CONTRAT DOCTORAL: Critères de sélection des poules pour améliorer leur résilience face aux variations de leur environnement

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Type de contrat : financement CIFRE : contrat de travail avec l’entreprise de sélection de poules pondeuses Novogen (Plédran, France).

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR PEGASE), située en Bretagne, à 10 km de Rennes. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. 

Au sein de l’unité, l’équipe Génétique et Génomique Avicole (GGA) étudie, entre autre, le déterminisme génétique de l’adaptation des poules pondeuses à des environnements d’élevage innovants et durables.

• Vous serez plus particulièrement en charge de :

L’objectif de cette thèse sera de proposer des critères de sélection pour améliorer la résilience des animaux à partir de ces données longitudinales de phénotypage.

D’abord, il sera nécessaire d’explorer plusieurs indicateurs de résilience (logarithme de la variance des déviations, coefficient de normes de réaction, modélisation et paramètres de courbes, paramètres de la méthode UpDown, paramètres de la méthode GAMs…) et d’en déterminer les paramètres génétiques (héritabilités et corrélations génétiques, y compris avec d’autres critères de sélection).

Ensuite, le déterminisme génétique de ces caractères sera étudié par détection de QTL.

Enfin, des simulations permettront d’évaluer l’intérêt d’une sélection sur la résilience selon des scénarios qui diffèrent en termes de fréquences et d’intensité de perturbations climatiques et sanitaires. 

Cette thèse repose sur un partenariat public-privé entre INRAE et NOVOGEN, un sélectionneur de poules pondeuses (Plédran, France). 

Type de contrat : financement CIFRE : contrat de travail avec l’entreprise de sélection de poules pondeuses Novogen (Plédran, France).

La demande de financement de cette thèse sera soumis au dispositif des Conventions industrielles de formation par la recherche (Cifre ; https://www.anrt.asso.fr/fr/le-dispositif-cifre-7844). Ce dispositif permet à l'entreprise de bénéficier d'une aide financière pour recruter un.e doctorant.e dont les travaux de recherche, encadrés par un laboratoire public de recherche, conduiront à la soutenance d'une thèse. Il est nécessaire d'avoir déjà identifié un.e candidat.e qui déposera le dossier de demande de CIFRE.

Durant sa thèse, le.la doctorant.e sera encadré par Nicolas Bédère (UMR PEGASE), et sous la co-direction d’Ingrid David (UMR GenPhySE) et Nicolas Friggens (UMR PEGASE). Dans le cadre de la co-direction, des séjours à Castanet-Tolosan (UMR GenPhySE) seront prévus dès qu’ils seront nécessaires. Au sein de Novogen, le.la doctorant.e sera encadré.e par Thierry Burlot (directeur R&D) et Lorry Bécot (généticien), des rencontres fréquentes avec les autres membres de l’équipe R&D auront lieu. Le.la doctorant.e s’inscrira en thèse à l’Institut Agro Rennes-Angers et à l’école doctorale Ecologie, Géosciences, Agronomie, Alimentation (EGAAL) de l’Université de Rennes 1.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Master 2 (ou équivalent),
• Connaissances souhaitées : Génétique quantitative, statistiques,
• Expérience appréciée : un stage de niveau master avec des activités de recherche en génétique quantitative
• Aptitudes recherchées : Curiosité, créativité, rigueur, autonomie et communication. 

Votre qualité de vie à INRAE

Vous serez salarié par l’entreprise Novogen aux conditions suivantes  

• Salaire : 28000 euros brut (dont 13 ème mois)
• Forfait jour : 218 jours ouvrés (5 semaines de congés payés + complément RTT)
• Chèques vacances
• Tickets restaurants
• Chèques Cadhoc

Et hébergé dans les locaux d’INRAE où, vous pourrez bénéficier  :

• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d'activités sportives et culturelles ;
   d'une restauration collective sur place.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation