Quelles matrices de similarité pour l’intégration de données omiques en génétique ?

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

• Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GENPHYSE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevages).

Les 20 dernières années ont été marquées par des progrès biotechnologiques importants permettant maintenant l’acquisition de données « omiques » et de phénotypage haut-débit sur un grand nombre d’individus. Différents modèles/méthodes ont été proposés dans la littérature afin d’intégrer ces données dans les modèles mixtes génétiques pour i) estimer les composantes de variance ii) améliorer les prédictions phénotypiques, génétiques/génomiques ou du potentiel transmissible des individus. Une des étapes clef d’intégration de ces informations est la construction d'une matrice de similarité entre individus basée sur les nouvelles informations disponibles. Il existe de nombreuses manières de construire cette matrice de similarité. Malheureusement aucun consensus n’existe quant à la mesure de similarité à utiliser en fonction du type de données et de l’objectif d’utilisation du modèle car aucune démarche objective pour ce faire n’a été jusqu’à présent proposée. Votre projet est de lever ce verrou en proposant des critères pertinents de comparaison de matrices en fonction de l’objectif visé : estimation des composantes de variance, prédiction des phénotypes, du potentiel transmissible (global ou spécifique d’un mode de transmission par exemple génétique, épigénétique ou microbiote). Cela permettra de déterminer quelle est la matrice la plus adaptée, et dériver les propriétés statistiques attendues de cette dernière pour chaque application.

Vous serez plus particulièrement en charge de proposer de nouvelles approches pour :

• Comparer les matrices de similarité indépendamment de l’objectif visé en adaptant par exemple le test de Flury aux matrices de grande dimension.
• Juger les différences entre matrices en termes de prédiction en proposant par exemple une dérivation analytique de la corrélation entre prédictions issues de différentes matrices en fonction de ces dernières.
• Comparer analytiquement les matrices de similarité dans un but d’estimation des composantes de variance.
• Proposer un ou des critères innovants pour juger la qualité de la matrice en fonction de l’objectif visé.

Possibilité de télétravailler.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : doctorat en statistiques, génétique quantitative, sélection végétale ou animale ou autres domaines orientés science de la donnée
• Connaissances souhaitées : Très bonnes connaissances du modèle mixte. Bonnes compétences en programmation avec une bonne connaissance des logiciels scientifiques (R, python, fortran...)
• Expérience appréciée : analyse de données génomiques, épigénétique ou microbiote
• Aptitudes recherchées : autonomie, bonnes capacités rédactionnelles, curiosité

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation