Post-doc Réseaux trophiques arthropodes en vergers d'agrume Corse

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

• Vous serez accueilli(e) à l’IGEPP (INRAE), au sein de l’équipe EGI Ecologie et Génétique des Insectes (https://igepp.rennes.hub.inrae.fr/equipes-de-recherche/egi-ecologie-et-genetique-des-insectes), en collaboration avec Elsa Canard (INRAE) et Manuel Plantegenest (Institut Agro Rennes), dans le cadre du projet Ecophyto II+ IRIS, « IRIS : Improving Risk Inference by Surveillance of biological regulation services » qui inclue les unités PHIM et AGAP (Montpellier) du CIRAD et l’UMR IGEPP (Rennes) et BioSP (Avignon) de l’INRAE.

Présentation du projet IRIS :

Le projet IRIS vise à optimiser la surveillance des maladies et ravageurs de cultures et ajuster l'usage des produits phytosanitaires en exploitant l’idée que la santé des plantes est favorisée par la densité et de la complexité des communautés auxiliaires associées aux plantes - le phytobiome - qui, par les interactions qu’elles ont avec les organismes nuisibles, limitent proliférations et émergences.

IRIS se focalise sur un système pilote : les agrumes en Corse. Cette culture emblématique, déjà aux prises avec des maladies et des ravageurs installés (cochenilles, mouche méditerranéenne des fruits…), est aussi sous la menace de l'émergence de nouvelles contraintes sanitaires (chancre citrique, HLB, mouche orientale des fruits).

IRIS s’attèle à faire un état des lieux inédit de la composition du phytobiome des agrumes et son interprétation en termes de risques sanitaires et régulation naturelle, en produisant des inventaires de biodiversité multi-règne (virus, bactéries, champignons, oomycètes et arthropodes ravageurs et prédateurs) dans les parcelles d’agrumes à l’échelle du paysage agricole en utilisant les techniques de séquençage haut-débit (métagénomique virale, métabarcoding microbien, métabarcoding alimentaire).

L'objectif principal de ce travail de Post-doc est de contribuer à la description des interactions entre arthropodes ravageurs et prédateurs en analysant des données de séquençage haut débit produites au cours de la première phase du projet.

• Objectifs spécifiques du projet PostDoc :

Ce projet de Post-doc se concentrera sur les réponses du réseau trophique arthropode en verger de clémentinier à divers facteurs. Seront étudiés 1) la composition de la communauté d’ennemis naturels et de proies 2) la présence de fourmis sur les colonies de pucerons, 3) le système de production agricole (agriculture biologique vs conventionnelle), et 4) le paysage autour de la parcelle (degré de naturalité). L’objectif est de découvrir ce qui amène un verger à héberger des réseaux trophiques performant avec de nombreuses et consistantes régulations de ravageurs.

Les analyses seront conduites sur R avec l’aide des packages d’analyse de réseaux écologiques, avec pour objectif la construction des réseaux trophiques locaux et généraux, ainsi que le calcul des métriques afin de synthétiser son fonctionnement. La possibilité de régulation des psylles pourra être particulièrement étudié, afin d’estimer le risque épidémique de ces vecteurs de la maladie HLB.

• Vous serez plus particulièrement en charge de :
• La gestion des données de séquençage précédemment réalisé
• Le curage, nettoyage et démultiplexage des séquences à l’aide des pipelines adaptés
• La construction et la représentation graphique des réseaux trophiques des vergers
• Le calcul des métriques de la structure trophique et l’analyse de l’influence des facteurs étudiés
• Diffusion des résultats (publications et exposés)
• Participer à la vie scientifique et organisationnelle de l’équipe EGI

Formations et compétences recherchées

Connaissances souhaitées :

• Bioinformatique (analyses de données NGS metabarcoding)
• Logiciel Geneious ou autre outil d’analyse de séquences
• Anglais niveau C1

Expérience appréciée :

• Ecologie des communautés et des interactions, en sciences de la diversité
• Programmation
• Génétique

Aptitudes recherchées :

• Aimer le travail en équipe mais avec autonomie
• Bonne faculté de communication à l’écrit et à l’oral

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation