Mission temporaire OT-22295

poste CDD Ingénieur d'Etudes en Génétique et Système d’Information dédié aux Ressources Génétiques Végétale

84140 Montfavet

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte

Un poste de CDD d'Ingénieur d'Etudes en génétique et système d’information est ouvert au sein d’INRAE GAFL à Avignon, France, pour une durée de 15 mois.

Date de prise de poste : 1er Octobre 2024 (date flexible).

Missions

  • Analyse de la diversité du piment et son impact sur l’adaptation des populations d’agents pathogènes.
  • Recherche de locus déterminant des traits agronomiques.
  • Établissement d’une procédure facilitant l’articulation des bases de données phénotypiques avec EURISCO.

Responsabilité

Le/La candidat(e) participera à deux projets en cours : le projet ANR COMBINE et le projet européen PRO-GRACE. Les tâches principales incluent :

  1. Réalisation d’analyses de génétique des populations à partir de données phénotypiques et de séquençage sur une population de ~600 plantes échantillonnées chez plusieurs producteurs,
  2. Identification d’associations significatives entre diversité phénotypique et génomique,
  3. Définition d’une procédure pour améliorer le lien entre les bases de données phénotypiques et EURISCO,
  4. Contribution à la production de livrables sur la standardisation des protocoles de phénotypage et sur l’interconnexion entre les bases de données phénotypiques propres aux banques de gènes et EURISCO.

Le/La candidat(e) devra également :

  • Produire une synthèse bibliographique sur les variétés locales (landraces) et la standardisation des données de phénotypages,
  • Mettre à jour un répertoire des gènes d’intérêt,
  • Rédiger des comptes-rendus en anglais.

 

Environnement de travail

 

  • L’unité GAFL développe des recherches en génétique des fruits et légumes pour contribuer à la transition écologique. L’équipe ReDD se focalise sur la caractérisation des bases génétiques et fonctionnelles des résistances aux maladies et sur la diversité des facteurs de résistance.

Pour plus d’informations, veuillez consulter les sites web suivants :

McLeod L, Barchi L, Tumino G, Tripodi P, Salinier J, Gros C, Boyaci HF, Ozalp R, Borovsky Y, Schafleitner R, Barchenger D, Finkers R, Brouwer M, Stein N, Rabanus-Wallace MT, Giuliano G, Voorrips R, Paran I, Lefebvre V. 2023. Multi‐environment association study highlights candidate genes for robust agronomic quantitative trait loci in a novel worldwide Capsicum core collection. Plant Journal, First published: 21 August 2023. https://doi.org/10.1111/tpj.16425 hal-04185847

Cao Y, Zhang K, Yu H, Chen S, Xu D, Zhao H, Zhang Z, Yang Y, Gu X, Liu X, Wang H, Jing Y, Mei Y, Wang X, Lefebvre V, Zhang W, Jin Y, An D, Wang R, Bosland P, Li X, Paran I, Zhang B, Giuliano G, Wang L, Cheng F. 2022. Pepper variome reveals the history and key loci associated with fruit domestication and diversification. Molecular Plant 15, 1744–1758. https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.09.021 hal-04132419

Maillot G., Szadkowski E., Massire A., Brunaud V., Rigaill G., Caromel B., Chadœuf J., Bachellez A., Touhami N., Hein I., Lamour K., Balzergue S., Lefebvre V. 2022. Strive or thrive: trends in Phytophthora capsici gene expression in partially resistant pepper. Frontiers in Plant Science, 13:980587. DOI: 10.3389/fpls.2022.980587 hal-03908269

Salinier J., Lefebvre V., Besombes D., Burck H., Causse M., Daunay M.C., Dogimont C., Goussopoulos J., Gros C., Maisonneuve B., McLeod L., Tobal F., Stevens R. 2022. The INRAE Centre for Vegetable Germplasm: Geographically and Phenotypically Diverse Collections and Their Use in Genetics and Plant Breeding. Plants, 11 (3):347 DOI: 10.3390/plants11030347 hal-03551518

Tripodi P., Rabanus-Wallace M.T., Barchi L., Kale S., Esposito S., Acquadro A., Schafleitner R., van Zonneveld M., Prohens J., Diez M.J., Börner A., Salinier J., Caromel B., Bovy A., Boyaci F., Pasev G., Brandt R., Himmelbach A., Portis E., Finkers R., Lanteri S., Paran I., Lefebvre V., Giuliano G., Stein S. 2021. Global range expansion history of pepper (Capsicum spp.) revealed by over 10,000 genebank accessions. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 118 (34), pp.e2104315118. DOI 10.1073/pnas.2104315118 hal-03414637

Date limite de candidature : 01 Août 2024 (susceptible d’être prolongée).

Pour postuler, envoyez votre dossier de candidature à veronique.lefebvre@inrae.fr, en joignant :

  1. un CV d’une page.
  2. une lettre de motivation d’une page.
  3. les coordonnées d’un.e ou deux référent.e.s.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Compétences attendues

  • Diplôme de niveau Master 2 ou équivalent en génétique.
  • Expertise en génétique des populations et génétique quantitative.
  • Compétences en analyse de données, statistiques, et utilisation de R.
  • Une expérience en FAIRisation des données sera un atout.
  • Compétences personnelles : forte motivation, curiosité, capacité à travailler en équipe, autonomie.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés  (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises à son règlement intérieur notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.

Référence de l'offre

  • Contrat : Mission temporaire
  • Durée : 15 mois
  • Début du contrat : 01/10/2024
  • Rémunération : de 2 244 € à 2 599 € brut/mois selon reprise d'ancienneté
  • N° de l'offre : OT-22295
  • Date limite : 01/08/2024
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