Thèse en Ecologie Génomique des interactions plantes microorganismes

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La thèse s’inscrit dans le projet HoloE2Plant – Exploring the Holobiont concept through Plant Experimental Evolution – coordonné par Claudia Bartoli chercheure à l’INRAE de Toulouse (France). Le poste est financé par l’ERC (European Research Council). Dans un premier temps, vous participerez à la sélection de souches microbiennes en s’appuyant sur des génomes séquencés et des capacités métaboliques préalablement caractérisées. Vous intégrerez ces données pour constituer des communautés microbiennes synthétiques (SynComs) avec un nombre réduit d’espèces, optimisant les interactions avec la plante tout en minimisant les interactions internes à la SynCom. Ces SynComs seront testées sur des plantes de Brassica rapa à cycle court pour évaluer leur capacité à réduire les maladies causées par le champignon pathogène Rhizoctonia solani. Elles seront également testées pour leurs effets biostimulants sur Arabidopsis thaliana, ainsi que leur potentiel effet synergique avec des souches de Pseudomonas siliginis bien caractérisées par l’équipe. Dans un second temps, trois SynComs conférant une résistance intermédiaire seront utilisées pour une expérience d’évolution combinant plante hôte (B. rapa), SynCom et pathogène. L’impact de la diversité et de la complexité génomique des SynComs sur la modulation des maladies sera évalué. Vous travaillerez avec une technicienne en biologie moléculaire et microbiologie. Nous recherchons des candidats ayant une solide formation académique avec un master (Bac+5 ou équivalent NARIC) en écologie et évolution. Des compétences en bioinformatique, statistiques et en programmation (R, Python ou Perl) sont indispensables. Des compétences en biologie moléculaire (extraction d’ADN, RT-PCR) sont bienvenues mais non obligatoires. Vous participerez également, avec l’appui d'une technicienne, au phénotypage des plantes. Des connaissances en pathologie végétale ne sont pas requises. Un bon niveau d’anglais ainsi qu’une capacité de rédaction scientifique et de communication sont exigés. Le travail en équipe est essentiel.

Formations et compétences recherchées

Spécialisation : Ecologie et Evolution

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation