Mission temporaire OT-22245

Bioinformaticien.ne pour l’analyse de données omiques multi espèces

31326 CASTANET-TOLOSAN

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

  • Vous rejoindrez l’équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes) du laboratoire GenPhySE d'INRAE (UMR 1388), qui a pour thématique majeure la caractérisation des causes moléculaires de la variabilité des caractères chez les animaux domestiques. L'équipe est constituée de 8 chercheurs et 6 ingénieurs et techniciens, et accueille des stagiaires, doctorants et post-doctorants (4 thèses et 2 post-docs en cours).

 

Dans un premier temps vous contribuerez au projet Européen GEroNIMO (H2020, https://www.geronimo-h2020.eu/), ayant notamment pour but d’intégrer l’information épigénétique aux schémas de sélection chez les monogastriques (porcs et volaille), dans le cadre de l’évolution des systèmes d’élevage vers un modèle plus durable. Pour ce projet vous réaliserez un benchmarking d’outils existants pour analyser les données épigénomiques issues de séquençage RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) produites sur porc, poule et caille, avec l’objectif d’en extraire les informations de taux de méthylation et de variants génétiques. Ce travail aboutira au développement d’un pipeline d’analyse permettant l’obtention d’information génétique et épigénétique de haute qualité à partir de séquençage RRBS. Ce pipeline d’analyse sera, à terme, utilisé par tous les membres du projet GEroNIMO et des points réguliers seront réalisés avec le groupe de travail international chargé de cette tâche dans le consortium.


Dans un second temps vous joindrez le projet FeedSeq, visant à caractériser les mécanismes biologiques en lien avec l'efficacité alimentaire. Ce caractère est particulièrement d'intérêt dans le contexte actuel d'évolution de la production animale vers des pratiques plus durables puisqu’il permettrait à terme de limiter la production de ressources nécessaires à l’alimentation animale et les déchets qu’ils produisent. Dans ce cadre vous contribuerez à l’analyse de données omiques multiples : génomiques, épigénomiques et transcriptomiques obtenues dans l’espèce porcine. Puis, en lien avec les chercheurs du projet vous contribuerez à leur intégration au sein de l’espèce porcine puis au travers d’autres espèces afin d’affiner et décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans la variabilité de ce caractère agronomique important dans différentes espèces. 

Possibilité de télétravailler 2 jours par semaine

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)
  • Formation recommandée : niveau Master 2 en bioinformatique
  • Aptitudes recherchées :

- Connaissance des outils de gestion de workflow (nextflow)
- Connaissance des outils de versionning (github)
- Connaissance des données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique)
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques
- Capacité à communiquer en anglais dans le cadre d’un groupe de travail
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe
- Intérêt pour le développement de pipelines d’analyse
- Intérêt pour l’épigénétique, la génétique et l’intégration des données

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises à son règlement intérieur notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.

Référence de l'offre

  • Contrat : Mission temporaire
  • Durée : 24 mois
  • Début du contrat : 01/10/2024
  • Rémunération : à partir de 2240 € brut /mois selon expérience
  • N° de l'offre : OT-22245
  • Date limite : 31/08/2024

Contact

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