ce qui les rend particulièrement sensibles aux effets du changement climatique : effet direct du climat, principalement le stress thermique, sur le bien-être et la santé des animaux, et effet indirect du climat sur la ressource alimentaire, l’herbe dont la disponibilité et la qualité fluctuant en réponse aux conditions climatiques. Les éleveurs pour s’adapter à ces nouvelles contraintes ont besoin d’outils, robustes, pratiques, peu coûteux et acceptés par la société pour anticiper les risques et développer des pratiques qui permettent de gérer au mieux les périodes plus difficiles. Dans les troupeaux laitiers, le lait est un fluide biologique facilement disponible et qui, pour de nombreux élevages, fait l’objet d’un contrôle laitier régulier. Ce contrôle repose sur une analyse en moyen-infrarouge (MIR) pour doser les principaux composants du lait à l’aide d’analyse de spectres. Son utilisation pourrait être développée et systématisée, que ce soit en tant qu’outil de pilotage du troupeau dans un objectif d’améliorer la santé et le bien-être de l’animal, en préventif ou en correctif. Le présent projet de thèse a pour objectif d’explorer cette possibilité dans les troupeaux laitiers de petits ruminants laitiers. Si l’existence de liens entre les spectres MIR, la santé et le bien-être ont été montrés chez la vache laitière, ceux-ci n’ont pas été démontrés chez les brebis laitières et la pertinence de leur utilisation pour le suivi et le pilotage de la santé et du bien-être des troupeaux reste donc à établir. Ce travail de thèse est une première étape vers cette potentielle utilisation des spectres MIR comme un outil de gestion intégrée du bien-être et de la santé des petits ruminants. Les hypothèses de travail qui seront testées seront : 1) les spectres MIR du lait sont corrélés aux indicateurs d’évaluation des grilles de bien-être animal dont ceux concernant la santé, aux comportements et aux statuts parasitaire, métabolique et digestif des brebis 2) un changement de ces paramètres et indicateurs en réponse à une perturbation environnementale, peut donc être mis en évidence par les spectres MIR.

L’école doctorale de rattachement est l’école doctorale ABIES d’AgroParisTech (Université Paris-Saclay). L’encadrement sera représenté par Morgane Coste-Thire (AgroToulouse, UMR GenPhySE) et Valérie Berthelot (AgroParisTech, UMR MoSAR).

Le début de la thèse doit avoir lieu entre septembre et fin octobre 2025.

Les financements sont acquis (financement INRAE, MP SANBA et PEPR Agroécologie et numérique).

Formations et compétences recherchées

Master 2 / ingénieur en zootechnie, docteur vétérinaire.

Des connaissances en physiologie digestive et métabolique des animaux, éthologie et santé animale, sont fortement recommandées. Une expérience en analyse de données et en modélisation sont nécessaires. Une expérience professionnelle (ou stage) dans le domaine de l’élevage sera fortement appréciée. Des compétences rédactionnelles (français et anglais), le goût pour le travail de laboratoire et d’analyse de données et le travail en partenariat sont aussi demandés.Vous avez une formation en biologie/microbiologie, en sciences animales ou vétérinaires, avec un intérêt pour le travail expérimental et d'analyse en laboratoire.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation