Ingénieur de Recherche-Interactions hôte-microbiote

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli.e au sein de l’Institut Micalis- Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé- (UMR Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, https://www.micalis.fr/) de 340 personnes regroupant 23 équipes de recherche et 3 plateformes technologiques, basé sur le campus INRAE de Jouy-en-Josas. Ingénieur.e de Recherche  avec des compétences en expérimentation animale et en biologie cellulaire, vous serez affecté.e dans l’équipe Fonctionnalité de l’Ecosystème Intestinal (FInE, https://www.micalis.fr/equipe/fine/)). L’équipe est composée de 9 chercheurs et 3 personnels techniques permanents et d’une dizaine de non permanents (techniciens, ingénieurs, étudiants, doctorants et chercheurs postdoctorants). Les recherches menées dans cette équipe s’intéressent aux fonctions du microbiote intestinal et son dialogue avec l’hôte à travers quatre axes de recherche : (1) l’écologie et la dynamique du microbiote intestinal à différentes perturbations ; (2) les fonctions fibrolytiques de bactéries intestinales ; (3) le rôle du microbiote intestinal dans les troubles du comportement alimentaire et (4) le dialogue entre microbiote intestinal et l’hôte, notamment à travers l’épithélium intestinal.

Votre travail portera sur l’axe 4 de l’équipe, en lien avec les recherches de Nicolas Lapaque. Vous travaillerez comme Ingénieur.e de Recherche (IR) dans le cadre du projet ANR GUT-ALPK1 https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE14-0046. Vous participerez à l’identification du rôle du récepteur de l’immunité ALPK1 dans l’homéostasie intestinale, notamment dans le contexte des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Les approches utilisées pour cela sont : l’expérimentation animale, notamment l’utilisation de différentes lignées de souris génétiquement modifiées soumises à des colites induites chimiquement (DSS) pour analyser l’importance de la voie ALPK1 dans la réponse des animaux à une inflammation intestinale ; ii) la culture cellulaire : cultures de cellules primaires, d’organoïdes intestinaux, de co-cultures avec des cellules immunitaires et de lignées pour analyser les réponses des cellules intestinales à la stimulation de la voie ALPK1 et iii) analyses de données omiques, notamment transcriptomiques. Vous serez formé.e par des spécialistes des différentes techniques si besoin, et serez amené.e à développer les protocoles et analyser les données pour répondre au mieux aux demandes en lien avec les chercheurs du projet.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Planifier et conduire des expérimentations en expérimentation animale et de culture cellulaire.
• Développer et améliorer des méthodes in vitro/ex vivo de culture d'organoïdes murins d'origine intestinale en co-culture avec le microbiote et/ou les cellules immunes ou reproduisant des contextes inflammatoires
• Développer et améliorer des modèles cellulaires de criblages par microscopie.
• Préparer des échantillons pour analyses (histologie, séquençage en transcriptomique, PCR…)
• Suivi et exploitation des données issues des expérimentations
• Assurer la traçabilité des expérimentations et la gestion des données et des échantillons acquis
• Analyse de données omics (RNAseq…)
• Analyser les résultats et les données et valoriser les travaux : présentation en congrès nationaux et internationaux, rédaction d’articles scientifiques.
• Respecter les règles de bonne pratique de laboratoire et participer à la vie collective de l’équipe

- Expérimentation sur rongeurs. La culture cellulaire est réalisée dans un laboratoire de type L2. Pour certaines expérimentations, un travail en horaire décalé ou le weekend peut éventuellement être nécessaire.

- Vous réaliserez vos activités de recherche dans les locaux de MICALIS qui sont classés en zone à Régime restrictif (ZRR), ce qui impose une autorisation à exercer au préalable par le Haut Fonctionnaire Sécurité Défense.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Doctorat d’université en Sciences de la Vie, immunologie ou physiologie intestinale ou diplôme d’ingénieur avec au moins deux ans d’expérience dans un domaine équivalent.

Connaissances souhaitées : Physiologie animale et notamment physiologie intestinale ; réglementation et dispositif éthique de l'expérimentation animale. Biologie cellulaire et moléculaire.

Expérience appréciée : expérience en culture de cellules primaires ou d’organoïdes intestinaux, expérience en microscopie.

Expérience requise :

- Expérimentation in vivo chez la souris (niveau concepteur souhaité)

- Analyses des marqueurs physiologiques par biologie moléculaire sur tissus (extraction ARN, expression de gènes par qRT-PCR, ELISA)

- Expertise en biologie cellulaire et notamment la culture d’organoïdes serait un plus.

- Expertise des analyses de transcriptomiques par RNAseq serait un plus.

- Expérimentation animale de niveau 1.

Aptitudes recherchées : Travail en équipe, intérêt pour le collectif, capacité d’organisation et d’initiative, communication, curiosité, rigueur, autonomie 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation