Cartographie et régulation des gènes à expression allèle-spécifique au cours du développement du porcelet

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l’équipe REGLISS (Génomique régulationnelle pour les espèces animales) du laboratoire GenPhySE d'INRAE (UMR 1388), qui a pour thématique majeure la régulation de l’expression des gènes par analyse de données "-omiques" associées à des variations biologiques d’intérêt. L'équipe est constituée de 5 chercheurs et 2 ingénieurs et techniciens, et accueille des stagiaires et doctorants (2 thèses en cours).

Pour ce stage, le travail sera principalement focalisé sur les gènes présentant une expression mono-allélique soit de type allèle-spécifique soit de type parental-spécifique. Grâce à des échantillons et des jeux de données uniques obtenus dans le cadre des projets ANR STEM4PIGS et COLOCATION, à partir de cellules souches embryonnaires (ESC) et de fœtus à deux stades de développement, vous étudierez la dynamique de ces gènes d’intérêt au cours du développement fœtal chez le porcelet. 

Le stage portera donc sur l’analyse de données RNA-seq d’environ 90 lignées ESCs et de 110 placentas, tous issus de croisements réciproques entre les races Large White et Meishan. Ces jeux de données permettent d’étudier l’expression génique ainsi que l’origine parentale de l’expression grâce à l’identification de variants génétiques, principalement des SNPs, localisés dans les transcrits. C’est pourquoi, il est nécessaire de combiner ces données avec les données de génomiques de chaque individu et de ses parents afin d’identifier l’origine parentale des variants génétiques présentes chez chaque individu et de distinguer les gènes présentant une expression allèle-spécifique de ceux présentant une expression monoallélique d’origine parentale.

L’objectif du stage est d’identifier les gènes à expression allèle-spécifique ou soumis à empreinte parentale, puis d’analyser leur variation entre différents tissus et stades de gestation. Il s’agira également de caractériser les réseaux de gènes impliqués et les fonctions biologiques associées.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : niveau Master 2 

Aptitudes recherchées :

- Connaissance des données omiques (génomique, transcriptomique, épigénomique)

- Capacité à travailler sur un cluster de calcul, et sous R à l’aide d’outils tels que RMarkdown
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques
- Connaissance des outils de versionning (github)
- Intérêt pour le développement de pipelines d’analyse réutilisables et interopérables
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe
 

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation