Ingénieur-e de Recherche pour le développement d’outils de traitement d’images thermiques et visibles

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’Unité Mixte de Recherche Interactions Sol Plante Atmosphère (UMR 1391 ISPA).

Description du projet :

La phénologie foliaire, l'étude des facteurs et de la dynamique du débourrement, du déploiement, de la maturation et de la sénescence des feuilles, est un déterminant majeur des échanges de carbone, d'eau et d'énergie entre les forêts et l’atmosphère. Les approches actuelles pour modéliser le déploiement et la senescence des feuilles reposent principalement sur un lien empirique entre la phénologie des feuilles et la température de l’air standardisée. Cette représentation simplifiée de la phénologie foliaire ne permet pas de simuler correctement la variabilité spatiale et temporelle de la dynamique des forêts, ni de représenter l’impact d’événements extrêmes tels que les gels tardifs, les sécheresses et les canicules. Il s’agit donc d’une des sources d’incertitude les plus importante dans les modèles de biosphère terrestre (TBM), ce traduisant par des biais importants dans la représentation de la productivité annuelle des forêts, et des cycles biogéochimiques associées (carbone, eau, etc.).

Afin de palier à cette représentation empirique et inadéquate des processus phénologiques dans les TBMs, un réseau de caméra thermiques infrarouge et de caméra visible (RGB) est en cours de déploiement sur plusieurs sites en Europe dans le contexte du projet ERC LEAFPACE (https://leafpace-erc.com/). Ces instruments permettront d’acquérir une mesure de la température des éléments de la scène (feuilles, tronc, sol, etc…) afin de quantifier précisément les liens entre la température des tissus végétaux et les signaux phénologiques (RGB). Dans ce contexte, nous proposons une mission courte de 5 mois qui aura pour but de développer des outils pour traiter les données acquises par ce dispositif.

¡Durant cette mission vous serez plus particulièrement en charge de développer une suite d’outils permettant :

• D’aligner les images thermiques et visibles
• D’identifier et d’extraire automatiquement la température et le signal RGB pour les différents éléments de la scène, ce qui inclue la distinction entre les feuilles, le bois et le sol, mais aussi la distinction entre les individus et les espèces.
• D’identifier les éléments à l’ombre et au soleil dans la scène
• De corriger les données par rapport à des observations de référence sur le terrain et les données de calibration des caméras

Ces activités peuvent être associée à une partie d’analyse scientifique du signal donnant lieu à publication dans un journal à comité de lecture.

Ces outils étant développés dans le cadre d’un projet Européen, ils devront rester en libre accès. Il vous sera demandé de correctement documenter leur utilisation pour diffusion au sein de la communauté. 

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Diplômé en Master 2 ou Ecole d’ingénieur (Informatique/ Data science)
• Connaissances souhaitées : IA, traitement d’image, fortes compétences en programmation (python, bash) et utilisation des outils associés (openCV, git, etc.)
• Expérience appréciée : Déjà travaillé en équipe, au sein d’un laboratoire, création d’outils pour l’analyse de données, connaissance de base en écologie
• Aptitudes recherchées : Autonomie, capacité à travailler en équipe et à collaborer, à rédiger (rédaction d’articles scientifiques, esprit de synthèse, tutorial etc…) et à s’exprimer en anglais

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation