Doctorat - Caractérisation de machineries de réparation de l'ADN chez Sinorhizobium meliloti

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Nous recherchons un.e candidat.e pour réaliser une thèse en co-direction au sein des équipes « Rhizobium-Légumineuses-Environnement » du LIPME (Laboratoire des Interactions Plantes-Microbes-Environnement) localisée à Auzeville-Tolosane (31), et «Dynamique des génomes de bactériophages" de l'unité MICALIS (INRAE/AgroParisTech), localisée à Jouy-en-Josas (78). Le sujet de thèse s'inscrit dans le cadre d’un projet récemment financé par l’ANR (BacNHEJ, 2024-2028), visant à mieux comprendre les mécanismes de réparation des cassures double-brin de l'ADN par recombinaison non homologue (NHEJ) chez les bactéries. En particulier, certaines espèces bactériennes codent pour plusieurs voies de réparation NHEJ mais les éventuelles spécificités de ces voies et leurs possibles interrelations, ainsi que leur intégration dans le contexte cellulaire (interactions avec d'autres processus de réparation de l'ADN notamment) ne sont pas comprises. Ainsi, chez Sinorhizobium meliloti, une bactérie fixatrice d'azote symbiotique de légumineuses, nous avons récemment mis en évidence par des approches génétiques l'existence d'au moins deux voies de réparation NHEJ principales capables de fonctionner indépendamment (Dupuy et al. 2019, Nucleic Acids Research 47:1335, doi: 10.1093/nar/gky1212). L’objectif de la thèse est de poursuivre la caractérisation de ces multiples voies en utilisant des approches d'interactomique et de biochimie de protéines. Dans un premier temps, vous validerez les données génétiques et décrirez les éventuelles complémentarités/compétitions entre ces voies in vivo, notamment en procédant à la recherche d'interactions entre les différentes machineries par des approches de type Tap-tag. Ces approches vous permettront en outre d'identifier de potentiels nouveaux acteurs protéiques impliqués dans ces voies de réparation, ou de révéler d'éventuelles interactions avec d'autres processus cellulaires. Dans un second temps, vous participerez à la caractérisation biochimique et biophysique de ces machineries de réparation et de leurs activités en utilisant des systèmes reconstitués in vitro avec des protéines purifiées.        

La première partie de la thèse sera réalisée dans l'UMR LIPME (INRAE - Occitanie Toulouse), la deuxième partie sera effectuée dans l'UMR MICALIS (INRAE - Ile de France - Jouy en Josas)

Vous serez co-encadré.e par Claude BRUAND (LIPME, Auzeville) et François LECOINTE (MICALIS, Jouy en Josas), et vous serez inscrit.e à l'école doctorale SEVAB (https://ed-sevab.univ-toulouse.fr/as/ed/edsevab/entree.pl) à l’Université de Toulouse.                                                                                                                                       

Formations et compétences recherchées

- Formation recommandée : Master ou équivalent (Bac +5) en microbiologie moléculaire et/ou biochimie 

- Connaissances souhaitées : biologie 

- Aptitudes recherchées : motivation, organisation et rigueur scientifique, intérêt pour les mécanismes moléculaires                                 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation