Ingénieur(e) biologiste en traitement de données

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

L'unité GAFL (Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes) du centre d’Avignon développe des recherches dont l’objectif est de contribuer à la transition écologique et de répondre aux enjeux d’adaptation des systèmes horticoles à la réduction des intrants de synthèse et au changement climatique. Il s’agit de faire de la diversité génétique un levier pertinent et efficace pour accroître la capacité des fruits et légumes et de maintenir une production de qualité face aux stress biotiques et abiotiques dans des systèmes agroécologiques, en synergie avec des leviers techniques complémentaires issus des autres disciplines. La stratégie consiste à i) cibler les caractères primordiaux d'adaptation aux stress biotiques et abiotiques, ii) identifier des sources de résistance, iii) comprendre la fonction des déterminants de résistance dans les interactions plantes × bioagresseurs × environnement pour raisonner les associations de gènes et QTL de façon à protéger ces résistances et assurer leur durabilité.

Environnement de travail, missions et activités

Dans un contexte de réduction du parapluie phytosanitaire imposé par l’union européenne, il devient urgent d’identifier des résistances ou tolérances aux différents bioagresseurs dommageables à la production fruitière, des variétés mieux adaptées à leur environnement et plus résilientes pour construire des vergers plus durables. L’équipe DADI Prunus du GAFL fait de ces thématiques ses priorités sur les espèces fruitières du genre Prunus. Elle coordonne deux projets dans lesquels vous serez directement impliqué-e :

• Le projet CASDAR RésiDiv. Il vise à identifier les différentes composantes de la résilience des vergers fruitiers en conditions de basse protection phytosanitaire pour aider la création variétale. Il ambitionne également d’identifier des individus résilients en conditions de ‘zéro pesticides’ qui permettront de construire les variétés nécessaires à des vergers plus durables.

  https://gafl.paca.hub.inrae.fr/partenariats-et-projets/projets-nationaux/residiv-2022-2026

• Le projet européen InnOBreed. Il est dédié aux espèces de fruits à pépins et à noyau mais aussi à la vigne et aux agrumes. Il vise à produire un état des lieux des besoins des filières fruitières pour développer, tester, valider et implémenter des solutions innovantes technologiques et socio-économiques en agriculture biologique. Il a pour vocation d’identifier et introduire du matériel d’intérêt dans les schémas de création variétale qui seront mieux adaptés à la production fruitière biologique en Europe. https://innobreed.eu

Les travaux menés dans le cadre de ces projets reposent sur deux dispositifs expérimentaux chez l’abricotier et le pêcher appelés « core-collections », qui sont constitués d’un assemblage d’accessions (150 accessions et 206 individus respectivement) et dont les données de génotypage sont disponibles. Implantés dans plusieurs sites en région Sud-Est , ces vergers menés en conditions de faibles intrants phytosanitaires sur plusieurs années consécutives permettent d’étudier le potentiel de la diversité génétique face aux infections de bioagresseurs multiples pour i) identifier des sources de résistance ou de tolérance, et des géniteurs d’intérêt pour les programmes de sélection variétale, ii) mettre au point des marqueurs moléculaires pour la sélection assistée par marqueurs et la sélection précoce d’hybrides, iii) mesurer l’impact des bioagresseurs à court et plus long termes sur les traits agronomiques, iv) mesurer les interactions génotypes – environnement et entre les traits observés. L’équipe a ainsi acquis depuis plusieurs années une quantité de données de phénotypage relatives aux traits de phénologie, de vigueur des arbres, de productivité et de sensibilité aux stress biotiques, y compris des données digitales.

Vos missions

Vous exercerez vos missions d’ingénieur·e d’études au sein de l’équipe Prunus (11 permanents) du GAFL

Vous serez encadré·e par les responsables des projets de recherche (2 chercheurs et un ingénieur)

Vous serez amené·e à interagir avec les techniciens de l’équipe, personnels en CDD et stagiaires

Vous serez mobilisé·e sur la collecte, le stockage, la gestion des données sur le serveur INRAE et la mise en forme des données de phénotypage pour la préparation des analyses statistiques

Vous prendrez en charge le traitement des données dans le langage R pour mettre en œuvre des statistiques descriptives et des modèles statistiques pour l’étude de la relation génotype-phénotype, notamment via la génétique d’association (GWAS)

Vous serez en lien avec l’équipe informatique, bio-analyses et biostatistiques de l’unité

Vous participerez ponctuellement à la caractérisation phénotypique des core collections en vergers pour venir en appui aux techniciens de l’équipe

Vous rendrez compte régulièrement de l’avancée de vos résultats aux responsables de projets

Vous participerez aux réunions de projets et vous serez amené·e à présenter vos résultats

Vous serez impliqué·e dans la logistique des projets : organisation des meetings, reporting des réunions, interactions avec les partenaires, compilation des documents, rédaction des rapports…

Vous participerez aux réunions bimensuelles d’équipe

Formations et compétences recherchées

• Licence ou Master
• Domaine de formation souhaité : statistiques, bio-statistiques, bio-analyses, bio-informatique, génétique quantitative. Connaissances de bases requises en biologie et production végétale
• Rigueur et organisation pour la manipulation et l’analyse de données
• Traitement des données
• Faculté à travailler en équipe et de manière autonome
• Interagir au quotidien avec les responsables des projets
• Interagir avec de multiples interlocuteurs de diverses disciplines (généticiens, bio-informaticiens, chercheurs, ingénieurs et techniciens) et horizons (instituts techniques et sélectionneurs, partenaires des projets français et européens)
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
• Transmettre des résultats sous forme de compte-rendu et de présentation orale
• Anglais écrit et parlé nécessaire

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation