Postdoc OT-6236

Post-Doc Bioinfo et Omique en Ecotoxicologie aquatique

69625 VILLEURBANNE

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de de l'unité de recherche interdisciplinaire sur les hydrosystèmes RiverLy, dans l'équipe « Ecotoxicologie », dont les locaux sont situés à Villeurbanne. L'équipe est reconnue pour ses travaux dans le domaine de l'écotoxicologie aquatique animale et de la biosurveillance, aussi bien dans la sphère académique (ex : porteur GDR Ecotox Aquatique, 5 ANR sur les 10 dernières années) que dans la sphère opérationnelle (ex : Agences de l'eau, Office Français de la Biodiversité). Les recherches de l’équipe traitent différentes questions sur 1 - le transfert des contaminants chimiques dans le biote ; 2 – l’évaluation et la compréhension de la toxicité chronique de ces contaminants (perturbation endocrine, effets transgénérationnels) à l’aide d’approches physiologiques, moléculaires (génomique, transcriptomique, protéomique, lipidomique); 3 – l’examen des différences de sensibilité aux contaminants  entre populations et entre espèces; 4 – l’évaluation des liens entre pressions chimiques au sein des cours d’eau et impacts écotoxicologiques. Le recours aux approches biomoléculaires est devenu un des socles de ses activités autant pour développer des outils de type biomarqueurs, que pour acquérir de la connaissance sur la physiologie moléculaire de ses espèces d’intérêt afin de caractériser et comprendre la toxicité environnementale et les mécanismes de sensibilité / tolérance.

Dans le cadre de l'évaluation de la qualité environnementale, l'un des défis actuels de l’écotoxicologie est en effet d'évaluer les effets toxiques pour l’ensemble des taxons des écosystèmes, en intégrant notamment l'hétérogénéité inter-espèces de la sensibilité aux contaminants. Cette hétérogénéité s'explique en partie par la diversité des systèmes moléculaires qui ont émergé au cours de l'évolution des espèces. Les gammaridés illustrent pleinement cette problématique. En effet, ils sont aujourd’hui considérés comme des espèces modèles incontournables en écotoxicologie pour la surveillance des milieux d’eaux douces. Plus largement, les amphipodes constituent un groupe majeur de la diversité animale aquatique. Cependant, la divergence évolutive de ce groupe par rapport aux espèces dites modèles en biologie moléculaire empêche encore aujourd’hui une compréhension mécaniste des effets toxiques des contaminants chimiques chez ces espèces, ou encore de leurs capacités d’adaptation aux expositions chroniques. De plus les connaissances de la variation génétique au sein du genre Gammarus sont complexes (existence de nombreuses espèces cryptiques), tout comme l'information sur les liens entre cette variation génétique et la sensibilité aux facteurs de stress dont la pression toxique. Dans ce cadre, l’équipe Ecotoxicologie (INRAE) en collaboration avec le CEA a suivi une approche dite de protéogénomique qui a permis de constituer des ressources transcriptomiques et protéomiques uniques permettant aujourd’hui d’envisager une exploration approfondie de la diversité moléculaire fonctionnelle de cette famille de crustacés. L’étude proposée pourra ainsi s’appuyer sur la disponibilité : (i) de 14 transcriptomes individuels correspondant au séquençage d’un mâle et d’une femelle de sept espèces de gammaridés, deux du genre Echinogammarus (dont une espèce marine) et cinq du genre Gammarus (G. pulex, G. fossarum A, G. fossarum B, G. fossarum C, G. wautieri) ; et (ii) de protéomes profonds acquis individuellement par spectrométrie de masse shotgun sur 10 mâles et 10 femelles de chacune de ces espèces.

Bénéficiant de ces deux types de données complémentaires et dans le cadre général de la compréhension de la sensibilité de ces espèces aux contaminants ou du développement de biomarqueurs, vous serez plus particulièrement en charge de :

  • documenter chez ce groupe majeur de crustacés les réseaux génétiques (recherche d’orthologie, annotation fonctionnelle, reconstitution de pathways) impliqués dans la réalisation de grandes fonctions telles que le contrôle hormonal de la mue, le métabolisme, la détoxification, l’osmorégulation,
  • explorer la variabilité de séquences ou d’expression de protéines choisies parmi ces répertoires fonctionnels à différentes échelles phylogénétiques (famille, genre, morpho-espèces, espèce cryptique, population).
  • contribuer à la mise en place d’une méthodologie exploitant cette connaissance pour le développement de biomarqueurs protéomiques.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Formation recommandée : Doctorat en biologie ou bioinformatique

Connaissances souhaitées : analyse de données omiques, notamment pour des approches comparatives dans le domaine environnemental, de la biologie évolutive ou de l’agronomie.

Expérience appréciée : analyse des données RNA-seq (e.g. assemblage de novo, réalignement, recherche de variants de séquences) 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Référence de l'offre

  • Contrat : Postdoc
  • Durée : 15 mois
  • Début du contrat : 01/09/2020
  • N° de l'offre : OT-6236
  • Date limite : 15/07/2020
Le centre Lyon-Grenoble Auvergne-Rhône-Alpes

UR1469 RIVERLY Riverly 69625 VILLEURBANNE Site web

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