Ingénieur-e en informatique scientifique – Développeur-se python

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Les unités expérimentales d’INRAE et de ses partenaires produisent des données de phénotypage haut-débit au champ, obtenues par diverses techniques (imagerie RGB et multispectrale, LiDAR). Le phénotypage consiste à caractériser la structure et le fonctionnement de la végétation, notamment pour l’amélioration variétale. Dans ce cadre, l’équipe CAPTE (CAPTeurs et TElédetection) de l’UMR EMMAH est en charge de la gestion et de la maintenance de la plateforme de traitement 4P (Plant Phenotyping Processing Platform). 4P est une application web qui permet de mettre à disposition des chaînes de traitement de données aux unités expérimentales de l’infrastructure nationale PHENOME.

Un exemple de chaine de traitement consiste à appliquer des pré-traitements à des images RGB acquises au-dessus des cultures (correction de balance de blancs, vignettage), appliquer un modèle de deep learning pour segmenter la végétation de l’arrière-plan, puis calculer des caractéristiques de structure des plantes (par exemple, l’inclinaison et la surface de feuilles).

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR EMMAH (Environnement Méditerranéen et Modélisation des AgroHydrosystèmes), sur le centre INRAE PACA d’Avignon. Vous travaillerez en étroite collaboration avec des chercheurs et des ingénieurs de l’UMR et de ses partenaires, d’autres contributeurs au développement de 4P (informaticiens, doctorants, post-doctorants) et ses utilisateurs (ingénieurs et techniciens INRAE des installations expérimentales).

Votre mission consistera à refactoriser (i) les chaines de traitement de l’instrument LITERAL (étalonnage, comptage d’épis, surface foliaire), développées par et avec notre partenaire ARVALIS, pour les adapter et les implémenter dans la plateforme 4P, (ii) certains des modules devenus obsolètes pour améliorer les performances, la fiabilité et la maintenabilité de 4P

Vous serez plus particulièrement en charge :

• De refactoriser et d’optimiser des codes prototypes Python issus des recherches réalisées dans différents projets par l’équipe CAPTE et ses partenaires
• D’analyser les performances des codes existants et identifier les points d'amélioration
• De concevoir les tests unitaires, tests d’intégration et tests fonctionnels nécessaires au bon fonctionnement de la plateforme
• De former les utilisateurs de la plateforme aux chaînes de traitement que vous aurez mises en place
• De contribuer à la rédaction et au maintien de la documentation

Formations et compétences recherchées

• Formations recommandées: Bachelor ou ingénieur en science du numérique avec une spécialisation en développement logiciel. Des connaissances en intelligence artificielle et en traitement d’images et/ou données LiDAR seraient un plus. Anglais oral utile pour interagir avec certains partenaires étrangers.
• Connaissances souhaitées : vous avez de solides connaissances en langages de programmation scientifique Python, outil de gestion de version (git), et un goût pour l’observation des plantes. Des connaissances en deep learning, sur les containers docker ou le C++ seraient un plus.
• Aptitudes recherchées : vous êtes autonome, rigoureux(se) et présentez de bonnes aptitudes à travailler en équipe et à communiquer pour assurer des interactions harmonieuses entre les différents et nombreux partenaires publics et privés. Vous êtes à l'aise à l'oral.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation