Chargé-e d’étude télémétrie et suivis ichtyologiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe FREEMA (Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Estuariens et Poissons Migrateurs Amphihalins) de l’unité EABX (écosystèmes aquatiques et changements globaux). La mission sera réalisée dans le cadre du projet de recherche STURIO 2026 en appui au programme de restauration de l’esturgeon européen Acipenser sturio.

Des campagnes d’échantillonnages ichtyologiques dans l’estuaire de la Gironde sont menées depuis plusieurs années afin notamment d’évaluer l’état de santé de la population soutenue d’esturgeon européen (e.g. Lamour et al. 2024 ; Roques et al. 2018). Lors de ces campagnes scientifiques, réalisées au chalut de fond, toutes les espèces de poissons sont identifiées, dénombrées et relâchées. Des prélèvements et des marquages spécifiques sont réalisés sur les esturgeons européens.

En 2026, une expérimentation utilisant la télémétrie acoustique (e.g. Cooke et al. 2004 ; Jacoby and Piper 2025) est planifiée. Il s’agit de suivre la migration de reproduction de l’esturgeon européen dans les fleuves Dordogne et Garonne. Des esturgeons ont été et seront équipés d’émetteurs acoustiques longue durée durant les campagnes d’échantillonnage en estuaire mentionnées précédemment. Des hydrophones seront placés dans les fleuves Dordogne et Garonne à proximité des frayères potentielles ainsi qu’au niveau de secteurs stratégiques dans l’estuaire selon le même principe que des études précédentes (e.g. Acolas et al. 2012). Il s’agit durant cette expérience de documenter pour la première fois la remontée des géniteurs afin d’identifier le fleuve choisi, la distance parcourue en eau douce et le temps passé en fleuve. Dans un contexte plus général sur l’utilisation de la télémétrie acoustique en milieu estuarien, des tests avec différents types d’émetteurs sont également planifiés.

Cette étude de télémétrie sera complétée à l’automne par un suivi ADNe en fleuve standardisé visant à détecter la présence de juvéniles issus de reproductions naturelles (e.g. Acolas et al. 2025). Afin de compléter ce suivi, une veille bibliographique sur les capteurs passifs ADNe sera initiée.

L’ensemble des expérimentations se déroulent dans le cadre d’une autorisation à l’expérimentation animale soumise à un comité d’éthique puis au ministère en charge visant à respecter le bien-être animal et la réglementation.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Mettre en place le suivi par télémétrie acoustique sur l’esturgeon européen : participation à l’élaboration du protocole de suivi et aux marquages, mise en place de mouillages et d’hydrophones acoustiques, suivis actifs, relevé des données sur le terrain, mise en forme des données, rédaction de compte-rendu et de notes techniques.
• Réaliser des tests de détections acoustiques dans le milieu estuarien, mettre en forme les résultats et rédiger une note technique.
• Réaliser une veille bibliographique sur les technologies d’échantillonnages passives et non invasives comme les échantillonneurs ADNe passifs afin de préparer la mise en place potentielle d’un suivi de la remontée des géniteurs complémentaire au suivi télémétrique.
• Participer à des échantillonnages d’ADNe standardisés en fleuve.
• Participer à des échantillonnages de terrain au chalut de fond dans l’estuaire de la Gironde : embarquements d’environ 4 jours tous les 2 deux mois, manipulation des espèces échantillonnées (principalement poissons), biométrie, marquages internes et externes d’une espèce protégée l’esturgeon européen, relevé de paramètres physico-chimiques, saisie des données.
• Intervenir ponctuellement en appui dans le cadre d’une expérimentation en milieu contrôlé visant à évaluer la qualité de larves d’esturgeons produites en captivité.

Références citées :

Acolas M.L., Rochard E., Le Pichon C., Rouleau E. 2012. Downstream migration patterns of one-year-old hatchery-reared European sturgeon (Acipenser sturio). Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 430–431: 68‑77.

Acolas M.L., Lalot B., Bons S. 2025. Veille sur la reproduction naturelle de l’esturgeon européen, p71-74.  In Jatteau Ph. Coord. Programme de recherche et de conservation de l’esturgeon européen Acipenser sturio - Bilan scientifique et technique 2024. INRAE Nouvelle Aquitaine Bordeaux.

Cooke S.J., Hinch S.G., Wikelski M., Andrews R.D., Kuchek L.J., Wolcott T.G. et al. 2004. Biotelemetry: a mechanistic approach to ecology. Trends in Ecology & Evolution 19 (6): 334‑43.

Jacoby D.M.P. and Piper A.T. 2025. What Acoustic Telemetry Can and Cannot Tell Us about Fish Biology. Journal of Fish Biology 106 (5): 1260‑84.

Lamour M., Le Barh R., Merg M.L., Grasso F., Quinton E., Rochard E., Le Pichon C., M.L. Acolas. 2024. Using simulated environmental variables to assess the seasonal estuarine habitat selection of a critically endangered anadromous species (Acipenser sturio). Estuarine, Coastal and Shelf Science 298: 108656.

Roques S., Berrebi P., Rochard E., Acolas M.L. 2018. Genetic monitoring for the successful re-stocking of a critically endangered diadromous fish with low diversity. Biological Conservation 221: 91‑102. 

Conditions particulières d’activité : Aptitude à l’embarquement sur un navire de recherche et sur de petites embarcations, travaux de terrain.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Bac+3 à Bac+5 maximum en écologie aquatique, diplôme habilitation à l’expérimentation animale
• Connaissances souhaitées : Ecologie des poissons, biologie du comportement, techniques d’échantillonnages et de suivis ichtyologiques
• Expérience appréciée : Expérience minimale de 2 ans en télémétrie et/ou échantillonnage ichtyologique
• Aptitudes recherchées : Rigueur, curiosité, fort goût pour le terrain, savoir travailler en autonomie et en équipe, permis de conduire, permis bateau

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (TER, TBM).

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation