Chercheur-se postdoctoral-e en écologie statistique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Analyse de données de biodiversité floristique et faunistique couplées à des paramètres environnementaux (régimes hydriques, qualité d’eau, habitats) pour caractériser 5 sites de marais doux agricoles du littoral atlantique et identifier les leviers de gestion.

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité expérimentale de Saint-Laurent-de-la-Prée, INRAE Nouvelle-Aquitaine-Poitiers.

Contexte 

Votre mission s’inscrit dans le cadre du projet Mavi. Financé par INRAE, la Région Nouvelle-Aquitaine et l’Agence de l’eau Adour-Garonne sur 5 ans (2023 à 2027), ce projet de recherche est ancré dans les territoires des marais du littoral atlantique. Il vise trois objectifs scientifiques : (1) comprendre les processus régissant les interactions entre biodiversité et dynamique du carbone sous l’effet de pratiques de gestion de l’eau, (2) co-concevoir avec les acteurs des stratégies de gestion durable de l’eau et des pratiques agropastorales qui permettent d’assurer les services de biodiversité, de séquestration de carbone, dans une perspective de pénurie d’eau, (3) comprendre les conditions de pérennisation de circuits courts et de proximité (CCP), en particulier en viande bovine, production principale des marais de Nouvelle-Aquitaine, donnant ainsi des clés aux éleveurs et aux collectivités pour maintenir l’activité d’élevage, garante de ces services.

Mavi réunit un consortium scientifique pluridisciplinaire associant sciences biotechniques et sciences sociales et de nombreux acteurs en charge de la mise en œuvre de politiques publiques, de la gestion de la biodiversité et des espaces naturels, et de l’appui au monde agricole. Il est piloté par deux scientifiques de l’unité expérimentale et par le Forum des Marais Atlantiques. Le projet est structuré en trois volets de recherche (VR) liés aux trois objectifs, et un volet de valorisation. C’est un projet construit en interaction forte avec les partenaires des territoires, destiné à outiller les acteurs, selon les principes de la recherche action en partenariat.

Vous intervenez dans le cadre du VR1 de ce programme (en dehors de la question du carbone appréhendée dans le cadre d’une thèse). Dans les marais, les gestionnaires des réseaux hydrauliques, regroupés en syndicats de marais pilotent historiquement leur gestion pour satisfaire différents usages, dont les usages agricoles. Dans le cadre de la mise en place des politiques environnementales et de gestion de l’eau à l’échelle des bassins, les structures intercommunales en charge de la compétence GEMAPI (gestion des milieux aquatiques et protection contre les inondations) pilotent des projets de territoire pour concilier les usages et la préservation de la biodiversité sur ces zones humides emblématiques. Ils disposent de deux leviers principaux pour contribuer à la préservation de la biodiversité liée à l’eau : la gestion des niveaux d’eaux dans les canaux et sur les prairies (via les manœuvres d’un important réseau de vannes ou de pompes collectives) et les stratégies d’entretien/restauration des réseaux hydrauliques.

• L’enjeu de ce volet de projet est donc de mettre en relation les communautés végétales et animales inféodées aux zones humides de marais avec ces modalités de gestion des réseaux hydrauliques des marais.

Pour répondre à cette question nous avons instrumenté, pendant 3 ans, 5 sites de marais (Boutifard & Brosset, 2024), gérés par les partenaires gestionnaires du projet et par l’unité expérimentale. La stratégie d’échantillonnage a visé à suivre des casiers hydrauliques avec des modalités de gestion de l’eau différentes (maintien de niveau d’eau plus ou moins haut au printemps ou en été) ainsi que des habitats humides différents : canaux, dépressions prairiales connectées au canaux ou déconnectées. Les suivis ont porté sur plusieurs taxons de la faune et de la flore (décrit ci-après) ainsi que sur des paramètres environnementaux tels que les régimes hydriques, la qualité de l’eau ou la description des habitats. 

Il s’agit, in fine, de fournir aux gestionnaires des éléments pour la prise de décision, en mettant en évidence les paramètres principaux ou variables de l’environnement qui déterminent la structure des communautés animales et végétales suivies dans le cadre du projet, dans ces zones humides des marais doux agricoles valorisés par les élevages allaitants à l’herbe.

Il s’agit notamment d’identifier le « poids » des déterminants sous contrôle du gestionnaire comme la gestion des niveaux d’eau (Mzali et al., 2026) ou les opérations d’aménagement (végétalisation des berges, « déconnexion » hydraulique des dépressions prairiales) par rapports aux déterminants non « contrôlés », sur les communautés suivies.

Quelques grandes hypothèses du projet, posés par les acteurs du territoire sont par exemple :

• Qu’une gestion hydraulique avec des niveaux d’eau hauts dans les canaux et sur les parcelles en hiver et au printemps permet de créer une mosaïque d’habitats de prairies ou de dépressions inondées, supports d’une biodiversité animale et végétale inféodée aux zones humides ;
• Que la présence de végétation hygrophile sur les berges des fossés et dans les canaux est un milieu favorable à la diversité faunistique ;
• Que la déconnexion hydraulique des dépressions prairiales par rapport au réseau principal permet de créer un nouvel habitat permettant l‘installation d‘une diversité floristique et faunistique plus riche.

Synthèse des données de travail disponibles

Pour mener à bien ce projet vous disposez des fichiers de données acquises pendant les trois ans d’expérimentation. Il s’agit :

• Des données issues des relevés de flore aquatique réalisés une fois par an sur tous les secteurs échantillonnés (20 tronçons) pendant 3 ans (24-26) avec des descripteurs ponctuels de l'environnement ;
• Des données issues des suivis des odonates selon le protocole STELLI réalisés quatre fois par an sur tous les secteurs échantillonnés (20 transects) pendant 3 ans (24-26) avec des descripteurs ponctuels de l'environnement (Boutifard, 2025c) - https://hal.inrae.fr/hal-04985524v1 ;
• Des données issues des suivi amphibiens selon le protocole adapté de POP amphibien réalisés trois fois par an sur tous les secteurs échantillonnés (18 points) pendant 3 ans (24-26) associés à des descripteurs ponctuels de l'environnement  - (Boutifard, 2025a) - https://hal.inrae.fr/hal-04985476v1 ;
• Des données issues des suivis ichtyofaune par pêche au verveux réalisée deux fois par an sur tous les secteurs échantillonnés (15 secteurs) pendant 3 ans (24-26) accompagnés de descripteurs ponctuels de l'environnement de la station de pêche (Boutifard, 2025b) - https://hal.inrae.fr/hal-04985489v1 ;
• Des données de flore prairiale issues des observations à l'échelle de quadrats distribuées sur un transect recoupant les différents habitats des prairies humides de l'hygrophile au mésophile (17 transects) une fois par an pendant 3 ans (24-26), y compris  des descripteurs topographiques et leur lien avec le suivi des niveaux d'eau ;
• Des analyses de la qualité d'eau sur 12 stations, deux stations par site et 4 sur Saint-Laurent (prélèvements 6 fois par an sur les paramètres constitutifs de l’indicateur trophique précisés ici https://www.ligero-zh.org/wp-content/uploads/2025/12/BAO_LigerO_v20210109_Indicateur_trophique.pdf ;
• Des données enregistrées journalièrement par des capteurs pour les suivis de hauteurs d'eau (10 points) dans les fossés et de piézométrie (11) ;
• D’un modèle numérique de terrain MNT, soit issu du LIDAR 3D, soit d'un passage de drone RTK ;
• D’une cartographie des habitats réalisée sur les différents sites.

Des rapports de stages sont présents sur plusieurs jeux de données.

Les données sont disponibles sous tableurs Excel et documentés avec les métadonnées appropriées.

Pour plus de détails sur le projet Mavi voir :

https://www.inrae.fr/actualites/projet-recherche-mavi-labelise-lagence-regionale-biodiversite-nouvelle-aquitaine
https://www.tetrae.fr/les-projets/mavi
https://forum-zones-humides.org/projects/programme-tetrae-maintenir-des-marais-vivants-face-au-changement-climatique-mavi/
https://srb.biodiversite-nouvelle-aquitaine.fr/wp-content/uploads/2025/06/VF_SRB_Fiche-INRAE.pdf

Missions et activités confiées 

Dans le cadre de cette dernière année de projet vos missions porteront sur :

1- la production d’analyses statistiques poussées de données écologiques spatialisées. Elle demandera, à partir des jeux de données précédemment cités :

• De construire des indicateurs à partir des paramètres « environnementaux » mesurés sur toute l’année (niveaux d’eau journaliers, qualité de l’eau mesurée sur les 12 stations de suivi sur le cycle annuel, cartographie des habitats) pour caractériser les sites de marais échantillonnés et leurs différences.
• On identifie un travail préalable pour caractériser la gestion des niveaux d’eau sur les sites ou régimes hydriques en faisant entrer dans l’analyse : les lames d’eau journalières dans le canal,  les lames d’eau et surfaces inondées journalières dans les dépressions des prairies (calculé à partir de la mesure des niveaux d’eau en mNGF, du modèle numérique de surface (MNT) et de la connaissance des cotes de connexion entre le fossé et la prairie), la piézométrie journalière.
• De caractériser les sites au regard des communautés floristiques et faunistiques suivies
• D’étudier les relations entre l’abondance ou la diversité/richesse des taxons de biodiversité floristique et faunistique suivis et les paramètres de l’environnement. On identifie, par ordre de priorité, l’ichtyofaune, les amphibiens, la flore aquatique, les odonates et la flore prairiale.  Dans paramètres de l’environnement on entend les indicateurs définis ci avant à partir des mesures continues (régimes hydriques, qualité de l’eau, habitat) et les paramètres ponctuels et locaux de l’environnement pris au moment des suivis faunistiques et floristiques (cf. rapports des suivis pour plus de précision).

Ces analyses demandent de :

• De développer et mettre en œuvre des analyses statistiques adaptées ;
• D’intégrer des données complexes et hétérogènes issues de sources multiples (bases de données naturalistes, stations hydrométriques, télédétection, SIG) ;
• D’assurer une gestion rigoureuse et reproductible du code et des données (versionnement, documentation, archivage).
• Vous interagirez avec des partenaires prestataires, identifiés pour approfondir d’autres questions à partir de ces mêmes jeux de données acquises sur les sites échantillonnés :
• Etude des liens entre les régimes hydriques (inondation, sécheresse), les compositions floristiques et les valeurs nutritives des prairies naturelles de marais (prestation data analyste) ; 
• Caractérisation du fonctionnement trophique des canaux des différents sites, ramené à l’ensemble de l’observatoire des marais et aux conditions météorologiques à partir de l’analyse de l’indicateur trophique (prestation UNIMA).

2- La contribution à la valorisation scientifique des résultats en :

• Rédigeant des articles pour revues à comité de lecture (Objectif 2 articles), et en présentant ces résultats à la fois lors de conférences nationales et internationales.

• Vulgarisant ces résultats en les présentant aux gestionnaires et acteurs de marais.

  Pour des exemples de publications sur des thématiques similaires, voir sur le Marais poitevin par exemple Crabot et al., 2022, 2023; Mauchamp et al., 2021a).

  A cet effet vous pourrez vous appuyer sur les rapports produits tout au long du projet par les ingénieurs en charge du projet et dans le cadre des différents stages de M2.

Vous contribuerez également à la vie scientifique de l’unité et aux réunions du consortium du projet.

Bibliographie

Bonis, A., Mauchamp, A., Gore, O., Paillisson, J.-M., Crabot, J., & Bergerot, B. (2023). Relations entre la gestion des niveaux d’eau et la composition spécifique de la végétation prairiale dans le Marais poitevin : Retour d’expérience de quatre années de suivi. ecologia mediterranea, 49.

Boutifard, V. (2025a). Suivi amphibiens—Bilan de campagne 2024 sur cinq marais doux agricoles du littoral atlantique [Report, Domaine expérimental de Saint-Laurent-de-la-Prée]. https://hal.science/hal-04985476

Boutifard, V. (2025b). Suivi ichtyofaune—Bilan de campagne 2024 sur cinq marais doux agricoles du littoral atlantique [Report, Domaine expérimental de Saint-Laurent-de-la-Prée]. https://hal.science/hal-04985489

Boutifard, V. (2025c). Suivi odonates—Bilan de campagne 2024 sur cinq marais doux agricoles du littoral atlantique [Report, Domaine expérimental de Saint-Laurent-de-la-Prée]. https://hal.science/hal-04985524

Crabot, J., Bergerot, B., Bonis, A., Gore, O., Mauchamp, A., & Paillisson, J. (2023). Do highly anthropized hydrological conditions in marshes influence fish communities according to their life‐history strategies? River Research and Applications, 39(8), 1551‑1577. https://doi.org/10.1002/rra.4150

Crabot, J., Mauchamp, A., Bergerot, B., Bonis, A., Gore, O., Rossignol, N., & Paillisson, J. (2022). How hydrology and landscape shape Odonata assemblages in marshlands crossed by ditches. Freshwater Biology, 67(7), 1228‑1241. https://doi.org/10.1111/fwb.13913

Mauchamp, A., Bonis, A., Crabot, J., Bergerot, B., Gore, O., & Paillisson, J.-M. (2024). Interplay between Water Regime Components and Wet Grassland Plant Communities. Wetlands, 44(5), 50. https://doi.org/10.1007/s13157-024-01803-w

Mauchamp, A., Gore, O., Paillisson, J.-M., Bergerot, B., & Bonis, A. (2021a). Delineating the influence of water conditions and landscape on plant communities in eutrophic ditch networks. Wetlands Ecology and Management, 29(3), 417‑432. https://doi.org/10.1007/s11273-021-09792-x

Mauchamp, A., Gore, O., Paillisson, J.-M., Bergerot, B., & Bonis, A. (2021b). Delineating the influence of water conditions and landscape on plant communities in eutrophic ditch networks. Wetlands Ecology and Management, 29, 1‑16. https://doi.org/10.1007/s11273-021-09792-x

Mzali, L., Boutifard, V., Volto, N., Guyot, T., Lachaussee, N., Gateau, B., & Ancelin, J. (2026). Innovation low-cost et open source : L’exemple d’un nouvel outil de monitoring de la ressource en eau dans les marais littoraux: Innovations, N° 79(1), 59‑88. https://doi.org/10.3917/inno.pr2.0211

Formations et compétences recherchées

Formation et expérience

Vous devrez être titulaire d’un doctorat en écologie des communautés avec une maitrise des outils SIG, avec des compétences affirmées en analyse statistique de données écologiques et/ou environnementales et en géomatique.

Compétences techniques

Vous avez travaillé sur des jeux de données complexes dans le domaine de l’écologie. Vous avez publié dans des revues à comité de lecture en lien avec l'écologie quantitative, idéalement en domaine aquatique ou dans les écosystèmes humides

Vous maitrisez les approches statistiques usuelles en écologie des communautés (exemples : analyses multivariés, modèles mixtes, modèles hiérarchiques de communautés, approches bayésiennes, etc.) ainsi que les outils SIG (idéalement sous R). 

Des connaissances en hydrologie sont appréciées : régimes hydrologiques, hydro-écologie, analyse de séries temporelles de niveaux d’eaux. Des compétences d’outils usuels d’analyse en télédétection seraient appréciées (dans une moindre mesure) afin d’explorer les données existantes pour les croiser aux données acquises pendant le projet (Sentinel-1, Sentinet-2, etc.)

La publication de résultats antérieurs s’appuyant sur ce type de méthodologie, et valorisant les connaissances théoriques et pratiques associées, est donc souhaitée. 

Vous avez de bonnes pratiques de gestion de données et de scripts (Git, Rmarkdown/Quarto).

Compétences transversales

La capacité à proposer des voies de recherche innovantes et à élaborer un plan de travail en autonomie sont également attendues. Etant donné le contexte partenarial et multidisciplinaire du projet, de bonnes capacités relationnelles sont également indispensables, tant en interne qu’avec les partenaires scientifiques du projet et les partenaires non académiques, ainsi qu’une capacité à communiquer des résultats complexes à des publics variés (scientifiques, gestionnaires, décideurs).

La maitrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit est essentielle. Pour les candidats et les candidates non-francophones, la capacité à communiquer en français dans un cadre professionnel serait appréciée.

Pour postuler :

Le dossier de candidature devra inclure 1) un CV détaillé, 2) une lettre de motivation de deux pages maximum, dans laquelle le/la candidat/e détaillera ses compétences en regard du contexte du projet et des objectifs détaillés ci-dessus, 3) un à deux articles scientifiques détaillant des travaux antérieurs en lien avec une ou plusieurs des techniques envisagées et détaillant notamment un travail de statistique (article, rapport, script commenté), et 4) un exposé d’une page maximum détaillant comment le/la candidat/e souhaiterait aborder les objectifs et les challenges afférents au projet. Le dossier de candidature doit être envoyé en un seul document pdf par email aux superviseurs du projet : Lilia Mzali (lilia.mzali@inrae.fr) (INRAE Saint-Laurent), Laure Carassou (laure.carassou@inrae.fr) et Benjamin Weigel (benjamin.weigel@inrae.fr) (INRAE EABX). 

La sélection des dossiers aura lieu avant le 5 novembre et les candidat(e)s dont les dossiers auront été retenus seront auditionné(e)s par visioconférence courant du mois de novembre 2026.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation