Thèse OT-14788

Comprendre la variabilité du poids de naissance chez le porcelet via des analyses -omiques ciblant les mécanismes d’empreinte génomique parentale

31326 CASTANET-TOLOSAN

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous réaliserez votre mission au sein de l'UMR 1388 - GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage, https://genphyse.toulouse.inra.fr/), qui regroupe près de 200 agents (154 titulaires et +/-50 non titulaires). L'activité scientifique de GenPhySE est dédiée à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable. GenPhySE est structurée en 10 équipes de recherche dont l'équipe - GenEpi (Génétique et Epigénétique moléculaires des espèces animales utilisées en croisement).

  • Vous exercerez vos missions au sein de l’équipe GenEpi dont la thématique centrale est la caractérisation et l’identification des causes moléculaires de la variabilité des caractères complexes et mendéliens chez les animaux domestiques. L’équipe est actuellement composée de 10 membres permanents dont 3 Directeur-trices de Recherche (DR), 1 Chargée de Recherche Hors Classe (CRHC), 2 Chargés de Recherche de Classe Normale (CRCN), 1 Ingénieure d’Etude (IE), 1 Assistante Ingénieure (AI), 2 Techniciennes de Recherche (TR).
  • Le projet de thèse sera ciblé sur les gènes soumis à empreinte parentale. L'empreinte génomique parentale est un exemple particulièrement intéressant de régulation épigénétique, puisque dans une même cellule, en fonction de l’origine parentale, l'un des deux allèles est réprimé de manière stable par des modifications épigénétiques tandis que l'autre allèle est maintenu à l'état actif. Il est aujourd’hui reconnu, chez l’homme et la souris, que les gènes soumis à empreinte parentale jouent un rôle majeur dans la croissance et le développement pré/post-natal. Le poids de naissance est un caractère agronomique majeur pour la filière porcine. Nous posons l’hypothèse que les mécanismes d’empreinte parentale contribuent à la variabilité du poids de naissance chez le porcelet. Nous proposons donc d’évaluer dans quelle mesure les variabilités génétique et épigénétique ciblées dans les régions génomiques soumises à empreinte seraient associées à des poids de naissance extrêmes chez le porcelet.
  • Ce projet de thèse sera basé sur l’utilisation de données -omics de différentes natures (génomique, épigénomique et transcriptomique) issues d’animaux produits en unités expérimentales. Les analyses bioinformatique et biostatistique des divers jeux de données permettront d’évaluer s’il existe des signatures moléculaires significativement différentes entre les groupes de porcelets de poids extrêmes via (i) des mutations génétiques impactant la régulation épigénétique de l’expression de certains gènes qui influencent le poids de naissance des porcelets et (ii) une variabilité épigénétique dans les régions génomiques soumises à empreinte sans modification de la séquence d’ADN.

 

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée : Diplôme d'ingénieur ou universitaire en génétique/biologie computationnelle

Connaissances souhaitées :

  • Maîtrise du langage de programmation (python, R)
  • Compétences en analyse, visualisation et de données omiques (bioinformatique)
  • Connaissances solides en biologie moléculaire
  • Attrait pour l’interprétation biologique de données omiques
  • Goût pour les recherches bibliographiques
  • Excellente maitrise de l’anglais écrit et oral

Aptitudes recherchées : curiosité, initiative, rigueur, organisation, autonomie, sens du travail en équipe

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

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Référence de l'offre

  • Contrat : Thèse
  • Durée : 36 mois
  • Début du contrat : 01/12/2022
  • Rémunération : 1975 € brut mensuel
  • N° de l'offre : OT-14788
  • Date limite : 01/10/2022

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