Post-doctorant-e en biologie synthétique et microbiologie

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Un poste de post-doctorant-e est à pourvoir à INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) dans le cadre du projet TARGET. Ce projet est financé par le programme « EXPLOR’AE – recherche à haut risque » de l’INRAE, et rassemble des expertises en microbiologie, culturomique, ingénierie génétique, biologie des systèmes et modélisation computationnelle afin de développer une nouvelle approche pour cultiver des bactéries non cultivées, en utilisant les phytoplasmes comme modèle. Le projet s’étend sur quatre ans et le contrat postdoctoral est proposé pour une durée initiale de 23 mois, avec une possibilité de renouvellement pour deux années supplémentaires (24 mois).

Contexte du projet

Depuis la fin du XIXe siècle, les microbiologistes ont développé des milieux et des techniques de culture pour étudier des micro-organismes tels que les bactéries, les archées, les levures et les champignons filamenteux. Cependant, seule une faible fraction des espèces bactériennes est actuellement cultivable en laboratoire, ce qui constitue un obstacle majeur à leur étude. Bien que les progrès en métagénomique aient permis d’explorer la diversité microbienne, le séquençage du génome n’a pas permis de comprendre pourquoi de nombreuses bactéries restent non cultivables. Cette lacune limite les avancées dans de nombreux domaines, notamment la lutte contre les maladies, la découverte d’antibiotiques, la production de biomolécules, la gestion des microbiotes et la bioremédiation.

Chez les bactéries associées à des hôtes eucaryotes, la compréhension de leurs interactions métaboliques avec ces hôtes ouvre de nouvelles perspectives pour concevoir des milieux de culture adaptés. Le projet TARGET vise à répondre à la problématique de non-cultivabilité bactérienne en utilisant le phytoplasme de la Flavescence Dorée, une bactérie phytopathogène, comme preuve de concept. En combinant biologie des systèmes, ingénierie génomique et culturomique, ce projet ambitionne de développer des stratégies innovantes pour la culture bactérienne.

Rôle et responsabilités

Le ou la chercheur·se postdoctoral·e recruté·e contribuera au WP2 du projet TARGET, qui vise à comprendre la réponse métabolique du phytoplasme en lien avec ses hôtes insectes et végétaux. À l’aide d’approches transcriptomiques et métabolomiques ciblées et non ciblées, la personne recrutée analysera le métabolisme du phytoplasme dans les environnements intracellulaires de ses hôtes. Ce travail impliquera une étroite collaboration entre modélisateurs et microbiologistes expérimentaux, à l’interface entre données et biologie expérimentale. Plus précisément, la personne recrutée devra :

• Développer et valider des approches méthodologiques permettant de distinguer les réponses métaboliques bactériennes de celles de leurs hôtes.

• Réaliser des analyses transcriptomiques pour étudier l’expression des gènes bactériens dans différents environnements intracellulaires d’hôtes.

• Effectuer des analyses métabolomiques ciblées et non ciblées basées sur la LC-MS afin d’identifier les métabolites clés dans les tissus infectés et sains.

• Développer et appliquer des techniques d’imagerie métabolique (MALDI, DESI-MS) pour cartographier spatialement les métabolites dans les environnements hôtes.

• Intégrer les données transcriptomiques et métabolomiques afin d’inférer les interactions métaboliques entre le phytoplasme et ses hôtes.

• Contribuer aux activités de modélisation métabolique en fournissant des données permettant d’affiner un modèle métabolique (WP1) et d’orienter la formulation d’un milieu de culture adapté (WP3).

• Participer à des études biochimiques ciblées incluant la quantification par RT-qPCR d’enzymes clés, l’analyse de réactions métaboliques et l’expression hétérologue de protéines pour la caractérisation enzymatique.

• Collaborer avec les bioinformaticiens pour affiner les modèles.

• Participer à la rédaction d’articles scientifiques et à la communication des résultats (réunions d’équipe, séminaires, colloques).

Environnement de recherche

La personne recrutée rejoindra les équipes Mollicutes et Métabolisme, toutes deux membres de l’UMR INRAE BFP (Biologie du Fruit et Pathologie) située à Villenave d’Ornon, France. Le poste sera co-encadré par le Dr Pierre Pétriacq (Métabolisme) et le Dr Bessem Chouaia (Mollicutes), garantissant une expérience de recherche multidisciplinaire.

L’UMR 1332 BFP est une unité de recherche de premier plan en biologie végétale, partenariat entre l’INRAE (divisions Biologie et Amélioration des Plantes et Santé des Plantes et Environnement) et l’Université de Bordeaux. Avec plus de 150 membres (chercheurs, ingénieurs, doctorants), elle joue un rôle clé dans la recherche et la formation en sciences végétales, microbiologie et biochimie. Elle est fortement impliquée dans les projets européens et coordonne un Laboratoire International Associé (LIA FReQUenCE) avec l’Université de Tsukuba (Japon). L’unité entretient également des partenariats industriels actifs et des liens avec des organisations de producteurs.

L’équipe Métabolisme (MéTA), spécialisée en biologie des systèmes, mobilise la chimie analytique, la biochimie, la biologie moléculaire, la physiologie, les statistiques et la bioinformatique pour étudier le métabolisme. Elle génère de larges jeux de données pour développer des modèles prédictifs visant à comprendre le contrôle métabolique et ses impacts sur le développement et l’adaptation au stress chez les plantes. Traditionnellement centrée sur le métabolisme central, l’équipe s’intéresse désormais également aux voies métaboliques redox et secondaires. Elle héberge la plateforme Bordeaux Metabolome, membre de l’infrastructure nationale MetaboHUB, qui propose un ensemble complet de services en métabolomique.

L’équipe Mollicutes (Molli) s’intéresse aux bactéries pathogènes affectant les animaux (mycoplasmes) et les plantes (phytoplasmes, spiroplasmes). Ces bactéries, classées parmi les Mollicutes, se caractérisent par des génomes minimaux et l’absence de paroi cellulaire. Les recherches de l’équipe visent à décrypter les mécanismes moléculaires des interactions hôte-pathogène et de l’évolution de ces pathogènes, avec des applications en lutte contre les maladies. L’équipe étudie notamment le phytoplasme de la Flavescence Dorée de la vigne et les mycoplasmes des ruminants. Composée de 13 chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs permanents, 9 techniciens et 9 doctorants/postdoctorants, elle offre un environnement de recherche stimulant et collaboratif.

Rejoignez-nous pour relever l’un des plus grands défis de la microbiologie et contribuer à une recherche innovante à INRAE !

Formations et compétences recherchées

Nous recherchons un profil avec les compétences suivantes :

• Doctorat en microbiologie, métabolomique, biologie des systèmes, biologie moléculaire, biochimie ou domaine connexe

• Expérience en transcriptomique et/ou métabolomique, notamment en métabolomique LC-MS

• Des connaissances en modélisation métabolique et en analyse de voies biochimiques seraient un plus

• Solide connaissances en microbiologie, biologie moléculaire ou bioinformatique

• Une expérience en RT-qPCR, imagerie métabolique ou expression/purification de protéines serait appréciée

• Capacité à travailler en équipe interdisciplinaire

• Excellentes compétences analytiques, organisationnelles et de communication

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Entretiens des candidat-es entre le 9 et le 27 juin 2025.

Pour toutes questions, veuillez contacter Dr Pierre Pétriacq (pierre.petriacq@inrae.fr) et Dr Bessem Chouaia (bessem.chouaia@inrae.fr)