Stage M2 - Décrypter la transmission des résistances aux antibiotiques entre les compartiments humain, animal et environnemental

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR1436 INRAE/ENVT INTHERES située sur le site de l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse. Cette unité de recherche, composée d’une quarantaine d’agents, est dédiée à la recherche sur les innovations thérapeutiques pour la réduction et l’optimisation des usages des antibiotiques et des antiparasitaires.

Vous intégrerez l’axe « Antibiotiques : pathogènes, microbiote et environnement. » Ce projet de stage de M2 s’inscrit dans le cadre de l’étude CARBA-TER dont l’objectif est de caractériser des entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) sur le territoire d’une métropole française. Dans ce cadre, des isolats d’EPC ont été isolées à partir de trois compartiments représentant les interfaces « One Health » : (i) la sphère humaine, à travers des souches cliniques issues des centres hospitaliers universitaires (CHU) ; (ii) la sphère animale, à partir de prélèvements de portage digestif réalisés chez des chiens, des chats et des chevaux, hospitalisés ou non ; et (iii) la sphère environnementale, via des souches isolées d’eaux usées domestiques et hospitalières.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

L’objectif du stage de M2 sera d’extraire l’ADN de ces isolats en vue de leur séquençage génomique en technologie short-read, puis d’analyser les données obtenues afin d’identifier d’éventuels événements de dissémination clonale et/ou plasmidique entre les trois compartiments. Les analyses bio-informatiques comprendront : (i) l’assemblage et le contrôle qualité des génomes (ii) l’identification des gènes de résistance et des déterminants de virulence, et (iii) le typage clonale (MLST, phylogroupes, cgMLST), et (iv) la détection et la classification des réplicons plasmidiques. À l’issue de ces analyses, une sélection de souches sera soumise à un séquençage en technologie long-read afin de reconstruire les plasmides, de caractériser leur contenu en gènes de résistance et d’évaluer leur potentiel de transfert. Enfin, des expérimentations de transfert in vitro seront menées sur des isolats contenant des plasmides conjugatifs. Ces expérimentations permettront d’évaluer le potentiel de dissémination des plasmides porteurs de gènes de résistance entre bactéries, et de mieux comprendre leur rôle dans la propagation de l’antibiorésistance entre les compartiments humain, animal et environnemental.

Conditions particulières d’activité : analyse génomique, bio-informatique, biologie moléculaire, microbiologie.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master (Bac+5) 

Connaissances souhaitées : bon niveau académique et scientifique en analyse génomique, bio-informatique et microbiologie, être à l’aise avec la recherche et synthèse de ressources bibliographiques.

Aptitudes recherchées : goût pour le travail expérimental en laboratoire, dynamise, aptitude de travail en équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Transmettre une lettre de motivation, un CV et un relevé de notes à : 

Delphine Bibbal et Véronique Dupouy