Postdoc OT-13334

Chercheur-se en génomique des populations

06903 Sophia Antipolis

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte : Les invasions biologiques constituent une composante majeure du changement global. Pourtant, on ne comprend toujours pas pourquoi certaines populations introduites deviennent envahissantes et d’autres non. Les processus démographiques semblent toutefois constituer un facteur clé : après l’introduction d’un faible nombre d’individus dans un nouveau milieu, les niveaux de consanguinité et de dérive augmentent sensiblement, et les mutations délétères peuvent se retrouver exposées à la sélection naturelle. Cela peut avoir deux conséquences opposées : soit la fixation, soit la purge (i.e. l’élimination) des mutations délétères. Une hypothèse en biologie de l’invasion est que les populations qui deviendront effectivement envahissantes sont celles qui ont purgé une partie de leurs allèles délétères.

Objectif du projet : A l’aide de données génomiques déjà disponibles ou en cours d’acquisition par l’équipe d’accueil, vous serez en charge des analyses de génomique des populations visant à comparer quantitativement et qualitativement le fardeau génétique de populations natives et envahissantes d’une dizaine d’espèces d’insecte. Vous aurez tout loisir de proposer et d’explorer différentes méthodologies et analyses permettant d’évaluer l’évolution du fardeau génétique au cours de l’invasion de chaque espèce, et la généricité des phénomènes observés grâce à l’approche plurispécifique.

Moyens mis à disposition et analyses attendues : Le poste est financé par le projet ANR GENLOADICS. Les séquençages de populations natives et envahissantes (pool-seq WGS) d’au moins cinq espèces seront déjà disponibles au début du post-doctorat. Cinq à sept espèces supplémentaires seront séquencés au cours du contrat. Le (la) post-doctorant(e) disposera d’accès à des serveurs et clusters de calcul. Les analyses attendues sont les suivantes : (i) identification du polymorphisme à partir des données de séquençages WGS de pool d’individus ; (ii) polarisation des allèles identifiés sur la base de séquences d’espèces proches ; (iii) identification et catégorisation des allèles neutres et délétères ; (iv) caractérisation de l’histoire démographique des populations (routes d’invasion, intensité des goulots d’étranglement), (v) quantification et comparaison du fardeau génétique des populations natives et envahissantes, et (vi) analyse sur l’ensemble des 10 à 12 espèces étudiées afin d’identifier d’éventuels patterns génériques qui pourraient par exemple être associés aux succès des invasions biologiques.

Environnement scientifique : Vous serez accueilli-e pour une durée de 22 mois au sein de l’Institut Sophia Agrobiotech (ISA), INRAE PACA, à Sophia-Antipolis. Vous travaillerez au sein de l’équipe « Biologie des Populations Introduites » (BPI) dont l'effectif comprend une dizaine de personnels titulaires (chercheurs, ingénieurs, techniciens) travaillant dans les domaines de la biologie évolutive, la génétique des populations, l’écologie et la bioinformatique.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Formation requise : une thèse de doctorat en génétique/génomique des populations ou en biologie évolutive.

Connaissances souhaitées : Vous aurez une solide expérience en bioinformatique et génomique des populations, des compétences en programmation (R, perl, python …) et en rédaction. Vous devrez vous montrer indépendant-e, autonome et disposé-e à travailler en groupe. Un bon niveau à l'écrit et à l'oral en anglais est souhaité.

Expérience appréciée : Une expérience dans le domaine de la biologie de l’invasion est un plus.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

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Référence de l'offre

  • Contrat : Postdoc
  • Durée : 22 mois
  • Début du contrat : 01/02/2022
  • Rémunération : de 2516 € à 2938 €
  • N° de l'offre : OT-13334
  • Date limite : 29/10/2021

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