Identifier les déterminants biotiques et abiotiques favorisant ou mitigeant la dissémination de l’antibiorésistance lors du retour au sol de produits résiduaires organiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Présentation du LBE

Le Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement (LBE) est une unité propre de recherche du centre Occitanie-Montpellier de l’Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’alimentation et l’Environnement (INRAE), située à Narbonne.

Les recherches menées au LBE visent à développer le concept de bioraffinerie environnementale qui consiste à valoriser les résidus, déchets, effluents organiques ainsi que certaines biomasses en produits d'intérêt industriel (bioénergies, biomolécules, amendement et fertilisant organique) tout en minimisant leur impact environnemental et sanitaire. Symbolisées par la production de bioénergies (eg., via le biométhane et le biohydrogène par des écosystèmes anaérobies), les recherches du LBE cherchent à traiter et/ou valoriser les rejets organiques, qu'il s'agisse d’effluents liquides (agroalimentaires en particulier), de résidus solides (résidus agricoles, déchets ménagers et boues issues des stations d'épuration) ou de biomasses spécifiques telles que les micro-algues ou les cultures intermédiaires à vocation énergétique (CIVE). Cette valorisation se décline en intégrant explicitement les contraintes d'innocuité sanitaire (eg., liées à la présence de résidus pharmaceutiques, de détergents et/ou de pathogènes…). L’ensemble de ses recherches couvre un très large spectre de compétences disciplinaires : microbiologie, écologie microbienne, génie biologique, génie des procédés, modélisation, automatique et transfert industriel. Le LBE bénéficie d’une implantation de 4757 m² de surface, dont 1882 m² de halle expérimentale, et d’un équipement scientifique et analytique permettant la mise en place et le suivi d'expérimentations à différentes échelles.

Contexte scientifique

Votre poste s’inscrit dans le projet ATBR-SOL « Déterminants de sélection ou d’atténuation de l’AnTiBioRésistance lors du retour au SOL de produits résiduaires organiques » financé par l’ANSES. La résistance aux antibiotiques est une préoccupation majeure pour la santé publique et environnementale. L’épandage de produits résiduaires organiques (PRO), tels que des composts ou digestats de boues, des effluents d’élevage, contribue à l’apport discontinu dans l’environnement d’antibiotiques, de bactéries résistantes (BRA) et de gènes de résistance (GRA) et participe à la dissémination de l’antibiorésistance. Pour maîtriser les impacts sur la problématique globale de l’antibiorésistance dans un contexte « One Health », la gestion de ces PRO jusqu’à leur retour au sol constitue un levier d’action majeur. Les procédés mis en œuvre pour stabiliser ces PRO peuvent réduire les teneurs en antibiotiques, en BRA, la diversité et de l’abondance du résistome et des éléments génétiques mobiles (EGM) associés. Néanmoins cette réduction est sujette à une grande variabilité en fonction du type de gènes considérés, de l’effluent traité, ou encore du procédé utilisé. De même, l’évolution des marqueurs de l’antibiorésistance lors du retour au sol varient en fonction du type de sol étudié et de sa biodiversité.

Objectifs

Les objectifs de ATBR-SOL visent à étudier et déterminer (i) Le rôle de l’historique d’amendement du sol ainsi que de sa biodiversité (communauté microbienne, fongique et lombricienne) dans la sélection ou l’atténuation de l’antibiorésistance lors d’amendement ; (ii) Le rôle des différentes composantes de digestat issu d’effluent d’élevage (matière organique, antibiotiques et microbiote) dans la dissémination de l’antibiorésistance lors du retour au sol ; (iii) Les paramètres biotiques et abiotiques qui contrôlent les phénomènes de coalescence des communautés microbiennes et des gènes de résistance (évolution et interaction de communautés endogènes présentes dans le sol et exogènes apportées par le digestat ou les turricules des vers de terre, après mélange) ; (iv) La dynamique des transferts de gènes en fonction des pressions de sélection appliquées aux communautés du sol.

Missions et activités

Au sein de ce projet, vous serez particulièrement en charge des objectifs i à iii. Via des stratégies en microcosmes de sol, vous aurez pour mission de :

• Mettre en route et assurer le suivi temporel des microcosmes (prélèvements pour analyses physico-chimiques, extraction ADN, essai de bioturbation).
• Quantifier les gènes de résistance et les éléments génétiques mobiles dans les échantillons issus des études expérimentales, caractériser l’abondance et la diversité microbienne présente dans les échantillons.
• Corréler l’ensemble des données obtenues au cours des différentes phases expérimentales (abondances des gènes cibles, concentrations en oxytétracycline, abondance et diversité des communautés microbiennes).
• Déterminer les conditions de prévalence et de dissémination de l’ATBR et appréhender les phénomènes de coalescence microbienne entre digestat et sol.

Une partie des expérimentations sera réalisée à Toulouse, au CRBE (Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement), au sein de l’équipe « Ecotoxicologie intégrative » qui étudie les impacts écotoxicologiques et environnementaux de contaminants variés à différents niveaux d’organisation biologique (de la cellule à la communauté). Le reste sera réalisé au LBE à Narbonne, en collaboration avec l’unité INTHERES (Innovation Thérapeutiques et Résistances).

Formations et compétences recherchées

- Formation académique : titulaire d’un doctorat en microbiologie ou écologie microbienne.

- Compétences : Connaissances en écologie microbienne ; culture de souches bactériennes ; extraction d’ADN, qPCR, analyse de la structure et diversité microbienne, bioinformatique, analyses statistiques et analyse des données de séquençage de l’ADNr 16S sous R (phyloSeq/microeco ou autre), des connaissances de l’écosystème ‘sol’ seraient un plus.

- Aptitudes recherchées : Autonomie et esprit d’initiative ; Qualités d’organisation et d’intégration dans un collectif ; Bon niveau d’anglais (indispensable) et capacités rédactionnelles.

Votre qualité de vie à INRAE

- Environnement de recherche : travaillez dans un laboratoire équipé des dernières technologies à la pointe en matière de biotechnologie environnementale. L'équipement est entièrement partagé, vous aurez donc accès à toutes les installations.

- Mentorat et formation : bénéficiez de conseils d'experts dans le domaine et accédez à un programme de formation complet.

- Réseaux de collaboration : vous pourrez collaborer avec une équipe dynamique de chercheurs et de partenaires industriels, tant au niveau national qu'international.

- Financement : allocation compétitive et financement des dépenses liées à la recherche, y compris les déplacements pour des conférences et les publications.

- Évolution de carrière : possibilités d’évolution professionnelle, développement de votre réseau (ateliers, séminaires, évènements…)

- Ambiance de travail : Vous ferez partie d'une équipe compétente. Vous travaillerez dans un environnement dynamique où règne une atmosphère de bienveillance et de respect. Les agents n’hésitent pas à travailler ensemble pour trouver des solutions innovantes en matière d’environnement durable.

- Excellentes conditions de travail : 30 jours de vacances par an (+ 15 si RTT) ; soutien à la parentalité ; accès à des restaurants collectifs bon marché ; horaires flexibles ; accès à des installations sportives sur site ; temps ensoleillé.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation