Thèse OT-21969

Thèse en biologie synthétique de la levure

78350 Jouy en Josas

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli au sein de l'Institut Micalis, unité mixte de recherche associant l'INRAE et AgroParisTech et faisant partie de l'Université Paris-Saclay.

Sa mission est de développer des recherches innovantes dans le domaine de la microbiologie des aliments pour la santé. Les trois axes thématiques correspondent à trois domaines de recherche prioritaires:

 -L'émergence et le contrôle des microorganismes pathogènes opportunistes d'origine alimentaire et l'adaptation des bactéries à leur environnement.

-Les écosystèmes microbiens alimentaires et intestinaux et les interactions fonctionnelles entre l'aliment, le microbiote et l'hôte.

-La biologie synthétique et la biologie des systèmes microbiens

Le projet de thèse sera réalisé au sein de l’équipe de recherche "Cosynus" dirigée par Tristan Rossignol et Young-Kyoung Park à l'Institut Micalis, dans la division de Microbiologie des Systèmes et de Synthèse. L'équipe se concentre sur le développement de consortia synthétiques comme usines cellulaires microbiennes et possède une forte expertise dans la biologie synthétique de la levure Yarrowia lipolytica, espèce à fort potentiel en tant que châssis industriel (Park and Ledesma-Amaro, 2023).

Les usines cellulaires microbiennes sont considérées comme une alternative prometteuse à la production pétrochimique. Cependant, l'origine et le coût des substrats pour la bioconversion restent un goulot d'étranglement pour une bioproduction durable, robuste et rentable.

Le projet de thèse se déroulera dans le cadre du projet PEPR ElectroMIC « Electrochemically-assisted MICrobial community metabolic network optimization for biorefinery of organic waste » (optimisation du réseau métabolique de la communauté microbienne assistée par voie électrochimique pour le bioraffinage des déchets organiques). ElectroMIC développera un nouveau concept technologique reliant la biotechnologie environnementale aux biotechnologies industrielles. Le projet rassemble un consortium multidisciplinaire de 7 partenaires académiques autour des technologies électrochimiques microbiennes et de la biotechnologie.

https://www.pepr-bioproductions.fr/projets-finances/nouveaux-schemas-de-transformation-de-la-biomasse/electromic

Ce projet de thèse vise à établir une souche plateforme de Yarrowia lipolytica robuste adaptée aux contraintes de croissance du procédé ElectroMIC. Grâce aux progrès réalisés dans le développement d'outils de biologie synthétique pour cette levure (Larroude, et al., 2018), le châssis sera optimisé pour utiliser les carboxylates issus de l'électrofermentation de déchets organiques comme source de carbone afin de produire des molécules à haute valeur ajoutée, notamment des bio-pigments, comme preuve de concept.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

- l’ingénierie génétique de Y. lipolytica à l'aide d'outils de biologie synthétique (GoldenGate assembly, CRISPR, etc.)

- l’analyse des croissances à différentes échelles (microplaques, erlen, etc.)

- les analyses omiques et les analyses des métabolites

- la formation d'étudiants en master

L'unité est une zone à régime restrictif, le recrutement est donc soumis à la validation par le ministère. 

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Stage de master en biologie synthétique, biologie moléculaire

Connaissances souhaitées : Biologie moléculaire, Biologie de synthèse, Bioproduction

Expérience appréciée : Clonage moléculaire incluant les méthodes d'assemblage multi fragments et l'édition du génome par CRISPR/Cas9, ingénierie et cultures de levures

Aptitudes recherchées : Communication, organisation, diffusion (écrite et orale).

Nous recherchons des candidats très motivés dans le domaine de l'ingénierie métabolique, de la biologie synthétique et de la biotechnologie microbienne. Des expériences antérieures en biologie moléculaire et en ingénierie des levures seront appréciées. Le poste requiert d'excellentes compétences en communication, notamment en anglais (à l'oral et à l'écrit), des capacités d'organisation pour des tâches multiples et l'aptitude à travailler de manière indépendante mais aussi en coopération avec des collègues in the frame of the consortium.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 3 ans
  • Début du contrat : 01/10/2024
  • Rémunération : 2044.12€ /brut mensuel
  • N° de l'offre : OT-21969
  • Date limite : 25/05/2024

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